通過Rserve將Java中的多維數組分配給R.

Question

我正在使用Java / R / Rserve進行項目。 我面臨的問題是將多維數組從Java轉移到R工作空間進行計算。 到目前為止， RConnection對象的assign方法只允許傳遞以下內容： byte[], double[], int[], REXP, String,and String[] 。

我通過在Java中創建一個循環來回避這個問題，並單獨傳遞變量。 雖然這有效但看起來很丑陋且效率低下。

RConnection c = new RConnection();
c.eval("x <- matrix(0,nrow=dimX[1],ncol=dimX[2])");
for (int i = 0; i < dimX[0]; i++){
  c.assign("i",Integer.toString(i+1));
  c.eval("i <- as.numeric(i)");
  for (int j = 0; j < dimX[1]; j++){
    c.assign("j",Integer.toString(j+1));
c.eval("j <- as.numeric(j)");
c.assign("tmp", Double.toString(XOBS[i][j]));
c.eval("x[i,j] <- as.numeric(tmp)");
  }             
}

在http://www.rforge.net/Rserve/dist/JRclient/JavaDoc/org/rosuda/JRclient/REXP.html上的 Rserve文檔似乎已經過時，Rserve的示例相當有限。 誰能給我一個關於如何改進這段代碼的建議？

謝謝

Answer 1

我找到了一個解決方案，只是讓它更友好一點，鏈接源也附加。

評論：它是隨時可用的實用方法。 它基於JRI，現在是rJava的一部分。

資源：
http://www.lbgi.fr/wikili/index.php/JRI

    /**
     * Creates and assigns a matrix object in R from 2D table of double
     *
     * @param rEngine        the  R instance used
     * @param sourceArray    the 2D table of double
     *                       the matrix must have always the same column number on every row
     * @param nameToAssignOn the R object name
     * @return R matrix instance or null if R return an error
     */
    public static REXP assignAsRMatrix(Rengine rEngine, double[][] sourceArray, String nameToAssignOn) {
        if (sourceArray.length == 0) {
            return null;
        }

        rEngine.assign(nameToAssignOn, sourceArray[0]);
        REXP resultMatrix = rEngine.eval(nameToAssignOn + " <- matrix( " + nameToAssignOn + " ,nr=1)");
        for (int i = 1; i < sourceArray.length; i++) {
            rEngine.assign("temp", sourceArray[i]);
            resultMatrix = rEngine.eval(nameToAssignOn + " <- rbind(" + nameToAssignOn + ",matrix(temp,nr=1))");
        }

        return resultMatrix;
    }

Answer 2

供參考（在詢問問題時可能尚未提供方法）：

REXP REXP.createDoubleMatrix(double[][] arg);

Answer 3

怎么做這樣的事情（根據需要改變行號和行號）？

RConnection c = new RConnection();

double[][] test = { { 1.0D, 2.0D }, { 3.0D, 4.0D } };

c.assign("res", test[0]);
for (int i = 1; i < 2; i++) {
  c.assign("tmp", test[i]);
  c.eval("res<-rbind(res,tmp)");
}

REXP x = c.eval("sum(res)");
System.out.println(x.asString());

正如預期的那樣，這將返回10，但是，這是

String s = c.eval("rowSums(res)").asString();
System.out.println(s);

沒有打印輸出它假設的，它只返回3 ，也許我的Ubuntu安裝的RServe壞了，無法打印結果字符串3 7空格后的任何內容：

> rowSums(d)
c1 c2 
3  7 

我也找不到好的例子:(

Answer 4

你可以：

• 將數組展平為整數行的向量，這樣

  a11 a12

  a21 a22

=>

flat_array = new int[] {a11, a12, a21, a22}

• 將其分配給局部變量，例如：

  rEngine.assign（“。values”，flat_array）;

• 調用R函數，在全局中生成矩陣（或數據幀），如：

在R：

 make.matrix <- function(nrows, ncols, values) {

        value_mat <- matrix(values, nrow=nrows, ncol=ncols, byrow=TRUE)
        temp.res <<- res
        res
    }

在Java中：

rEngine.eval("make.matrix(2,2,.values)");

• 現在你有了temp.res中的矩陣