[英]Redirect gunzip output to python script
I want to gunzip
a series of files and then redirect the output to my python script. 我想
gunzip
一系列文件,然后将输出重定向到我的python脚本。 The python script gets one argument as the input. python脚本获取一个参数作为输入。 I wrote the following command:
我写了以下命令:
for i in $(ls test5/*/*gz); do gunzip -c $i | python script.py ; done
But it gives me the following error: 但这给了我以下错误:
Traceback (most recent call last):
File "./fqtofa.py", line 7, in <module>
inFile = sys.argv[1]
IndexError: list index out of range
I wonder why it can't read from the gunzip
output. 我想知道为什么无法从
gunzip
输出中读取它。
sys.argv
is for command-line arguments. sys.argv
用于命令行参数。 You're not passing any of those, you're piping it in via stdin. 您没有传递任何这些,而是通过stdin进行传递。 So you need to read from
sys.stdin
. 因此,您需要阅读
sys.stdin
。
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