[英]Match 2 files by first column, output column 2 of file 1 and column 2 and 3 of file 2
[英]Create an output file from two input files based on column match
我需要使用 linux 命令從兩個輸入文件創建一個文件
輸入 1:
21 33210001 rs60180678 G T 100 PASS AVGPOST=1.0000;RSQ=0.9885;THETA=0.0002;AA=G;AN=2184;VT=SNP;LDAF=0.0019;SNPSOURCE=LOWCOV;AC=4;ERATE=0.0003;AF=0.0018;AFR_AF=0.01 GT:DS:GL
輸入 2:
21 33210001 . G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018
預期輸出:
21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018
每列由制表符空間分隔。
根據 1st,2nd,4th 和 5th column match 創建輸出。
輸出文件的每一列都由制表符空間分隔。
這是awk
的一種方式:
awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } FNR==NR { a[$1,$2,$4,$5]=$3; next } ($1,$2,$4,$5) in a { $3=a[$1,$2,$4,$5] }1' file1 file2
結果:
21 33210001 rs60180678 G T . . ;AA=0.0163934;AFE=0;ASNE=0;EUN=0;AFW=0.0113636;MED=0;LAT=0;VT=SNP;AF=0.0018
另一種解決方案:
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{getline a < "file2"; split(a,b,"\t");print $1,$2,$3,$4,$5,b[6],b[7],b[8]}' file1
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