具有多個組的密度圖

Question

我試圖從lattice package生成類似於densityplot()東西，在使用mice包多次插補后使用ggplot2 。 這是一個可重復的例子：

require(mice)
dt <- nhanes
impute <- mice(dt, seed = 23109)
x11()
densityplot(impute)

哪個產生：

我想對輸出有更多的控制（我也將它用作ggplot的學習練習）。 所以，對於bmi變量，我試過這個：

bar <- NULL
for (i in 1:impute$m) {
    foo <- complete(impute,i)
    foo$imp <- rep(i,nrow(foo))
    foo$col <- rep("#000000",nrow(foo))
    bar <- rbind(bar,foo)
}

imp <-rep(0,nrow(impute$data))
col <- rep("#D55E00", nrow(impute$data))
bar <- rbind(bar,cbind(impute$data,imp,col))
bar$imp <- as.factor(bar$imp)

x11()
ggplot(bar, aes(x=bmi, group=imp, colour=col)) + geom_density()
+ scale_fill_manual(labels=c("Observed", "Imputed"))

產生這個：

所以它有幾個問題：

1. 顏色是錯誤的。 似乎我試圖控制顏色是完全錯誤/被忽略的
2. 有不需要的水平和垂直線
3. 我希望圖例顯示Imputed和Observed，但我的代碼為invalid argument to unary operator提供了錯誤invalid argument to unary operator

而且，使用densityplot(impute)在一行中完成的工作似乎做了很多工作 - 所以我想知道我是否可能完全以錯誤的方式解決這個問題？

編輯 ：我應該添加第四個問題，如@ROLO所述：

0.4。 這些圖的范圍似乎不正確。

Answer 1

它之所以是比較復雜的使用GGPLOT2是您正在使用densityplot從小鼠封裝（ mice::densityplot.mids要精確-看看它的代碼），而不是從自身格。 此函數具有用於繪制內置mice mids結果類的所有功能。如果您使用lattice::densityplot嘗試相同，您會發現它至少與使用ggplot2一樣多。

但不用多說，這里是如何使用ggplot2：

require(reshape2)
# Obtain the imputed data, together with the original data
imp <- complete(impute,"long", include=TRUE)
# Melt into long format
imp <- melt(imp, c(".imp",".id","age"))
# Add a variable for the plot legend
imp$Imputed<-ifelse(imp$".imp"==0,"Observed","Imputed")

# Plot. Be sure to use stat_density instead of geom_density in order
#  to prevent what you call "unwanted horizontal and vertical lines"
ggplot(imp, aes(x=value, group=.imp, colour=Imputed)) + 
    stat_density(geom = "path",position = "identity") +
    facet_wrap(~variable, ncol=2, scales="free")

但正如您所看到的，這些圖的范圍小於densityplot圖的范圍。 這種行為應該由stat_density的參數trim控制，但這似乎不起作用。 修復stat_density的代碼后，得到以下圖：

仍然與densityplot原始不完全相同，但更接近。

編輯：要獲得真正的修復，我們需要等待ggplot2的下一個主要版本，請參閱github 。

Answer 2

您可以要求Hadley為此mids類添加fortify方法。 例如

fortify.mids <- function(x){
 imps <- do.call(rbind, lapply(seq_len(x$m), function(i){
   data.frame(complete(x, i), Imputation = i, Imputed = "Imputed")
 }))
 orig <- cbind(x$data, Imputation = NA, Imputed = "Observed")
 rbind(imps, orig)
}

在繪圖之前，ggplot'強化'非data.frame對象

ggplot(fortify.mids(impute), aes(x = bmi, colour = Imputed, 
   group = Imputation)) +
geom_density() + 
scale_colour_manual(values = c(Imputed = "#000000", Observed = "#D55E00"))

請注意，每個都以'+'結尾。 否則命令將完成。 這就是傳說沒有改變的原因。 以“+”開頭的行導致錯誤。

您可以將fortify.mids的結果融合在一起繪制所有變量

library(reshape)
Molten <- melt(fortify.mids(impute), id.vars = c("Imputation", "Imputed"))
ggplot(Molten, aes(x = value, colour = Imputed, group = Imputation)) + 
geom_density() + 
scale_colour_manual(values = c(Imputed = "#000000", Observed = "#D55E00")) +
facet_wrap(~variable, scales = "free")