在Matlab中未顯示來自fortran應用程序的輸出

Question

我在Matlab中執行的fortran應用程序的輸出存在一些問題。 我們使用Matlab調用許多fortran應用程序並顯示輸出和結果。

我在OSX上使用gfortran來構建其中一個程序，該程序執行大量文件輸出，而少量輸出到stdout以跟蹤進度。 stdout輸出主要通過print *語句完成，但是我也嘗試過write（*，*）。 該程序使用OpenMP，但是在OpenMP並行段中沒有執行print *或write（*，*）語句。從終端執行該程序時，一切工作正常。 但是，當從matlab內部執行程序時，stdout沒有輸出。 文件輸出正常。

此外，使用Intel的ifort編譯時，相同的代碼可以在matlab中顯示其輸出而不會出現問題。 不幸的是，我沒有定期訪問Intel編譯器的權限。

我很肯定輸出將輸出到stdout（而不是stderr），並且我已經嘗試從代碼內進行刷新（調用flush（6）和調用flush（0）），但這似乎並沒有使區別。

我不確定是什么原因造成的。 有什么想法嗎？

一些相關信息：OS：OSX 10.6.8（64位模式）

Matlab：R2012b

gfortran：4.7.2（通過芬克獲得）

編譯標志：-cpp -fopenmp -ffree-line-length-0 -fno-range-check -m64 -static-libgfortran -fconvert = little-endian -fstrict-aliasing

編輯：

我做了一些測試，創建了一個簡單的“ hello”程序：

program printTest
write (*,*) 'hello'
end program

用...編譯

gfortran test.f90 -o test

表現出相同的行為。

我還嘗試使用gfortran的早期版本（4.2.1）進行編譯，該版本產生了一些有趣的結果。 它在終端中執行正常，但是在matlab中我得到以下信息：

！./ test dyld：懶惰的符號綁定失敗：找不到符號：__gfortran_set_std引用自：/Users/sah/Desktop/./test預期存在於：/Applications/MATLAB_R2012b.app/sys/os/maci64/libgfortran.2.dylib

dyld：未找到符號：__gfortran_set_std引用自：/Users/sah/Desktop/./test預期存在於：/Applications/MATLAB_R2012b.app/sys/os/maci64/libgfortran.2.dylib

./test：跟蹤/斷點陷阱

這使我相信這是一個圖書館問題。 在這種情況下，使用-static-libgfortran會產生相同的結果。

Answer 1

我相信Matlab是單線程應用程序。 當您調用多線程執行程序時，我看到了將輸出管道傳輸回Matlab的各種問題。 您是否考慮過重新編譯成Fortran mex文件？

Answer 2

我不確定是否比獨立可執行文件更好地將mex文件打印到stdout。

還有其他選擇。 一種是將所有診斷信息寫入（附加）到文件中，然后在需要時僅查看文件。 例如，Emacs每秒或您設置間隔的任何時間都會自動“還原”文件的內容。 另一個選擇可能是將fortran源轉換為matlab源（請參閱f2matlab），並將其全部保留在matlab中。

bb

Answer 3

根據系統功能文檔

[狀態，結果] = system（'command'）將完成狀態返回到狀態變量，並將命令的結果返回到結果變量。

[status，result] = system（'command'，'-echo'）也將輸出強制到命令窗口。

因此，您應在系統調用中使用“ -echo”參數，以直接在命令窗口中查看輸出

system(['cd "',handles.indir,'";chmod u+x ./qp.exe',... ';./qp.exe'], '-echo')

或者您可以將stdout分配給變量：

[ret txt] = system(['cd "',handles.indir,'";chmod u+x ./qp.exe',... ';./qp.exe'])