networkx - 未知節點位置錯誤

Question

我剛剛開始使用networkx並使用它來構建root樹。 抱歉，如果這是一個微不足道的問題，我無法在其他地方找到解決方案。 使用以下代碼，我得到錯誤networkx.exception.NetworkXError：節點4沒有位置。 （在draw_networkx_nodes中）。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph() 
G.add_node(1)
G.add_node(2)
G.add_node(3)
G.add_node(4)
G.add_node(5)
G.add_node(6)
G.add_edge(1,2) 
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,5)
G.add_edge(2,6)
G.add_edge(3,4)
plt.title("Test") 
pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 
nx.draw(G,pos,with_labels=False,arrows=False) 
plt.savefig('nx_test.png') 

一旦我創建節點4就會發生這種情況。例如，當我有節點1到4和邊1,2 1,3和2,4時，我得到相同的錯誤。 代碼工作正常，直到我有節點4（3個節點運行良好）。 無論我指定邊緣的順序如何，這也會發生。

如果我直接指定邊緣，我會得到相同的錯誤：

    >>> G4 = nx.DiGraph([(1, 2), (1, 3), (2, 5), (2, 6), (3, 4)])
    >>> nx.draw(G4,pos,with_labels=False,arrows=False) 


    Traceback (most recent call last):
       File "<stdin>", line 1, in <module>
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 133, in draw
        draw_networkx(G,pos=pos,ax=ax,**kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 266, in draw_networkx
        node_collection=draw_networkx_nodes(G, pos, **kwds)
      File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx-1.7-py2.7.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 373, in draw_networkx_nodes
        raise nx.NetworkXError('Node %s has no position.'%e)
       networkx.exception.NetworkXError: Node 4 has no position.

謝謝

Answer 1

這是由於兩件事：1）graphviz安裝不正確，從頭開始重新安裝清除了錯誤。

其次，線

       pos=nx.graphviz_layout(G,prog='dot') 

必須始終在繪制圖形之前放置（並重復），以考慮新的節點/邊緣。