请问如何使用函数GraphLearner$new在r-drake 中进行转换。 代码如下: ...
请问如何使用函数GraphLearner$new在r-drake 中进行转换。 代码如下: ...
编辑:在发现所描述的行为不是源于 SLURM 而是源于 R package {drake} 后,对问题标题和标签进行了调整,后者用作执行 SLURM 数组作业的代理。 我有以下情况: 一个n=70的 Slurm 作业数组,每个作业有 X CPU 和 Y Mem 120个任务要运行每个任务需要相同的 ...
我正在研究这样定义的 Drake 工作流程:projectName <- c("lake_2018_CER_lib_norm_log2", "lake_2018_CER_lib_norm", "lake_2018_CER_raw_counts") normalize <- c(TRUE ...
我有一个 drake 计划,打算根据输入数据(即 input-dir1 -> results-dir1)切换缓存目录。 这样做的好处是,如果数据源切换,我不需要重新运行完整的管道。 make或loadd类的函数似乎总是使用find_cache ,它默认为当前 R 工作区中的.drake目录 ...
我有一个像下面这样的一般形式的计划我的真实计划更复杂,我无法在玩具示例中重现此错误。 有没有人看到过这样的问题,你对可能导致它的原因有什么想法吗? 该计划采用一组模型结果,为每个结果生成一些图表和报告的摘要。 目标 dep1_a-c 和 dep2_a-c 已生成,但图中出现 dep2 dep2_ ...
我在我的德雷克计划中创建了一组文件。 我想将这些文件的一个子集复制到另一个位置。 下面的代码几乎实现了这一点。 但是,在获取我要复制的文件目标子集后,德雷克对文件更改的依赖关系跟踪丢失了。 如何在不丢失 drake 依赖项跟踪的情况下组合/子集动态文件目标? copy_file <- fu ...
了解drake软件包是 R 用户最近的最佳发现之一。 但是,我在可重复性方面看到该包的一个缺点是工作区的功能混乱,而这些功能仅仅是辅助功能。 没有人知道这些source d 函数是否冲突,或者library调用的顺序是否重要。 我知道有conflicted包,但它只处理包。 我知道 R 中的代码单 ...
我有一个 drake 计划,它使用带有file_in的输入文件夹。 然后读取文件夹中的每个文件并进行一些转换。 最后,它加入了结果。 如果我添加一个新文件,我希望计划中的新计算只应用于这个文件,然后加入到以前的结果中。 然而,该计划的作用是:它检测目标的变化,然后根据该目标重新计算所有目标。 注 ...
drake手册给出了以下使用动态子目标的示例: https://books.ropensci.org/drake/dynamic.html#dynamic-transformations library(gapminder) library(drake) plan <- drake_p ...
我想在另一个 git 版本 R 项目中使用在一个 git 版本 R 项目中生成的 R 对象(例如,清理数据)。 具体来说,我有多个 git 版本的 R 项目(持有drake计划),它们为我的论文实验做各种事情(例如,生成材料、导入和清理数据、生成报告/文章)。 理想情况下,特定于实验的项目应该是: ...
我想使用德雷克的动态目标来读取多个文件。 我根据对动态文件工作原理的理解编写了以下计划。 但是,当输入文件更改时,drake 不会正确更新所有目标。 使用drake的动态文件读取文件的正确方法是什么? 换句话说,解决这个问题的file_in()的动态文件版本是什么: 如何从 r-drake 中的多 ...
我正在尝试在drake计划中安装一些lme4::lmer模型,但出现错误未找到“数据”,公式环境中缺少一些变量如果我替换一个lm model,它就可以工作。 这是一个可重现的示例 有什么建议么? ...
我试图用德雷克运行一个项目。 make(plan)运行良好,但在计划的最后一点之后我收到一个错误。 我在 windows 系统上运行(带有\\路径分隔符)。 通常 R 使用/路径约定并处理得很好。 但不知何故,这里的路径搞砸了,我不知道为什么。 这是已知的并且有可用的解决方法吗? 有人知道错误是在 ...
学习如何将 drake 与 tidymodels 一起使用。 当我运行 make(plan) 时,关于使用 rsample 的 initial_time_split() 而不仅仅是 initial_split() 的一些事情给了我一个错误。 我得到以下信息: 真的一直在为此绞尽脑汁。 functi ...
当我将新的.csv文件添加到目录时,我想确保我的drake计划会更新。 我查看了新的动态文件,但无法让它工作(参见 reprex)。library(drake) library(purrr) library(readr) fs::dir_create("folder") file.create("f ...
这是关闭循环将应用程序和数据传递到 Shiny 部署 function 的后续问题: 如何在德雷克中使用 shiny 应用程序作为目标我想直接从 Drake 计划部署 Shiny 应用程序,如下所示。 shinyapps.io 的日志显示来自 drake 的“cars_data”未传递到 cu ...
我有 package 一个庞大的时间序列工作流程(4273 * 10 模型),每周在德雷克中用于 4273 个时间序列。 最初,我尝试使用寓言 package 创建完整的工作流程。 这对于训练分组 tsibbles 的模型非常方便,但是经过不同的试验后,我在 memory 管理方面遇到了很多问题。 ...
嗨,我是drake R package 的新手,想听听关于使用子任务管理大型项目的最佳实践的一些意见。 我的项目的简化结构有两个部分:1)数据清理和 2)建模。 它们是级联的,因为我先进行数据清理,然后在开始建模部分时很少返回 go。 我认为手册建议的方法是: 我在上述工作流程中遇到的一个问题是我为 ...
我想使用 function 来创建德雷克计划。 见 MWE: 我想 给予 但相反,它给出了 感觉这是一个 NSE 问题。 有人可以给出一个友好的提示如何做到这一点吗? 提前表示感谢! ...
我有一个类似的计划:plan = drake::drake_plan( targ1 = target( f1(input) , dynamic = map(input) ) , targ2 = target( f2(tar ...