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复杂热图中的打印值错误 - Error in printing values within complex heatmap
我正在尝试使用ComplexHeatmap R package 来生成热图并打印值。 NES_final是一个列表列表，其中包含第一级的expt和第二级的scenario 。 在每个expt中，我需要创建所有scenario的组合热图。 热图按预期创建，但是在打印每个expt中的scenario的 ...
Function 使用 sapply - R 在列表中保存多个带有添加元素的复杂热图图 - Function to save multiple Complex Heatmap plots with added elements in a list using sapply - R
我正在尝试创建一个带有添加到 plot 元素的热图列表。 我使用的代码源自复杂的热图教程： https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/heatmap-annotations.ZFC35FDC70D5FC69D269883A8 这 ...
在 R 中设置 ComplexHeatmap 图例的限制 - Set limits of ComplexHeatmap legend in R
我正在使用库（ComplexHeatmap）在 R 中工作。 我将如何手动将图例设置为从 0 -> 100 (%)？ 我的实际数据仅在 0-40% 左右。 ...
具有多个文件绘图的复杂热图 - Complexheatmap with multiple files plotting
我想为多个文件使用 Complexheatmap 来绘制单个数据框或文件。 到目前为止，我能够对一小部分文件执行此操作。 以列表形式读取文件 然后缩放数据 下一步是使用我想注释热图的元数据 我的元数据就是这样 要阅读上面的元数据，我在下面这样做我不确定它是否是正确的方法或方法。 ...
使用 column_split() 的 ComplexHeatmap - ComplexHeatmap using column_split()
我想使用库（ComplexHeatmap）在 r 中绘制热图。 复杂热图的原因是我想使用函数 column_split() 并根据其中一列中存在的条目条件沿热图的 x 轴创建四个部分。 类似的条目应合并为一个部分，而其他条目应类似地划分在一起。 我附上了一个我打算形象化的例子： 该示例沿 ...
热图的内部标签，在 R ggplot 中 - inner labelling for heatmap, in R ggplot
我正在尝试在热图的每个单元格上添加一个数字 label。 因为它还需要边际条形图，所以我尝试了两个包。 iheatmapr 和 ComplexHeatmap。 （第一次尝试）iheatmapr 使添加条形图变得很容易，如下所示，但我看不到如何在单个单元格的热图中添加标签。 然后使用：save_i ...
外部树状图在 complexheatmap 中用于 cluster_rows 时不会保持相同的形成 - External dendrogram does not keep the same formation when using it for cluster_rows in complexheatmap
我正在尝试使用ComplexHeatmap库创建带有外部树状图的热图。 创建的热图与使用plot()构建的热图具有不同的树状图。 ...
如何使用 Complexheatmap package（在 R 中）创建离散图例 - How to create discrete legend using Complexheatmap package (in R)
我有一个计数数据矩阵，我想使用离散图例显示，即使我的转换数据 (log(data+1)) 是连续的。 我尝试使用这行代码（ lgd = Legend(at = 1:6, legend_gp = gpar(fill = 1:6)) ），但 R 返回一个“未使用”参数。 ...
ComplexHeatmap 在 rowAnnotation 中更改段/链接的方向 - ComplexHeatmap change direction of segment/link in rowAnnotation
我正在构建一个大型热图并添加了行注释。 这个特定的注释必须在热图的左侧，但是当我添加标签时，段/链接朝向错误的方向。 有人可以帮我弄清楚如何将段翻转到 label 和注释之间吗？ 可重现的例子： 这是结果图： 我只是想将最左边的段移动到字母和注释框之间。 谢谢！ ...
这些警告在 ComplexHeatmap 的 Oncoprint Function (R) 中意味着什么 - What do these warnings mean in ComplexHeatmap's Oncoprint Function (R)
当我在我的数据代码上运行 oncoprint function 时，我看到以下警告（尽管它仍然会生成 oncoprint，但我无法判断是否有任何问题）： 1：您为超过 100 行或列的热图定义了cell_fun ，绘制起来可能会非常慢。 考虑使用矢量化版本layer_fun 。 2：列注释“分子 ...
星号值错误地放置在热图上 - Values for asterisks incorrectly placed on heat map
我想在 P 值 < 0.05 的热图中放置星号。 我有一个单独的电子表格，其中包含我读入 R 的 P 值，然后是热图，但是，我使用的函数似乎没有将星号放在正确的单元格中。 例如，在下图中，rho = 0 单元格没有附加 P 值，但在那里放置了星号。 电子表格如下所示。 对于所有 NA 的 ...
复杂热图中的 anno_text function，如何命名顶部的行注释？ - anno_text function in Complex Heatmap, how to name row annotation in the top?
我正在努力修改从列底部到顶部的行注释 label。 function anno_text具有参数show_name = FALSE 。 但是，它没有参数 side（或 name_side）。 因此，注释 label 始终放在列的底部。 有人知道如何改变吗？ 我想在顶部注释。 ...
ComplexHeatmap：如何以不同的方式放置热图图例和注释图例？ - ComplexHeatmap: How to place heatmap legend and annotation legend differently?
我用library(ComplexHeatmap)制作了这个图 我想要底部位置的Z-score ，而右侧显示分类变量。 这篇文章很接近，但我无法使用rowAnnotation使其工作，如下面的脚本所示。 预期输出 有了这些数据： 并使用此脚本 ...
Complexheatmap中的Bray-Curtis距离计算方法？ - Bray–Curtis distance calculation method in Complexheatmap?
我在 R 中使用 Complexheatmap function（或“热图”），想知道是否有一种方法可以使用 Bray-Curtis 方法计算列/行距离（使用 ward.D2 聚类方法），因为它不受支持在复杂热图中。 不幸的是，我需要使用这个 function 而不是 heatmap.2 和 ph ...
将 decorate_annotation 添加到 ComplexHeatmap package 中的垂直连接扰动图 - adding decorate_annotation to vertical joined upset plots within ComplexHeatmap package
我正在使用UpSet package 中的ComplexHeatmap function 并且我正在尝试向图表添加注释。 在非常好的方法中，他们描述了到 plot 条旁边的计数的额外步骤，并且他们还解释了为什么他们将这个 function 分开。 因此，文档中的最小示例如下所示（这是我能找到的最小示 ...
复杂热图，无法创建水平图例 - ComplexHeatmap, cannot create horizontal legend
嗨，我正在使用 ComplexHeatmap 包并遵循他们的小插图，但是由于某种原因，我似乎无法强制图例变为水平。 所以例如这里是一个例子， 所以尽管添加了legend_direction = "horizontal"我仍然在这里得到这个， ...
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