GATK：HaplotypceCaller IntelPairHmm 僅檢測到 1 個線程
[英]GATK: HaplotypceCaller IntelPairHmm only detecting 1 thread
我似乎無法讓 GATK 識別可用線程的數量。 我在 conda 環境中運行 GATK (4.2.4.1)，這是我正在編寫的 nextflow (v20.10.0) 管道的一部分。 無論出於何種原因，我無法讓 GATK 看到有多個線程。 我嘗試了不同的節點類型，增加和減少可用的 cpu 數量，提供 j ...
Snakemake 將多個命令行集成在一個規則中
[英]Snakemake integrate the multiple command lines in a rule
我的第一個命令行"bcftools query -l {input.invcf} | head -n 1"的 output 打印 vcf 文件的第一個個體的名稱（即IND1 ）。 我想在-sn IND1選項的選擇selectvariants GATK中使用 output 。 如何將第一條命令行集成到 ...
Snakemake vcf 文件的第一個基因型作為 output 中的通配符
[英]Snakemake first genotype of a vcf file as wildcard in output
在第二條規則中，我想從包含 bob、clara 和 tim 的 vcf 文件中獲取 select，只有在 roder 中的字典（即 bob）的第一個基因型才能在第二條規則bob.dn.vcf 。 在snakemake中這可能嗎？ d = {"FAM1": ["bob.bam", "clara. ...
如何在 conda 中運行 ensembl-vep
[英]How to run ensembl-vep in conda
我是這樣安裝的： 然后像這樣安裝人類緩存： 但我無法使用任何命令運行它，例如 這給出了有關下載緩存的錯誤消息： 或者這個： 這給出了錯誤： 我想沒有人能指出我正確的方向嗎？ ...
使用等位基因特定注釋運行 gatk HaplotypeCaller 時出錯
[英]Error running gatk HaplotypeCaller with allele specific annotations
我已經讓 HaplotypeCaller 在標准模式下運行良好，如下所示： 但是當我在等位基因特定模式下嘗試時，我收到以下錯誤。 我所做的只是在最后添加 -G 注釋，如此處所建議的。 這是錯誤： ...
Snakemake：為同一個參數創建多個通配符
[英]Snakemake: create multiple wildcards for the same argument
我正在嘗試在許多 vcf 文件上運行GenotypeGVCFs 。 命令行希望每個vcf文件都被列為： 如何在蛇形制作中做到這一點？ 這是我的代碼，但我不知道如何為 -V 創建通配符。 ...
將 GVCF 文件目錄與 gatk CombineGVCFs 合並
[英]Combine a directory of GVCF files with gatk CombineGVCFs
我使用 gatk HaplotypeCaller 生成了一組大約 400 個 GVCF 文件，並帶有-ERC GVCF選項。 我現在想將它們結合起來進行下游基因分型和變異重新校准。 我相信我可以與 gatk CombineGVCFs 結合使用。 但我不知道的是，如何將我所有的 400 個 GVCF ...
gatk VariantRecalibrator 位置參數錯誤
[英]gatk VariantRecalibrator positional argument error
我正在嘗試使用 gatk VariantRecalibrator 重新校准我的 vcf，但不斷收到錯誤消息“非法參數值：提供了位置 arguments”。 但我不知道這意味着什么，或者如何糾正它！ 這是我的電話： 我看到的錯誤是： 我已閱讀手冊並嘗試使用谷歌搜索，但看不到如何避免，非常感謝任何幫助！ ...
從 bash 腳本運行 docker
[英]Running docker from bash script
我正在使用作為 docker 映像分發的工具 (gatk)，並嘗試在 shell 腳本中使用其命令。 我在分離模式下運行 docker。 然后我從shell腳本運行命令 command2 需要來自 command1 的輸入，所以我使用等待，但在命令 1 完成之前仍然執行 command2。 ...
獲取 GATK 參數錯誤並且不明白？
[英]Getting GATK argument error and dont understand?
bash 程序員您好，我正在使用 GATK 並嘗試遍歷我的 bam 文件並使用我的 target_intervals 和已知的 indel 進行本地重新對齊。 下面是我正在嘗試的代碼。 我希望有人可以幫助解決錯誤並更正我的代碼。 錯誤：查找時，它似乎是一個編碼問題，我沒有看到它。 . ...
MuTect 安裝：GATK 保護：maven：Java 編譯錯誤
[英]MuTect install: GATK-protected: maven: Java-compile-error
我正在嘗試安裝 mutect，並且按照 README.md 中的指示，我已經 git 克隆了 gatk-protected 並嘗試執行“mvn -Ddisable.queue install”。 但我得到以下問題。 我有 java 1.7 和 maven 3.3.3。 我遵循了這里的自述文件。 ...