OMOP 公共數據上的 ETL 映射 LOINC 詞匯表 Model

[英]ETL Mapping LOINC vocabulary on OMOP Common Data Model

我正在研究實驗室測試值映射（OMOP CDM 的測量表）。 我的本地映射表（手工制作）有我的測量名稱（法語）和相關的 LOINC 代碼。 LOINC 詞匯表已從 Athena（OHDSI 社區工具）加載 https://athena.ohdsi.org/search-terms/ 我將本地概念加 ...

如何修復在運行 Synthea ETL 工具時看到的連接錯誤，但在運行 DQD 時沒有看到？

[英]How to fix connection error seen when running Synthea ETL tool but not seen running DQD?

我可以使用下面顯示的連接參數運行 DQD，但如果我嘗試使用 connect() 會收到 SSL 錯誤，並且嘗試使用 synthea etl 工具時會遇到同樣的錯誤。 完整的腳本如下。 任何幫助將不勝感激。 連接參數 錯誤 完整腳本 ...

如何將查詢/子查詢的結果傳遞給另一個查詢，並將結果合並在一起？

[英]How can I pass the results of a query/subquery to another query, and UNION the results together?

回答！ CTE 是最好的方法，使用描述性的虛擬變量名稱 我有兩個相關的表concept ，它們描述了來自不同詞匯表（ vocabulary_id ID）的所有數據庫范圍的概念（概念concept_code ），並將它們與一個唯一的、標准化的 ID 概念 ID 和concept_relationsh ...

/Patient/[ID]/$everything FHIR 資源中（通常|假定|需要）哪些資源？

[英]What resources are (typically|supposed |required) to be in a /Patient/[ID]/$everything FHIR resource?

簡短版本是這樣的：下面顯示的示例患者的 /Patient/[ID]/$everything 引用了一個不包含在 /Patient/$everything 資源中的過程。 具體來說：這個例子來自synthea。 Synthea 是一個了不起的工具，它以 FHIR 格式提供合成患者。 ( http ...

FHIR 到 OMOP 映射問題：血壓收縮壓和舒張壓未映射，代碼無效 (55284-4)

[英]FHIR to OMOP Mapping Question: Blood pressure systolic and diastolic with unmapped, not valid code (55284-4)

在一些FHIR資源中出現了一個LOINC概念55284-4，例如： https://syntheticmass.mitre.org/v1/fhir/Patient/0000aa42-c235-4447-8389-8a2640f44466/$everything 此代碼用於“血壓收縮壓和舒張壓”，位 ...

FHIR v OMOP 中 UCUM 代碼表示之間的差異

[英]Discrepancy between representation of codes for UCUM in FHIR v OMOP

我看到 FHIR 消息與 UCUM 詞匯表的 OMOP 中的 synthea v. 代碼的 FHIR 消息之間存在一些差異。 由於缺少更好的詞（例如_、{、}、[、]、/等），其中大多數似乎都圍繞着標點符號。 示例包括（concept_id/FHIR/OMOP）： 這些代碼是在此資源中專門找到的： ...

是否有 FHIR 系統到 OMOP 詞匯表的映射？

[英]Is there a mapping of FHIR Systems to OMOP Vocabularies?

是否有 FHIR 系統到 OMOP 詞匯表的映射？ 我正在使用的 FHIR 消息使用如下內容： SNOMED http://snomed.info/sct RxNorm http://www.nlm.nih.gov/research/umls/rxnorm ……而 OMOP 使用這樣的東西： ...

Athena 的 OMOP 中是否提供 FHIR 代碼系統？

[英]Are FHIR code systems available in OMOP from Athena?

FHIR 似乎已經實現了自己的編碼系統。 例如，這是在 Synthea 患者中發現的： 這似乎來自： https://www.hl7.org/fhir/us/core/CodeSystem-cdcrec.html 我在 Athena 術語下載頁面上沒有看到任何內容（需要登錄）。 https:/ ...