R install.packages 返回“無法創建鎖定目錄”

Question

下載 Rcpp 包時出現此錯誤：

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...

由於我的機器在一個計算機集群上，所以我在不同的節點上嘗試過，我小心地刪除了/tmp中下載的臨時文件。 奇怪的是，我有權在 /home/me/src/Rlibs/ 中寫入。 所以我的問題是：

1. 為什么 R 想要在 /home 中有寫權而它只需要在 /home/me/ 中的寫權？
2. 我該如何修復錯誤？

---

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

Answer 1

在 NFS 文件系統上，有時需要關閉哪些內容並不明顯。

避免這種情況的最好方法是在命令行上使用--no-lock參數，即：

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

在 R 中，您可以使用以下命令在命令中執行此操作：

install.packages("Rcpp", dependencies = TRUE, INSTALL_opts = '--no-lock')

Answer 2

當您的上次軟件包安裝異常中斷時，就會發生這種情況。 要解決此問題，您應該刪除鎖定的文件。 例如在 R 控制台中執行此命令：

unlink("/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp", recursive = TRUE)

希望這可以幫助！

Answer 3

避免此問題的最簡單方法是在安裝任何軟件包之前運行以下行

options("install.lock"=FALSE)

然后嘗試 install.packages("name_of_package") 安裝包。 00LOCK 錯誤不會出現。

Answer 4

當您升級到 R 的主要版本時也會發生這種情況。 一些重大升級需要您重新構建軟件包，例如 R 4.0。 就我而言，我使用 Homebrew brew install R ， brew install R並維護了很長時間，但是當我升級到 4 時，我不得不再次構建包並遇到了這個問題。

要解決它，您需要確保 Homebrew 刪除舊 R 安裝的剩余部分。 在默認設置中，您可以在這里找到它們， /usr/local/lib/R 。 除了 R 內部的其余部分之外，我還有3.5和3.6實例。 您可以刪除那里的所有內容，然后再次安裝 R，一切都應該正常工作。 或者只是刪除舊版本的 R，並清空4.0 。 不過，我建議進行全新安裝。

因此，如果您使用 Homebrew 維護 R並遇到此問題，請按照以下方法解決：

brew uninstall R
rm -r /usr/local/lib/R
brew install R

Answer 5

我在運行 Windows 7 時遇到了類似的問題：

install.packages 中的錯誤：錯誤：無法鎖定目錄“D:\\Program Files\\R\\R-3.6.2\\library”以進行修改。

我在 R 控制台中使用以下命令解決了這個問題：

unlink("D:\\\\Program Files\\\\R\\\\R-3.6.2\\\\library/00LOCK", recursive = TRUE)

希望這可以幫助 Windows 用戶...