我正在努力尝试将 UniProt 中引用的配体与 PDB 条目中的相同配体一起使用。 对于许多配体（例如 FAD），三字母代码在 UniProt 和 PDB 条目中是相同的，但对于某些配体来说存在细微差别。 例如，对于血红蛋白 1a9w 链 A，在 PDB 文件中我找到“HEM”，但在相应的 Uni ...
I am working with the bioservices package in python and I want to take the output of this function and put it into a dataframe using pandas 这是我得到的结果 ...
好的，所以基本上我使用生物服务 package 从在线数据库中提取了大量值。 如果使用 pandas 将这个字符串列表转换为 dataframe ，然后我可以进一步格式化，我想要做什么。 这是我从在线数据库中提取的值列表，我想将其转换为 pandas 数据帧 ...
我有一个酶列表（EC 编号，代码中的“df”），我想在 KEGG PATHWAY 图中突出显示。 我想制作一个自动保存突出显示地图的 python 脚本。 到目前为止，我只能制作我手动下载它们的网址： 有任何想法吗？ ...
我是新来使用bioservices服务 Python package。 现在我将使用它来检索两个引用的 PMID，给定指定的信息，这是我尝试过的代码： 但是会出现错误： “TypeError：ECitMatch() 获得了参数‘bdata’的多个值”。 谁能帮我解决这个问题？ ...
我发现自己对从以下内容中得到的错误感到有些困惑 返回错误： 6 oboxml = urlopen(' http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0003723&format=oboxml ') 7 obo_dict = oboxml.read( ...
假设我想使用bioservices将KEGG ID映射到ChEBI ID，我可以这样做： 这将返回 意味着有两个与KEGG化合物关联的ChEBI ID（ KEGG条目C00033 ）。 如果必须执行大量映射，另一种方法是使用内置转换器，如下所示： 这将打印 ...
我想使用InChI作为输入从多个数据库中检索ID，例如 为此，可以使用生物服务中的bioservices ，但是这些功能都需要InChIKey作为输入，例如 是否可以使用bioservices相互转换这两者，如果不能，则可以通过InChI而不是InChIKey以某种方式在unic ...
我想为给定的KEGG化合物检索InChI表示形式，但是我没有找到直接的解决方案。 可以这样通过ChEBI做到这一点： 将打印 是否有不需要通过ChEBI的直接方法？ ...
我已经尝试过BioPython SeqIO和其他解析器，但是找不到任何好的工具来解析DAT文件。 我已经尝试过了，但是他们没有提供任何基因注释 他们大多谈论输入FASTA而不是DAT文件。 ...
我正在使用 KEGG API 下载基因组数据并将其写入文件。 总共有 26 个文件，其中一些包含字典'COMPOUND' 。 我想将这些分配给CompData并将它们写入输出文件。 我尝试将其编写为if True语句，但这不起作用。 ...
我正在尝试使用python multiprocessing模块来加快一些计算。 第一步是从BioModels数据库中获取许多模型。 有一个名为BioServices的API，可以通过pip install bioservices下载。 我已经设法串行执行此操作，但这需要时间，并且会从并行化 ...
我尝试通过生物服务访问KEGG ，以获得有关基因列表的某些信息。 问题是我不知道各个基因属于哪个生物。 在我的清单中可能有很多都属于不同生物的基因。 我的问题是我不知道如何在不指定生物体的情况下如何检索所需的基因信息。 举个例子： 第一个基因属于酵母，而第二个 基因属于大肠杆 ...
我想通过bioservices从 Uniprot 检索翻译后修改 (PTM) 数据，我使用以下脚本： 并获得以下结果： 我想要的是“修饰残基（2）”的细节，即这些修饰是什么类型，位置是什么，（可选）参考文献。 ...
我有以下代码： 使用（自定义方法） hugo2uniprot获取 uniprot IDS 搜索 GO 术语（使用bioservices的QuickGO ）并存储为字典 我拥有的一些基因名称的大列表没有返回任何命中。 这些会导致我想要处理的AttributeError然后移至列表中的下一项 ...
我有以下功能（属于一个类）： 问题在于，尽管提供了具有已知通用基因术语的基因列表，但该函数的输出始终是相同的基因名称。 例如， 'TGFB1'和'COL9A2'都有一个 GO 术语'proteinaceous extracellular matrix'但输出是一个列表， ['COL9A2','C ...
我正在写一个类： 但是当我运行它时，我得到一个 NameError： 有人能告诉我我哪里出错了吗？ ...
我正在尝试在安装了 Python 3.4 的 Windows 7 上安装bioservices : 1.2.5 。 该路径包含脚本，但在尝试使用“pip install”时仍然出现语法错误。 我尝试使用以下方法安装“生物服务”： 直到现在没有任何工作。 编辑：*现在给我另一个错误： 运行p ...
我正在关注网页上的教程： http : //pythonhosted.org/bioservices/compound_tutorial.html 一切正常，直到我达到以下命令： 然后我收到了错误消息： 作为最低工作示例： 然后我收到错误。 我理解错误（大部分），但我不知道如何修复它。 ...
我有一个大约 2000 个 GI 数字的集合，我需要将它们映射到 HGNC（又名 HUGO）基因名称。 作为数据分析管道的一部分，我将来必须重复进行类似的映射，因此我希望以编程方式进行此映射（而不是通过在某些交互式工具的界面上剪切和粘贴 2K GI 数字） . 此外，我被限制只能使用自由软件。 ...