用於在 Rstudio 中將工作目錄設置為源文件位置的 R 命令

Question

我正在用 R 編寫一些教程。每個 R 代碼都包含在一個特定的文件夾中。 里面有數據文件和其他文件。 我想打開.r文件並獲取它，這樣我就不必更改 Rstudio 中的工作目錄，如下所示：

有沒有辦法在 R 中自動指定我的工作目錄。

Answer 1

要獲取源腳本的位置，您可以使用utils::getSrcDirectory或utils::getSrcFilename 。 因此，可以通過以下方式將工作目錄更改為當前文件的工作目錄：

setwd(getSrcDirectory()[1])

如果您運行代碼而不是Source ，這在 RStudio 中不起作用。 為此，您需要使用rstudioapi::getActiveDocumentContext 。

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

當然，第二種解決方案要求您使用 RStudio 作為 IDE。

Answer 2

我知道這個問題已經過時了，但我也在尋找解決方案，谷歌將其列在最上面：

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

將其放入文件的某處（不過最好是開頭），以便根據該文件更改 wd。

根據評論，這可能不一定適用於每個平台（Windows 似乎可以，Linux/Mac 對某些平台有效）。 請記住，此解決方案用於“采購”文件，不一定用於在該文件中運行塊。

另見獲取 `source`d 文件的文件名和路徑

Answer 3

對於rstudio ，您可以使用rstudioapi自動將工作目錄設置為腳本目錄，如下所示：

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

這在運行或獲取文件時有效。

您需要先安裝包 rstudioapi。 請注意，我打印路徑是為了 100% 確定我在正確的位置，但這是可選的。

Answer 4

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

對我有用，但如果你不想使用rstudioapi並且你不在項目中，你可以在你的路徑中使用符號 ~ 。 符號 ~ 指的是默認的 RStudio 工作目錄（至少在 Windows 上是這樣）。

如果您的 RStudio 工作目錄是“D:/Documents”， setwd("~/proyect1")與 setwd("D:/Documents/proyect1") 相同。

設置完成后，您可以導航到子目錄： read.csv("DATA/mydata.csv") 。 與read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv")相同。

如果要導航到父文件夾，可以使用"../" 。 例如： read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")與read.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")相同

這是我編寫腳本的最佳方式，無論您使用的是什么計算機。

Answer 5

我意識到這是一個舊線程，但我遇到了類似的問題，需要設置工作目錄並且無法獲得任何適合我的解決方案。 這是有效的方法，以防其他人以后偶然發現：

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

這有點復雜，但基本上這使用系統命令獲取工作目錄並將其保存到 dummyfile.txt，然后 R 使用 data.table::fread 讀取該文件。 剩下的就是清理打印到文件中的內容，這樣我就只剩下目錄路徑了。

我需要在集群上運行 R，因此無法知道我最終會進入哪個目錄（作業被分配了一個編號和一個計算節點）。 這對我有用。

Answer 6

這個答案可以幫助：

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

注意：必須獲取腳本才能返回正確的路徑

我在以下位置找到它：https: //support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

BumbleBee 的回答（使用 parent.frame 而不是 sys.frame）對我不起作用，我總是會出錯。

Answer 7

解決方案

dirname(parent.frame(2)$ofile)

不適合我。

我正在使用蠻力算法，但有效：

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

搜索目錄時更容易：

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

Answer 8

如果你在 Linux 上工作，你可以試試這個：

setwd(system("pwd", intern = T) )

這個對我有用。

Answer 9

here包提供了here()函數，它會根據一些啟發式方法返回您的項目根目錄。

不是完美的解決方案，因為它找不到腳本的位置，但它足以滿足某些目的，所以我想我會把它放在這里。

Answer 10

我知道這已經過時了，但我無法讓以前的答案非常令人滿意地工作，所以我想貢獻我的方法，以防其他人遇到與 BumbleBee 的答案評論中提到的相同錯誤。

我的是基於一個簡單的系統命令。 您為函數提供的只是腳本的名稱：

extractRootDir <- function(x) {
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);
}

setwd(extractRootDir("myScript.R"));

該函數的輸出看起來像"/Users/you/Path/To/Script" 。 希望這可以幫助其他可能被卡住的人。

Answer 11

setwd(this.path::here())

適用於來源腳本和“活動”腳本。

Answer 12

我只是在尋找這個問題的解決方案，來到這個頁面。 我知道它過時了，但以前的解決方案對我來說不令人滿意或不起作用。 如果有興趣，這是我的解決方法。

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

Answer 13

我覺得自己像一只反舌鳥，但我要說的是：我知道這篇文章很舊，但是......

我最近才知道從任務計划程序和 a.bat 文件運行腳本時無法調用 api。 我經過慘痛的教訓才學到這個。 methods might like to know that.我想那些使用方法的人可能想知道這一點。 我們一夜之間以這種方式運行了很多腳本。 最近剛剛更改了我們的路徑以包含調用的 api，因此我們可以“動態”設置工作目錄。 然后，當我們嘗試的第一個失敗時從任務計划程序觸發時，調查提供了有關的信息。

這是揭示此問題的實際代碼：

不過，如果您正在運行腳本，效果會很好！

只需添加我的兩分錢，因為我知道人們仍然會拉起這些線程，認為這可能會有所幫助。

Answer 14

如果您使用 UTF-8 編碼：

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

如果您還沒有安裝包 rstudioapi，則需要安裝它。

Answer 15

大多數 GUI 假設如果您在一個目錄中並“打開”、雙擊或以其他方式嘗試執行一個 .R 文件，除非另有說明，否則它所在的目錄將是工作目錄。 Mac GUI 提供了一種更改默認行為的方法，該默認行為可在您在運行會話中設置的首選項的啟動面板中更改，並在下一次“啟動”時生效。 你還應該看看：

?Startup

RStudio 文檔說：

“通過文件關聯啟動時，RStudio 會自動將工作目錄設置為打開文件的目錄。” 默認設置是將 RStudio 注冊為 .R 文件的處理程序，盡管也提到了為 .Rdata 和 .R 擴展設置與 RStudio 的默認“關聯”的能力。 我不知道在 Linux 上具有“處理程序”狀態和“關聯”狀態是否相同。

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

Answer 16

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

對我也不起作用，但以下內容（如https://stackoverflow.com/a/35842176/992088中所建議）在 ubuntu 14.04 中對我有用

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

Answer 17

這是另一種方法：

set2 <- function(name=NULL) {
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) {
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  }
  else {
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  }
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()

Answer 18

我正在用R編寫一些教程。每個R代碼都包含在一個特定的文件夾中。 那里有數據文件和其他文件。 我想打開.r文件並將其來源，這樣我就不必更改Rstudio中的工作目錄，如下所示：

有沒有一種方法可以在R中自動指定我的工作目錄。