堆栈内存溢出
  简体   繁体   English

如何在R中读取特定的.Matrix文件

[英]how to read a specific .Matrix file in R

 原文  2018-03-12 04:59:46  7   1    r/ read.csv

问题描述

I have a .Matrix file, I have been told it is similar to .csv file, and I take a look by web browser, it looks like this: 我有一个.Matrix文件，有人告诉我它与.csv文件类似，并且我通过网络浏览器查看，看起来像这样： 

%TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1

CLUSTER,,3,3,2,2,1,1,3,1,1,1,1,3,2,3,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,2,1,3,3,2,3,3,1,1,1,1,1,3,3,1,2,3,2,1,1,1,1,2,1,2,2,3,1,3,2,2,2,1,3,3,2,3,3,1,2,3,3,2,2,2,3,2,2,2,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,2,3,1,3,2,3,3,3,3,2,1,1,3,3,3,1,1,1,2,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,2,3,1,1,3,2,2,3,3,1,3,1,1,2,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1,2,2,2,2,2,1,3,1,2,3,2,2,2,2,3,2,1,1,2,3,3,2,1,3,1,1,1,1,3,3,3,1,3,3,1,2,2,3,2,3,2,2,3,1,2,2,1,3,1,2,2,3,1,2,3,2,3,3,1,3,2,3,1,1,2,3,1,1,3,2,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,2,1,2,2,2,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,2,3,1,3,2,1,3,1,1,1,2,3,3,3,1,3,3,3,1,1,2,2,3,2,3,3,3,1,3,3,1,1,2,3,2,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,2,2,1,1,1,1,1,3,1,1,2,3,3,1,1,3,2,2,1,1,2,1,1,3,2,1,2,1,2,3,2,1,1,3,2,1,3,2,1,2,2,1,3,3,1,3,3,2,3,2,3,1,3,3,3,3,2,1,3,2,3,3,3,2,1,2,1,2,3,1,1,3,3,3,3,3,2,3,3,1,3,1,1,2,3,3,3,3,3,3,2,2,2,3,1,2,3,3,3,3,2,1,2,2,3,2,3,2,3,2,3,3,2,1,2,3,3,2,1,2,3,3,3,1,3,2,3,3,1,2,2,3,1,1,2,2,3,2,1,1,2,2,1,3,1,2,3,1,3,1,1,2,3,3,1,2,3,2,2,1,1,2,3,2,2,2,1,2,1,2,2,3,2,1,2,1,3,1,2,3,1,2,3,1,2,1,1,2,1,3,3,3,1,3,3,2,2,2,1,2,3,1,3,1,2,1,3,1,2,2,1,2,3 集群,, 3,3,2,2,1,1,3,1,1,1,1,3,2,3,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1 ，3,1,1,2,1,3,3,2,3,3,1,1,1,1,1,3,3,1,2,3,2,1,1,1,1 ，2,1,2,2,3,1,3,2,2,2,1,3,3,2,3,3,1,2,3,3,2,2,2,2,3,2 ，2,2,1,1,2,1,1,2,1,1,1,1,2,3,1,3,2,3,3,3,3,3,2,1,1,3 ，3,3,1,1,1,2,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,3,2,3,1,1,3 ，2,2,3,3,1,3,1,1,2,1,2,2,1,1,3,3,1,2,1,2,2,2,2,2,2,1 ，3,1,2,3,2,2,2,2,3,2,1,1,2,3,3,2,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3 ，1,3,3,1,2,2,3,2,3,2,2,3,1,2,2,1,3,1,2,2,3,1,2,3,2 ，3,3,1,3,2,3,1,1,2,3,1,1,3,2,1,2,1,1,3,1,1,3,1,1,2 ，1,2,2,2,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,2,3,1,3,2,1,3,1,1,1,2 ，3,3,3,1,3,3,3,1,1,2,2,3,2,3,3,3,1,3,3,1,1,2,3,2,1 ，1,3,1,1,1,1,1,1,3,3,2,2,1,1,1,1,1,3,1,1,2,3,3,1,1,3 ，2,2,1,1,2,1,1,3,2,1,2,1,2,3,2,1,1,3,2,1,3,2,1,2,2 ，1,3,3,1,3,3,2,3,2,3,1,3,3,3,3,2,1,3,2,3,3,3,2,1,2 ，1,2,3,1,1,3,3,3,3,3,2,3,3,1,3,1,1,2,3,3,3,3,3,3,3,2 ，2,2,3,1,2,3,3,3,3,2,1,2,2,3,2,3,2,3,2,3,3,2,1,2,3 ，3,2,1,2,3,3,3,1,3,2,3,3,1,2,2,3,1,1,2,2,3,2,1,1,2 ，2,1,3,1,2,3,1,3,1,1,2,3,3,1,2,3,2,2,1,1,2,3,2,2,2 ，1,2,1,2,2,3,2,1,2,1,3,1,2,3,1,2,3,1,2,1,1,2,1,3,3 ，3,1,3,3,2,2,2,1,2,3,1,3,1,2,1,3,1,2,2,1,2,3 ,1,1,3,3,2,2,3,1,1,2,1,1,1,2,1,2,3,3,2,2,1,2,3,2,3,1,2,2,2,1,3,3,3,3,3,3,2,3,2,1,2,1,3,3,1,3,3,1,3,2,3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,2,1,2,1,1,1,1,2,2,3,1,1,2,3,2,3,2,2,3,3,1,2,1,3,2,3,2,2,3,2,3,1,1,1,3,1,2,3,1,3,2,3,2,2,1,2,3,1,3,2,1,2,3,1,3,1,2,2,1,3,3,2,1,3,3,1,2,3,1,2,1,1,3,1,3,2,3,3,3,3,2,2,1,1,3,3,2,1,3,1,1,3,3,3,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,2,1,3,2,3,1,3,2,2,2,2,2,3,3,1,2,2,3,2,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,1,2,3,1,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,2,3,3,2,2,3,2,3,1,3,2,1,2,3,1,2,2,1,1,1,3,3,2,3,3,3,3,2,3,1,1,3,3,3,1,1,3,2,1,2,3,2,3,1,3,3,2,1,1,1,1,3,3,2,3,1,2,1,3,3,3,2,2,2,2,3,3,1,1,2,3,2,2,3,3,2,2,3,3,3,2,2,1,2,2,3,3,3,3,1,2,2,3,2,2,2,2,3,2,2,2,1,1,2,2,2,1,2,3,2,2,3,3,2,1,3,1,2,2,1,3,2,3,1,1,3,1,2,2,2,3,3,1,3,3,1,2,1,2,3,1,3,2,3,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,1,3,3,1,3,2,2,2,3,2,1,2,3,3,2,1,2,1,2,1,1,3,3,1,1,3,2,1,3,2,1,3,3,3,2,2,2,1,3,2,3,2,3,1,2,3,1,3,3,1,1,3,2,1,2,3,2,1,1,2,3,1,3,2,1,2,2,3,2,2,1,3,2,1,1,3,3,2,1,3,1,2,2,1,2,2,3,2,2,2,3,1,1,3,3,3,3,1,2,2,3,3,3,2,1,3,2,1,2,3,3,1,3,2,1,2,1,1,2,2,3,2,2,3,1,2,3,2,3,1,2,3,3,2,3,3,1 ，1,1,3,3,2,2,3,1,1,2,1,1,1,2,1,2,3,3,2,2,1,2,3,2,3 ，1,2,2,2,1,3,3,3,3,3,3,2,3,2,1,2,1,3,3,1,3,3,1,3,2 ，3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,2,1,2,1,1,1,1,2,2,3,1,1,2,3,2 ，3,2,2,3,3,1,2,1,3,2,3,2,2,3,2,3,1,1,1,1,3,1,2,3,1,3 ，2,3,2,2,1,2,1,2,3,1,3,2,1,2,3,1,3,1,2,2,1,3,3,2,1,3,3 ，1,2,3,1,2,1,1,1,3,1,3,2,3,3,3,3,2,2,1,1,3,3,2,1,3,1 ，1,3,3,3,1,3,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,2,1,3,2,3,1,3,2,2 ，2,2,2,3,3,1,2,2,3,2,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,1,2,3,1,3 ，1,3,2,2,1,1,1,1,1,3,2,3,3,2,2,3,2,3,1,3,2,1,2,3,1,2 ，2,1,1,1,3,3,2,3,3,3,3,2,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,2,1,2,3 ，2,3,1,3,3,2,1,1,1,1,1,3,3,2,3,1,2,1,3,3,3,2,2,2,2,2,3 ，3,1,1,2,3,2,2,3,3,2,2,3,3,3,2,2,1,2,2,3,3,3,3,1,2 ，2,3,2,2,2,2,2,3,2,2,2,1,1,2,2,2,1,2,3,2,2,2,3,3,2,1,3 ，1,2,2,1,3,2,3,1,1,3,1,2,2,2,3,3,1,3,3,1,2,1,2,3,1 ，3,2,3,1,1,3,3,3,1,2,3,3,3,1,3,3,1,3,2,2,2,2,3,2,1,2 ，3,3,2,1,2,1,2,1,1,3,3,1,1,3,2,1,3,2,1,3,3,3,2,2,2 ，1,3,2,3,2,3,1,2,3,1,3,3,1,1,3,2,1,2,3,2,1,1,2,3,1 ，3,2,1,2,2,3,2,2,1,3,2,1,1,3,3,2,1,3,1,2,2,1,2,2,3 ，2,2,2,3,1,1,3,3,3,3,1,2,2,3,3,3,2,1,3,2,1,2,3,3,1 ，3,2,1,2,1,1,2,2,3,2,2,3,1,2,3,2,3,1,2,3,3,2,3,3,1 ,1,2,1,1,1,3,1,3,1,3,3,2,3,1,2,2,1,2,3,3,2,3,2,3,2,1,1,3,2,3,2,3,1,1,3,1,3,2,1,3,2,2,2,3,1,1,2,3,1,1,1,2,3,3,3,1,2,3,3,3,3,2,3,1,3,1,3,2,3,2,3,3,1,1,2,3,1,1,3,3,2,3,3,1,2,3,1,2,3,3,2,3,3,2,1,2,3,3,2,3,1,2,2,3,1,2,1,3,2,3,1,2,2,3,3,2,2,3,1,3,3,3,3,2,3,2,2,1,3,1,2,1,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,3,2,3,1,1,2,1,3,1,2,3,3,2,2,1,1,3,2,2,3,1,2,3,3,3,2,1,2,2,3,1,3,3,2,1,2,2,3,3,2,2,3,2,1,1,3,1,3,3,1,3,2,3,3,3,1,1,1,3,1,2,2,3,2,3,2,3,1,1,2,1,2,1,3,3,1,3,3,2,2,1,3,1,2,2,3,2,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,1,1,2,1,2,2,3,3,2,3,3,3,2,1,1,3,2,2,2,3,1,3,3,3,2,2,3,1,3,3,3,1,3,3,3,2,3,1,2,1,1,3,1,2,3,2,1,3,3,2,1,3,2,3,2,3,1,2,2,3,3,2,3,3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,1,2,1,1,1,1,2,1,1,2,3,1,3,3,2,2,3,2,2,1,3,2,2,3,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,3,2,2,3,3,3,1,2,2,3,3,2,3,2,3,3,2,1,2,3,3,1,3,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2,1,3,1,3,2,3,2,2,2,2,2,3,2,2,1,3,1,1,1,2,1,2,1,2,1,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,3,3,3,3,1,3,3,2,3,2,3,3,3,1,1,2,2,3,3,3,2,2,3,3,1,3,1,2,1,2,2,1,1,3,3,1,1,3,1,1,1,2,2,3,2,2,2,3,3,1,2,1,2,2,2,3,2,2,1,2,1,1,1,3,3,3,2,1,3,3,3,2,2,3,1,2,1,3,1,3,3 ，1,2,1,1,1,3,1,3,1,3,3,2,3,1,2,2,1,2,3,3,2,3,2,3,2 ，1,1,3,2,3,2,3,1,1,3,1,3,2,1,3,2,2,2,2,3,1,1,2,3,1,1 ，1,2,3,3,3,1,2,3,3,3,3,2,3,1,3,1,3,2,3,2,3,3,1,1,2 ，3,1,1,3,3,2,3,3,1,2,3,1,2,3,3,2,3,3,2,1,2,3,3,2,3 ，1,2,2,3,1,2,1,3,2,3,1,2,2,3,3,2,2,3,1,3,3,3,3,3,2,3 ，2,2,1,3,1,2,1,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,3,2,3,1,1,2,1,3 ，1,2,3,3,2,2,1,1,3,2,2,3,1,2,3,3,3,2,1,2,2,3,1,3,3 ，2,1,2,2,3,3,2,2,3,2,1,1,3,1,3,3,1,3,2,3,3,3,1,1,1 ，3,1,2,2,3,2,3,2,3,1,1,2,1,2,1,3,3,1,3,3,2,2,2,1,3,1 ，2,2,3,2,2,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,1,1,2,1,2,2,3,3,2,3,3 ，3,2,1,1,3,2,2,2,3,1,3,3,3,2,2,3,1,3,3,3,3,1,3,3,3,2 ，3,1,2,1,1,3,1,2,3,2,1,3,3,2,1,3,2,3,2,3,1,2,2,3,3 ，2,3,3,3,1,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,1,2,1,1,1,1,2,1,1,2 ，3,1,3,3,2,2,3,2,2,1,3,2,2,3,1,1,1,1,1,1,3,1,3,1,1,3 ，2,2,3,3,3,1,2,2,3,3,2,3,2,3,3,2,1,2,3,3,1,3,1,2,1 ，1,2,2,2,2,2,2,2,1,3,1,3,2,3,2,2,2,2,2,3,2,2,2,1,3,1,1 ，1,2,1,2,1,2,1,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,3,2,3,3,3,3,3,1,3 ，3,2,3,2,3,3,3,1,1,2,2,3,3,3,2,2,3,3,1,3,1,2,1,2,2 ，1,1,3,3,1,1,3,1,1,1,2,2,3,2,2,2,3,3,1,2,1,2,2,2,3 ，2,2,1,2,1,1,1,1,3,3,3,2,1,3,3,3,2,2,3,1,2,1,3,1,3,3 ,1,3,2,3,2,2,1,1,1,3,3,2,3,1,3,2,2,2,2,2,3,1,3,2,3,1,3,1,3,1,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,3,2,3,1,3,3,1,3,3,2,2,1,3,3,3,3,2,1,3,2,2,2,3,3,1,1,3,3,3,1,3,1,1,2,3,1,3,3,3,2,1,3,1,2,1,3,2,2,3,1,3,1,2,3,3,3,2,2,3,1,2,1,1,1,2,3,1,2,3,2,3,3,2,1,1,2,3,3,1,2,3,1,1,1,3,1,2,3,1,2,3,2,2,3,2,3,2,3,1,2,3,3,1,3,3,2,2,1,1,2,3,2,2,3,3,2,1,1,1,3,3,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,3,3,1,1,3,2,3,3,2,3,1,3,3,1,3,3,2,3,3,2,3,1,3,3,3,3,3,1,1,3,2,2,3,3,3,3,1,1,1,1,3,2,3,3,1,3,2,2,1,1,1,1,3,2,2,3,2,2,3,3,2,3,1,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,1,3,3,1,3,3,3,1,3,2,1,1,3,3,2,3,3,3,2,2,1,3,3,3,1,2,2,2,2,1,2,2,1,2,3,2,1,2,2,3,3,3,3,3,2,2,3,2,2,3,2,1,3,1,1,2,2,3,1,2,3,2,1,3,1,1,2,1,2,2,3,1,2,2,3,3,1,3,2,1,3,3,2,1,3,3,3,1,3,2,3,3,2,3,2,2,3,2,1,3,3,3,3,2,1,3,3,3,1,3,3,1,3,1,3,3,3 ，1,3,2,3,2,2,1,1,1,1,3,3,2,3,1,3,2,2,2,2,2,2,3,1,3,2,3 ，1,3,1,3,1,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,1,2,3,3,2,3,1,3,3,1 ，3,3,2,2,1,3,3,3,3,3,2,1,3,2,2,2,3,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1 ，1,2,3,1,3,3,3,2,1,3,1,2,1,3,2,2,3,1,3,1,2,3,3,3,2 ，2,3,1,2,1,1,1,2,3,1,2,3,2,3,3,2,1,1,2,3,3,1,2,3,1 ，1,1,3,1,2,3,1,2,3,2,2,3,2,3,2,3,1,2,3,3,1,3,3,2,2 ，1,1,2,3,2,2,3,3,2,1,1,1,1,3,3,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,3 ，3,1,1,3,2,3,3,2,3,1,3,3,1,3,3,2,3,3,2,3,1,3,3,3,3 ，3,1,1,3,2,2,3,3,3,3,3,1,1,1,1,3,2,3,3,1,3,2,2,1,1,1 ，1,3,2,2,3,2,2,3,3,2,3,1,1,1,3,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,1 ，3,3,1,3,3,3,1,3,2,1,1,3,3,2,3,3,3,2,2,2,1,3,3,3,1,2 ，2,2,2,1,2,2,1,2,3,2,1,2,2,3,3,3,3,3,2,2,3,2,2,3,2 ，1,3,1,1,2,2,3,1,2,3,2,1,3,1,1,2,1,2,2,3,1,2,2,3,3 ，1,3,2,1,3,3,2,1,3,3,3,1,3,2,3,3,2,3,2,2,2,3,2,1,3,3 ，3,3,2,1,3,3,3,1,3,3,1,3,1,3,3,3

tSNE-1,,8.13846968090103,12.8635212043927,10.3864480425066,7.17083119797853,-72.7452686458686,-49.7960088439495,45.63460621346,-50.3693843293848,-53.2415432674881,-54.6891175204711,-46.4635164735514,4.49644447816871,3.98243750756555,-9.99729157677144,-98.1041739031645,14.4129117311442,21.8090838800674,-46.5547640077783,-65.8379505581324,39.8907136841164,45.2453417297103,-43.4054353275594,5.58370171555427,-82.6419520577671,42.7647608862027,-91.125151907502,-37.9838559192307,62.9924569510685,-69.108888726706,62.7774653919852,60.3873481045592,62.825 tSNE-1，，8.13846968090103,12.8635212043927,10.3864480425066,7.17083119797853，-72.7452686458686，-49.7960088439495,45.63460621346，-50.3693843293848，-53.2415432674881，-54.6891175204711，-46.4635164735514,4.49644447816871,3.9-8243750756547147 -65.8379505581324,39.8907136841164,45.2453417297103，-43.4054353275594,5.58370171555427，-82.6419520577671,42.7647608862027，-91.125151907502，-37.9838559192307,62.9924569510685，-69.108888726706,62.7774653919852,60.3873488255592

I tried to read it by read.csv: 我试图通过read.csv阅读它：

test=read.csv('TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1.Matrix',sep='' ) test = read.csv（'TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1.Matrix'，sep =''）

str(test) 'data.frame': 33141 obs. str（test）'data.frame'：33141 obs。 of 1 variable: $ X.TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1: Factor w/ 33141 levels "A1BG,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,"| 1个变量中的第一个：$ X.TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1：具有33141级的因子“ A1BG，0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 ，0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0 ，0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0，“ | truncated ,..: 13453 31099 31100 1 2 3 4 5 6 7 ... 截断 ..：13453 31099 31100 1 2 3 4 5 6 7 ...

how should I read it in a right format, say, first character of 'sequence'(list?I guess?) as rowname. 我应该如何以正确的格式读取它，例如，“ sequence”（列表？我想是？）的第一个字符作为行名。

Thanks in advance! 提前致谢！

sorry, I cannot provide the data link because it is unpublished; 抱歉，我无法提供数据链接，因为它尚未发布； but I can tell you what the data look like: 但我可以告诉您数据是什么样的： 

%TransMat_H0004.E1.L1.S1.B1.T1 
cluster,1,2,3,2,3….
tsne-
1,-41,-80…..
tsne-
2,-41,-80…..
tsne-
3,-41,-80…..
(and the rest are all started with gene name and number, such as)
genea, 0,2,1,0…
….
genez,0,2,1,0

my desired output is to remove the first 4 factors(cluster, tsne-1, tsne-2,tsne-3), and extract the gene transcripts matrix,such as: 我想要的输出是删除前四个因素（簇，tsne-1，tsne-2，tsne-3），并提取基因转录矩阵，例如： 

V1 V2 V3 V4 V5
1  0  0  0  0  0
2  0  0  0  0  0
3  0  0  0  0  0
4  0  0  0  0  0
5  0  0  0  0  0

1 个解决方案

解决方案1
 0  2018-03-12 14:29:31

I figure this out by this: 我是这样想的： 

read.csv("E2.Matrix", skip=1)

since the first row is annotation according to the bioinfor technician who arranged the .Matrix file 因为第一行是根据安排.Matrix文件的bioinfor技术人员的注释

Thanks! 谢谢！ @ Stephan @斯蒂芬

暂无
暂无

声明:本站的技术帖子网页，遵循CC BY-SA 4.0协议，如果您需要转载，请注明本站网址或者原文地址。任何问题请咨询:yoyou2525@163.com.

相关问题 如何从R中的文本文件中读取矩阵 - how to read a matrix from text file in R 如何在R中读取具有特定格式的文件？ - How to read file with a specific format in R? 如何在R中读取excel文件中的特定行 - How to read specific rows in excel file in R 如何从R中的txt文件读取矩阵？ - How can I read a matrix from a txt file in R? 如何从R中的文本文件读取矩阵的数据 - how to read data of a matrix from text file in R 如何使用数据表将矩阵文本文件读入r - how to read matrix text file into r using datatable 如何将具有可变列的文件读入R中的矩阵？ - How do I read a file with variable columns into a matrix in R? 差异矩阵的R文件格式是什么，如何读入？ - What is the R file format of a dissimilarity matrix and how do I read it in? 如何从R中的压缩.csv文件读取多个特定列 - how to read multiple specific columns out of compressed .csv file in R R：对于每个不同的数据行如何读取特定文件？ - R: for every different line of data how to read a specific file?
相关标签
 
粤ICP备18138465号  © 2020-2024 STACKOOM.COM