R中的熱圖如何調整列標簽的大小？

Question

我有一個大約 4000 行和 100 列的 data.matrix。 我正在做數據的熱圖，例如：

data<-heatmap(data_matrix,Rowv=NA,Colv=NA,col=cm.colors(256),scale="column",margins=c(5,10))

但是我遇到的問題是列中出現的標簽過於分組，因此無法正確可視化它們。 如何調整熱圖的大小，以便查看列標簽的值？ 我試圖用pdf打印它，但它只出現一條黑色條紋。 謝謝

我包括了一個熱圖圖，我想看到的部分是位於正確部分的標簽，但它們靠得太近了。

Answer 1

首先，最好將您的輸出直接放入 PDF 文件 - 您可以使用其他圖像格式，但 PDF 是最好的，因為它是矢量輸出，您可以根據需要進行縮放：

pdf("Your-file.pdf", paper="a4", width=8, height=8)

那么最好使用pheatmap （=漂亮的熱圖）包。 除了您的熱圖外，它還可以使用顏色鍵制作更好的熱圖。 最后，盡管pheatmap()函數嘗試在您有很多行時減小標簽大小，但是對於非常多的行卻失敗了。 因此，我將下面的代碼用於非常高 - 但不是太高 - 的行數：

library(pheatmap)   
library(gplots)
if (nrow(table) > 100) stop("Too many rows for heatmap, who can read?!")
fontsize_row = 10 - nrow(table) / 15
pheatmap(table, col=greenred(256), main="My Heatmap", cluster_cols=F, 
         fontsize_row=fontsize_row, border_color=NA)

您可以更改列標簽的fontsize_col 。 您有許多有趣的選項，例如display_numbers ，可以在熱圖的單元格內設置值。 只需閱讀?pheatmap 。

這是pheatmap()命令的默認參數生成的示例：

最后請注意，太多的行在顯示器上很容易閱讀，但對打印毫無用處。

Answer 2

在 Rstudio 中，您可以輕松調整圖形窗口的大小，Rgui 也是如此。 或者，如果您將繪圖保存到文件，您可以為您的圖形使用更大的尺寸，例如在調用pdf或png時更大的width和height 。

Answer 3

您可以使用 cexRow = 和 cexCol =。

您可以在??heatmap.2 中獲取更多信息

# Row/Column Labeling
margins = c(5, 5),
ColSideColors,
RowSideColors,
cexRow = 0.2 + 1/log10(nr),
cexCol = 0.2 + 1/log10(nc),
labRow = NULL,
labCol = NULL,
srtRow = NULL,
srtCol = NULL,
adjRow = c(0,NA),
adjCol = c(NA,0),
offsetRow = 0.5,
offsetCol = 0.5,
colRow = NULL,
colCol = NULL

Answer 4

如果您使用pheatmap ( https://www.rdocumentation.org/packages/COMPASS/versions/1.10.2/topics/pheatmap )，您可以通過調整cellheight參數來展開這些標簽。

如果您在 R notebook 中執行此操作，即使在運行代碼時整個熱圖不會顯示在您的輸出窗口中，當您使用filename參數將熱圖保存到您的計算機時，pheatmap 將自動計算最佳大小輸出文件，以便您的整個熱圖將顯示在您的輸出文件中。 如果此尺寸不符合您的喜好，您可以使用width和height參數進行調整，但您不太可能想要這樣做。