在命令行上工作，但不能在shell腳本中工作

Question

我有這條線

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o output

-S和-b之間的破折號應該向程序表明它來自STDIN。 我可以在命令行上的perl腳本中運行它，但是一旦我嘗試將其移動到Shell腳本中，它便會創建文件而不會輸出任何數據。 任何想法將不勝感激。

Answer 1

如果還沒有，請查看samtools FAQ 。 這里有一些示例，這些示例與您要對管道執行的操作類似。

自從我使用samtools以來已經有一段時間了，但是我會像這樣編寫您的命令：

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S -b - > output.bam

您還提到了已將命令移至Shell腳本。 Shell腳本還有其他功能嗎？ 如果仍然無法使用，我將其發布給我們查看。

Answer 2

在shell腳本中，單引號內的$ a將不會擴展：

for a in {1..22} do 
  samtools view -h AD3.sorted.bam | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o chr$a.bam 
done