打印元素不在列表中

Question

我有一定的檢查要完成，如果檢查滿意，我希望打印結果。 下面是代碼：

import string
import codecs
import sys
y=sys.argv[1]

list_1=[]
f=1.0
x=0.05
write_in = open ("new_file.txt", "w")
write_in_1 = open ("new_file_1.txt", "w")
ligand_file=open( y, "r" ) #Open the receptor.txt file
ligand_lines=ligand_file.readlines() # Read all the lines into the array
ligand_lines=map( string.strip, ligand_lines ) #Remove the newline character from all     the pdb file names
ligand_file.close()

ligand_file=open( "unique_count_c_from_ac.txt", "r" ) #Open the receptor.txt file
ligand_lines_1=ligand_file.readlines() # Read all the lines into the array
ligand_lines_1=map( string.strip, ligand_lines_1 ) #Remove the newline character from all the pdb file names
ligand_file.close()
s=[]
for i in ligand_lines:
   for j in ligand_lines_1:
      j = j.split()
      if i == j[1]:
     print j

上面的代碼很好用，但是當我打印j時，它打印的像['351'，'342']，但是我希望得到351342（中間有一個空格）。 由於它更多是python問題，因此我沒有包含輸入文件（基本上它們只是數字）。

誰能幫我？

干杯，

Chavanak

Answer 1

要將字符串列表轉換為單個字符串，且列表項之間有空格，請使用' '.join(seq) 。

>>> ' '.join(['1','2','3'])
'1 2 3'

您可以在項目之間使用所需的任何字符串替換' ' 。

Answer 2

Mark Rushakoff似乎已經解決了您的迫在眉睫的問題，但是您的代碼還可以進行其他一些改進。

• 始終使用上下文管理器（ with open(filename, mode) as f:來打開文件，而不是依靠close手動調用。

• 不要經常將整個文件讀入內存。 循環some_file.readilines()可以替換為直接循環some_file 。

  • 例如，您本可以使用map(string.strip, ligland_file)或更好的方法[line.strip() for line in ligland_file]

• 不要選擇名稱來包括它們所引用的對象的類型。 可以通過其他方式找到此信息。

例如，您發布的代碼可以簡化為以下形式：

import sys
from contextlib import nested

some_real_name = sys.argv[1]
other_file = "unique_count_c_from_ac.txt"

with nested(open(some_real_name, "r"), open(other_file, "r")) as ligand_1, ligand_2:
    for line_1 in ligand_1:
        # Take care of the trailing newline
        line_1 = line_1.strip()

        for line_2 in ligand_2:
            line_2 = line2.strip()

            numbers = line2.split()

            if line_1 == numbers[1]:
                # If the second number from this line matches the number that is 
                # in the user's file, print all the numbers from this line
                print ' '.join(numbers)

這更可靠，我相信更容易閱讀。

注意，由於這些嵌套循環，其算法性能遠非理想。 根據您的需要，這可能會有所改善，但是由於我不知道確切需要提取哪些數據才能告訴您是否可以。

當前在我的代碼中花費的時間是O（n m q），其中n是一個文件中的行數，m是另一個文件中的行數，q是unique_count_c_from_ac.txt中的行長。 如果其中兩個是固定的/較小的，那么您將具有線性性能。 如果兩個可以任意增長（我可以想象n和m可以？），那么您可以考慮使用集合或字典來改進算法。