如何將樣本數據集從R包“spatstat”轉換為shapefile

Question

我在Java中編寫了一個內核密度估計器，它以ESRI shapefile的形式輸入並輸出估計表面的GeoTIFF圖像。 為了測試這個模塊，我需要一個示例shapefile，無論出於什么原因，我被告知要從R中包含的示例數據中檢索一個。問題是沒有任何示例數據是shapefile ...

所以我試圖使用shapefiles包的funciton convert.to.shapefile(4)將包含在R中的spatstat包中的bei數據集轉換為shapefile。 不幸的是，事實證明這比我想象的要難。 有沒有人有這方面的經驗？ 如果你非常友好地幫助我，我會非常感激。

謝謝，瑞恩

參考文獻： spatstat ， shapefile

Answer 1

spatstat和maptools包中有Spatial對象的轉換器函數可用於此目的。 shapefile至少由每個對象的點（或線或多邊形）和屬性組成。

library(spatstat)
library(sp)
library(maptools)
data(bei)

將bei強制轉換為Spatial對象，這里只是沒有屬性的點，因為ppp對象上沒有“標記”。

spPoints <- as(bei, "SpatialPoints")

shapefile至少需要一列屬性數據，因此創建一個虛擬數據。

dummyData <- data.frame(dummy = rep(0, npoints(bei)))

使用SpatialPoints對象和虛擬數據，生成SpatialPointsDataFrame 。

spDF <- SpatialPointsDataFrame(spPoints, dummyData)

在這一點上，你一定要考慮bei使用的坐標系是什么，以及你是否可以用WKT CRS （眾所周知的文本坐標參考系統）來表示。 您可以將它分配給Spatial對象作為SpatialPointsDataFrame另一個參數，或者在使用proj4string(spDF) <- CRS("+proj=etc...") （但這是一個完整的問題，我們可以自己完成寫頁面）。

加載rgdal包（這是最常用的選項，因為它支持許多格式並使用GDAL庫，但由於系統依賴性，可能無法使用。

library(rgdal)

（如果rgdal不可用，請在maptools包中使用writePolyShape ）。

語法是對象，然后是“數據源名稱”（這里是當前目錄，這可以是.shp或文件夾的完整路徑），然后是圖層（用於shapefile文件名而不帶擴展名），以及然后是輸出驅動程序的名稱。

writeOGR(obj = spDF, dsn = ".", layer = "bei", driver = "ESRI Shapefile")

請注意，如果“bei.shp”已經存在則寫入將失敗，因此必須首先刪除unlink("bei.shp") 。

列出以“bei”開頭的所有文件：

list.files(pattern = "^bei")

[1] "bei.dbf" "bei.shp" "bei.shx"

請注意，對於ppp對象沒有通用的“as.Spatial”轉換器，因為必須決定這是否是帶有標記的點模式等等 - 嘗試編寫一個可能很有趣，報告虛擬數據是否有用是必需的等等。

有關這些數據表示之間差異的更多信息和詳細信息，請參閱以下插圖：

庫（SP）; vignette（“sp”）庫（spatstat）; 暈影（ “spatstat”）

Answer 2

一般解決方案是：

• 將"ppp"或"owin"分類對象轉換為sp包中適當的分類對象
• 使用包rgdal的writeOGR()函數將Shapefile寫出來

例如，如果我們從spatstat考慮hamster數據集：

require(spatstat)
require(maptools)
require(sp)
require(rgdal)
data(hamster)

首先將此對象轉換為SpatialPointsDataFrame對象：

ham.sp <- as.SpatialPointsDataFrame.ppp(hamster)

這給了我們一個sp對象來工作：

> str(ham.sp, max = 2)
Formal class 'SpatialPointsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots
  ..@ data       :'data.frame': 303 obs. of  1 variable:
  ..@ coords.nrs : num(0) 
  ..@ coords     : num [1:303, 1:2] 6 10.8 25.8 26.8 32.5 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..@ bbox       : num [1:2, 1:2] 0 0 250 250
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..@ proj4string:Formal class 'CRS' [package "sp"] with 1 slots

該對象在@data槽中有一個變量：

> head(ham.sp@data)
     marks
1 dividing
2 dividing
3 dividing
4 dividing
5 dividing
6 dividing

所以說我們現在想把這個變量寫成ESRI Shapefile，我們使用writeOGR()

writeOGR(ham.sp, "hamster", "marks", driver = "ESRI Shapefile")

這將在當前工作目錄中創建的目錄hamster創建幾個marks.xxx文件。 那組文件是ShapeFile 。

我沒有使用bei數據集執行上述操作的原因之一是它不包含任何數據，因此我們無法將其強制轉換為SpatialPointsDataFrame對象。 還有我們可以使用數據，在bei.extra （在同一時間裝bei ），但這些額外的數據或定期電網。 所以我們必須這樣做

• 將bei.extra轉換為SpatialGridDataFrame對象（比如bei.spg ）
• 將bei轉換為SpatialPoints對象（比如bei.sp ）
• overlay() bei.sp指向bei.spg網格，從網格中為bei每個點生成值
• 這應該給我們一個SpatialPointsDataFrame ，可以使用上面的writeOGR()寫出來

如你所見，這只是為了給你一個Shapefile而涉及的更多。 請問hamster數據示例是否足夠？ 如果沒有，我明天就可以找出我的Bivand等人，並為bei執行這些步驟。