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在 Mac 上定位 Openslide 包的問題

[英]issue with Openslide package locating on Mac

一直在嘗試在 Mac 上下載 PathmL，我遵循了文檔說明 ( https://github.com/Dana-Farber-AIOS/pathml#installation )。 包括下載 OpenSlide，但我繼續。 收到此錯誤，“無法找到 OpenSlide dylib” 有什么建議嗎？ ...

如何使用 Python 顯示 TIFF 文件的特定 IFD

[英]How to display specific IFD of a TIFF file using Python

我有一個包含多個圖像文件目錄 (IFD) 的 tiff 文件。 我想使用 Python 專門顯示與 IFD 關聯的圖像。 我知道我可以使用諸如tiffdump的tiffinfo之類的工具來顯示每個 IFD 的所有相關元數據。 我還知道我可以在ImageJ 、 QuPath 、 OpenSlide等 ...

導入 Openslide 時遇到問題

[英]Trouble importing Openslide

我試圖在 jupyter notebook 中導入 openslide，但我反復收到此錯誤。 當我嘗試通過在終端中運行 python 進行導入時，我也遇到了同樣的錯誤。 我運行了brew install openslide和pip install openslide-python 。 看起來可能是路 ...

如何合並使用openslide-python獲得的圖塊

[英]How to merge tiles obtained using openslide-python

我正在嘗試以正確的順序組合圖塊，以便它們最終成為相同的整個幻燈片圖像（.svs 文件）。 .svs 文件根據 function 從文件路徑讀取如下： 在下圖中，我正在嘗試合並使用 openslide-python 的 DeepZoom 生成器獲得的圖塊（請參見下面的代碼片段） 這就是我將 .svs ...

使用 Tkinter 手動注釋

[英]Manual Annotation with Tkinter

我正在使用 Tkinter 通過 Openslide 導入圖像。 我想將手動注釋模塊集成到我的程序中，如下所示： ...

如何在MATLAB中使用openslide庫？

[英]How to use openslide library in MATLAB?

我應該如何安裝 openslide 庫並將其加載到 MATLAB 中？ 使用openslide_load_library()我收到以下錯誤： libopenslide.0.dylib not available on the MATLAB path ...

讀取和調整 svs 幻燈片的大小會導致圖像損壞

[英]Reading and resizing svs slide results in a damaged image

我正在使用 OpenSlide 和 PIL 打開幻燈片並調整它們的大小。 對於某些幻燈片，生成的圖像部分是黑色的。 要重現錯誤，請使用此幻燈片和此腳本： 因此，如果我使用不同SCALE_FACTOR ，我最終會得到不同的結果（ ds_img ）。 SCALE_FACTOR=32產生這個： 而SC ...

如何將 OpenSeaDragon 與 Virutal Slide 一起使用

[英]How to use OpenSeaDragon with Virutal Slide

我是 openseadragon 的新手，想在幻燈片圖像時從一些 Aperio.svs 創建一個基於 Web 的查看器。 我正在使用 c# 和 .net 並讓 openslide 創建縮略圖、條形碼圖像等。但我一直不知道如何讓 openseadragon 顯示 svs 文件。 我看到您可以將 svs ...

如何使用 OpenSlide Python 庫顯示整張幻燈片圖像（虛擬幻燈片）？ （不使用基於網絡的查看器）

[英]How to display whole-slide Images (virtual slides) using the OpenSlide Python library? (Not using a web based viewer)

我正在編寫一個應用程序，它可以使用OpenSlide python 庫查看 .svs 格式的整個幻燈片圖像並與之交互。 使用 Flask 和提供的基於 Web 的查看器示例，我能夠創建一個基於 Web 的應用程序，該應用程序允許我與數據進行交互。 但是，我的最終應用程序不應基於 Web。 我正在 ...

如何使用 Openslide-PHP-Bindings 創建 .dzi 文件

[英]How to use Openslide-PHP-Bindings to create .dzi file

我正在嘗試從 .svs 文件（從 openslide.org 測試生物醫學數據下載）創建 .dzi 文件。 我們發現了幾個庫，包括 vips、php-vips 和 openslide 自己的 lib openslide 用 python 腳本、c## 以及 php 編寫的：（ https://git ...

從整個幻燈片圖像補丁中去除顏色噪聲

[英]Color noise removal from whole slide image patch

下午， 我正在對整個幻燈片圖像（物理樣本的生物醫學圖像）進行一些深度學習。 我使用 openslide 將整個幻燈片圖像（大小為 5gb）平鋪成整個圖像的較小塊，然后將其轉換為 RGB 顏色空間（我相信該塊在 RGBA 中作為 PIL 圖像對象）。 如果我使用 5 倍放大率，我會發現當我將圖像保存 ...

如何將 dzi 文件轉換為多瓦錐體 tiff 格式

[英]how to convert dzi files to multi-tile pyramidal tiff format

參考答案（ 如何將 dzi（深度縮放）文件轉換為完整圖像） 我是這個話題的菜鳥，如果我錯了，請糾正。 我正在嘗試從.dzi（深度縮放圖像）格式創建一個多平鋪的 tiff，我的做法是： (i) 選擇最高級別的文件夾。 (ii) 將m行的n列(m_n.jpeg，我指的是以這種格式保存的圖像)全部垂直 ...

如何讓“Openseadragon”優先考慮瓦片請求？

[英]How to make “Openseadragon” prioritize tile requests?

我正在使用 Openseadragon 來顯示在服務器上運行的整個幻燈片圖像。 當互聯網連接不是很快並且在圖像內導航時，我有許多等待隊列的請求需要完成，直到我想要查看的特定區域被加載和呈現。 有沒有辦法讓新請求優先於舊請求？ 我認為它確實會改善用戶體驗。 我嘗試更改一些 Openseadragon ...

Pip 安裝openslide成功完成但是當我導入它時“找不到指定的模塊”

[英]Pip install openslide completes successfully but when I import it “the specified module is not found”

我需要在 Python 3.7 中打開 SVS 圖像，似乎 Openslide 是唯一能夠打開該尺寸（30k*30k 像素）圖像的模塊。 我已經使用pip install openslide-python以及python -m pip install openslide-python和pip 3 ...

OpenSlide.read_region 函數有問題嗎？

[英]Is there any problem with the OpenSlide.read_region function?

我正在使用openslide包的python API來讀取一些ndpi文件。當我使用read_region函數時，有時它會返回一個奇怪的圖像。 可能發生了什么問題？ 我已嘗試閱讀完整圖像，效果會很好。 因此，我認為原始文件沒有問題。 from openslide import OpenSlide ...

如何使用某些概率值在整個幻燈片圖像（.svs格式）上生成熱圖？

[英]How to generate heat map on the Whole Slide Images (.svs format) using some probability values?

我正在嘗試使用概率值為整個幻燈片圖像（WSI）生成熱圖或概率圖。 我有坐標點（確定WSI上的區域）和相應的概率值。 WSI的基本介紹：WSI尺寸很大（幾乎100000 x 100000像素）。 因此，無法使用常規圖像查看器打開這些圖像。 使用OpenSlide軟件處理WSI 。 ...

在沒有root權限的ubuntu上安裝openslide及其依賴openjpeg

[英]Install openslide and its dependency openjpeg on ubuntu without root privileges

我通過 ssh 連接到服務器並且沒有 root 權限。 我最終需要安裝openslide。 apt-get 不存在，yum 需要 root 權限，所以我要從 openslide 的源代碼進行 make/install。 我需要將 openjpeg 安裝為依賴項，但是它們支持 cmake，並且在某 ...


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