如何使用bash從文本文件中提取列

Question

我有一個這樣的文本文件。

 res          ABS   sum     
 SER A   1   161.15 138.3  
 CYS A   2    66.65  49.6  
 PRO A   3    21.48  15.8  
 ALA A   4    77.68  72.0  
 ILE A   5    15.70   9.0  
 HIS A   6    10.88   5.9 

我想根據最后一列（總和）的值提取第一列（res）的名稱。 如果總和 > 25 和總和 < 25，我必須打印重命名。 我怎樣才能得到這樣的輸出？

Answer 1

雖然您可以使用bash的while read循環執行此操作，但使用awk更容易，而且很可能更快

awk '$5 != 25 { print $1 }'

請注意， print resnames if sum >25 and sum<25與print if sum != 25相同，則您的邏輯print resnames if sum >25 and sum<25 。

Answer 2

這應該這樣做：

awk 'BEGIN{FS=OFS=" "}{if($5 != 25) print $1}' bla.txt

Answer 3

考慮使用awk 。 它是一個用於處理文本列（以及更多）的簡單工具。 這是一個簡單的awk 教程，它將為您提供概述。 如果您想在 bash 腳本中使用它，那么本教程應該會有所幫助。

在命令行上運行此命令，讓您了解如何執行此操作：

> echo "SER A   1   161.15 138.3" | awk '{ if($5 > 25) print $1}'
> SER
> echo "SER A   1   161.15 138.3" | awk '{ if($5 > 140) print $1}'
> 

Answer 4

while read line
do 
v=($line)
sum=${v[4]}
((${sum/.*/} >= 25)) && echo ${v[0]}
done < file

您需要跳過第一行。

由於 bash 不處理浮點值，這將打印 25，它不完全大於 25。

這可以通過調用 bc 進行算術來處理。

tail -n +2 ser.dat | while read line
do  
  v=($line)
  sum=${v[4]}
  gt=$(echo "$sum > 25" | bc) && echo ${v[0]}
done

Answer 5

好的舊剪裁怎么樣？ :)

說你想要第二列，

cat your_file.txt | sed 's, +, ,g' | cut -d" " -f 2

sed 在這個命令中做什么？ cut 期望列由固定長度的字符或字符串分隔（請參閱文檔）。