我对单细胞 RNA seq 很陌生，我试图使用教程中的相同代码获取基因名称，但我不断收到错误消息： 这是我上面使用的代码，错误是： 错误 in.testForValidKeys(x, keys, keytype, fks): object 'GeneNameEnsembl' not found 当 ...
他们是将丰富列表从 CBNplot 转换为 dataframe 的方法，因此我可以使用 function bngeneplotCustom吗？ https://github.com/noriakis/CBNplot ...
我有以下数据集： 我正在使用gggenes包是否有可能得到基因彼此相邻的情节？ 另外，我希望上图的基因根据它们的符号或基因名称进行着色，并且物种标签必须在左侧，每个物种形成一个单独的染色体图，如下所示： 我使用手册使用“gggenes”包，并使用以下语法形成此图：ggplot(cnr1_syn ...
在按列合并之前，我想保留 SummarizedExperiment 数据类型的所有三个数据帧met.kirp.450 、 met.kirc.450和met.kich.450中的列名。 首先，我在提交具有这些匹配列的数据帧之前找到匹配列match.col 。 然后，我执行了SummarizedExpe ...
我正在尝试运行 for function 以从 fasta 中按顺序提取多个字符串。 这里举个例子（当然真正的是一万多） 这是我的代码 然而，跑完之后什么都没有发生。 我真的很困惑...我想获得的是分析每100 bp的GC含量...任何人都可以提供建议吗？ 谢谢。 ...
我正在尝试在我的 Windows 11 笔记本电脑上使用 RStudio 从 Bioconductor 3.16 (BiocManager 1.30.19) 加载 flowUtils package 但由于某种原因我无法。 我知道这个版本的 Bioconductor 已经发布了 package ( ...
Mac M2 R 4.2.2 我做了什么调整： 1\我打开/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library 删除文件夹'affy'，然后重新安装。 但是错误仍然出现在这里。 顺便问一下，'Bio conductor', 'limma', and ...
我正在使用 R 并需要安装一些软件包。 好的，所以我需要更新 bioconductor。 没问题： 在这一点上，我的终端得到了半个多小时的文本输出的绝对洪流。 它以此结尾： 所以我用“强制”选项重新做了一遍，但是这个过程坚持从头开始，所以我不得不再等半小时，得到同样的问题。 我已经用不同的命令和环境 ...
尝试对我的 fastq 文件执行一个相当简单的 gzip 命令，但返回了一个奇怪的错误。 错误： 尝试在脚本中运行一个循环，或者在单个文件上运行 gzip，这可行，但宁愿使用 nextflow 语法。 ...
nextflow 的新手，试图在 nextflow 块中运行循环以从序列文件名中删除扩展名，但遇到语法错误。 错误： 尝试使用其他方法，例如 basename，但无济于事。 ...
我有以下数据： 我尝试将其转换为 data.frame，但我看到一些错误，我不知道为什么 ...
我需要创建一个自定义 BSgenome 库。 我相信我已经正确完成了所有步骤。 大部分建议来自https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vi.nettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.pdf和https:// ...
我似乎无法在我的 Mac 系统上安装irlba R package。 运行install.packages("irlba", force = TRUE, type = "source")后，出现以下错误 ...had a non-zero exit status警告标签是什么意思？ 我该如何解决？ ...
gRbase、gRain 和 gRim 包（我维护的）都使用 Bioconductor 上的 RBGL、graph 和 Rgraphviz 包的功能。 这意味着用户不能直接安装我的包（必须执行 setRepositories -> BioC 软件）。 这当然不是世界上最大的问题，但它是一个大 ...
我想在R中创建一个CytoTree CYT object来分析my.FCS文件。 当我使用 package 描述中的快速启动代码时，运行 createCYT() function 时我总是会收到错误消息： createCYT 错误（raw.data = fcs.data，normalizatio ...
我正在尝试使用 conda 安装特定版本的 Bioconductor 软件包。 我正在使用这样的.yml文件创建一个 conda 环境： conda conda env create -f coo_environment.yml 当我这样做时，我得到： coo_environment.yml的相 ...
我正在尝试使用 conda 安装 Bioconductor package liftOver 。 我正在使用这样的.yml文件创建一个 conda 环境： conda conda env create -f coo_environment.yml 当我这样做时，我得到： coo_environm ...
我正在尝试在 R 中安装生物导体 package 舞会礼服。 R：v4.2.1 Ubuntu：20.04 我正在 Ubuntu 上运行 R 的最新版本之一（见上文）。 在这种情况下，我实际上没有安装 R-studio，我只是在终端上使用 R。 这个问题已经困扰我几天了，所以任何帮助都会很棒。 尝 ...
我在解释 R 函数方面并不出色，我正在使用Callahan et al., 2017的代码来安装 Bioconductor 软件包。 他们的脚本如下： 我有两个问题： 语法if(any(..inst))完成了什么？ 我了解 function 的结构，但我不知道这个特定部分的具体“含义”。 Bioc ...
我正在对几个基因样本尝试 EnrichKEGG，以在输入完整基因组之前检查它是否有效：这是我作为 test.csv 的数据输入 ID fc AJAP_14870 -0.04 AJAP_14875 0.32 AJAP_14880 -0.06 AJAP_14885 0.15 AJA ...