如何在另一個 R 文件中的 R 文件上調用 source() 時傳遞命令行 arguments

Question

在一個 R 文件中，我計划獲取另一個支持讀取兩個命令行 arguments 的 R 文件。這聽起來像是一項微不足道的任務，但我無法在網上找到解決方案。 任何幫助表示贊賞。

Answer 1

我假設源腳本使用commandArgs訪問命令行參數？ 如果是這樣，您可以覆蓋父腳本中的commandArgs以在您正在采購的腳本中調用它時返回您想要的內容。 看看這將如何工作：

file_to_source.R

print(commandArgs())

main_script.R

commandArgs <- function(...) 1:3
source('file_to_source.R')

輸出[1] 1 2 3

如果您的主腳本本身不接受任何命令行參數，您也可以只向該腳本提供參數。

Answer 2

最簡單的解決方案是用system()和paste替換source() 。 嘗試

arg1 <- 1
arg2 <- 2
system(paste("Rscript file_to_source.R", arg1, arg2))

Answer 3

如果您有一個腳本源自另一個腳本，您可以在第一個腳本中定義可由源腳本使用的變量。

> tmpfile <- tempfile()
> cat("print(a)", file=tmpfile)
> a <- 5
> source(tmpfile)
[1] 5

Answer 4

@Matthew Plourde 答案的擴展版本。 我通常做的是使用 if 語句來檢查命令行參數是否已定義，否則讀取它們。

此外，我嘗試使用 argparse 庫來讀取命令行參數，因為它提供了更整潔的語法和更好的文檔。

要獲取的文件

 if (!exists("args")) {
         suppressPackageStartupMessages(library("argparse"))
         parser <- ArgumentParser()
         parser$add_argument("-a", "--arg1", type="character", defalt="a",
               help="First parameter [default %(defult)s]")
         parser$add_argument("-b", "--arg2", type="character", defalt="b",
               help="Second parameter [default %(defult)s]")
         args <- parser$parse_args()
 }

 print (args)

文件調用源（）

args$arg1 = "c" 
args$arg2 = "d"
source ("file_to_be_sourced.R")

c, d

Answer 5

這有效：

# source another script with arguments
source_with_args <- function(file, ...){
  commandArgs <<- function(trailingOnly){
    list(...)
  }
  source(file)
}

source_with_args("sourcefile.R", "first_argument", "second_argument")

請注意，必須使用<<-而不是<-重新定義內置的commandArgs函數。 據我了解，這使其范圍超出了定義它的函數source_with_args() 。

Answer 6

我在這里測試了一些替代方案，最后得到的是：

文件調用來源：

source_with_args <- function(file, ...){
  system(paste("Rscript", file, ...))
}
source_with_args(
  script_file,
  paste0("--data=", data_processed_file),
  paste0("--output=", output_file)
)

要獲取的文件：

  library(optparse)
  option_list = list(
    make_option(
      c("--data"),
      type="character",
      default=NULL,
      help="input file",
      metavar="filename"
    ),
    make_option(
      c("--output"),
      type="character",
      default=NULL,
      help="output file [default= %default]",
      metavar="filename"
    )
  )
  opt_parser = OptionParser(option_list=option_list)
  data_processed_file <- opt$data
  oputput_file <- opt$output
  if(is.null(data_processed_file) || is.null(oputput_file)){
    stop("Required information is missing")
  }