R：rpm文件可以與Windows一起用於可能過時的R包嗎？

Question

我試圖運行需要R軟件包“ pkgDepTools”和“ Rgraphviz”的代碼。 我收到錯誤消息，說兩個軟件包都不適用於R版本2.15.0。

Google搜索打開了以下似乎包含以下軟件包的網頁RPM Pbone：

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802118/dir/mandrake_other/com/R-pkgDepTools-1.20.0-1-mdv2012.0.i586.rpm.html

和

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802080/dir/mandrake_other/com/R-Rgraphviz-1.32.0-2-mdv2012.0.i586.rpm.html

但是，文件具有* .rpm擴展名，而不是我習慣的* .tar.gz或* .zip擴展名。

我正在使用Windows 7和R版本2.15.0。 我可以從* .rpm文件安裝R軟件包嗎？

從Wikipedia * .rpm看來，對於Linux來說可能更多：

http://en.wikipedia.org/wiki/RPM_Package_Manager

關於其他可能的解決方案，我在這里找到了幾篇較早的帖子，它們對安裝R軟件包的類似問題存在疑問，而這些軟件包不適用於最新版本的R：

R中的雙變量泊松回歸？

軟件包“ GeneR”不可用

R Venn Diagram軟件包尊貴不可用-替代包裝？

我已經安裝了最新版本的Rtools和軟件包'devtools'。 雖然我對他們一無所知。

這里是“ Rgraphviz”的存檔版本：

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Rgraphviz/

但是我找不到“ pkgDepTools”的存檔版本。

如果我可以使用上述* .rpm文件將軟件包安裝在Windows計算機上，請提供說明嗎？

如果我必須使用Rtools來構建它們，我可能會問更多問題，因為以下鏈接上的說明對我來說具有挑戰性：

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Building-from-source

為了完全透明，我希望如果可能的話，有人可以為我構建它們。 盡管我認識到自己從中獲得的經驗和知識，但從長遠來看，我可能會有所收獲。

感謝您的任何建議。

Answer 1

pkgDepTools和Rgraphviz是BioConductor R軟件包，而不是CRAN上托管的軟件包。 除非您將R配置為從那些存儲庫下載軟件包，否則R將報告它們不可用；否則，R將報告它們不可用。 它只能從倉庫安裝，它已配置為從倉庫安裝。

要安裝這些BioConductor軟件包，提供了一種精簡的安裝方法：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("pkgDepTools", "Rgraphviz"))

有關更多詳細信息，請參見BioConductor網站的“ 安裝”頁面。

通常，您不能在Windows上使用rpm包； rpm等同於Linux的二進制軟件包。 任何C / C ++ / Fortran / etc代碼都將針對Linux（而非Windows）進行編譯。 如果您的R版本確實沒有軟件包，請檢查CRAN上是否有原因（通常Windows二進制文件需要花費幾天的時間才能生產，或者可能需要CRAN Windows構建機器上不存在的軟件要求） 。 您可以嘗試由Uwe Ligges運行的WinBuilder服務為您構建軟件包的Windows Binaries，但是如果該軟件包位於CRAN上並且現在不是，則表明它不再與當前R兼容並且無法構建。

通常，嘗試更廣泛地搜索軟件包； 我的Google搜索結果中搜索字符串“ pkgDepTools”下的第一個匹配項是該軟件包的Bioconductor頁面，其中包括Windows二進制文件的鏈接以及有關如何從R中安裝該軟件包的說明。

Answer 2

我認為這應該是一個答案，而不是一個評論。

Bioconductor的一位紳士幫助我安裝了Rgraphviz。 主要問題是我下載的Rgraphviz版本似乎只能與R的32位版本一起使用，而我正在運行R的64位版本。我能夠在R的32位版本中安裝Rgraphviz 。

在嘗試安裝Rgraphviz的過程中，我在PATH語句中也犯了一個或兩個錯誤。 但是，以上我第二條評論中的帖子提供了安裝說明。

您似乎無法在R的64位版本中安裝Rgraphviz的常規下載版本。

我認為我們來回的許多電子郵件現在都已發布在Bioconductor論壇上。

我可能會在接下來的24小時內用更詳細的說明來編輯此答案。