在Linux環境中運行FSL命令的問題

Question

我是FSL的新手，使用版本4.1.8。 我正在嘗試運行一個讀取並生成*.nii文件的腳本，FSL通常支持該格式。 我正在從Matlab調用FSL函數probtrackx 。 但是，我收到以下錯誤消息，看似無法生成或識別*.nii文件：

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001'

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

這些文件確實存在，但是FSL無法識別它們。 我們將非常感謝您提供有關如何更正問題以及使FSL正常運行的任何幫助。 我懷疑這是Linux設置問題，只是不確定如何解決。 上一篇文章中有關相關問題的解決方案建議添加ls='ls --color=auto' 。 我已經嘗試過了。

Answer 1

MATLAB是否有權運行其他fsl命令？ 如果您能夠從命令行而不是通過MATLAB運行命令，則MATLAB用戶可能無權運行fsl或正在尋找某些FSL變量。

您可能需要做的這相當於為Linux系統

Answer 2

一些FSL工具假定已設置$FSLDIR unix unvironment變量，在您的MATLAB環境中可能不是這種情況。 您可以使用setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl') （如果FSL安裝在其他位置，當然可以修改）。 有些人還需要執行常規的FSL安裝腳本： system('. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh') 。 另請參閱： http : //www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html 。

代替更復雜的probtrackx腳本，首先要嘗試的另一件事是：

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001')

如果此操作因相同的錯誤而失敗，則說明您輸入了錯誤的數據路徑。 例如，您是說要在其中放置..嗎？

另外，將來，獲得FSL支持的最佳地點在其郵件列表中， 網址為： https : //www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl