我需要在 ete3 中的树中获取节点号。 下面是一个树的例子： 然后我从这棵树中计算一些东西（对这个问题不重要），这些东西给了我树中每个节点的值，然后我在 ggplot 树中绘制。 但是ggplot树需要节点号来绘制这些信息，这里的问题是我无法找到代码来获取树"rooted_tree"的节点号 ...
我在我自己编写的生物信息学管道中的 Python 中使用 ete3（ http://etetoolkit.org/ ）package。 运行此脚本时，我收到以下错误。 我已经将此脚本用于其他没有任何问题且没有给出任何错误的数据集。 我正在使用 Python3.5 和 miniconda。 任何解决此 ...
我最近在ete3 （在 Python3 上）首次亮相，出于调试目的，我会发现将两棵树并排显示很方便，例如在matplotlib.pyplot.subfig中。 但是，我在文档和本网站上都没有找到相关信息（这很令人惊讶），并且使用tree.show()总是会停止程序的执行。 所以是的，如果有人知道如 ...
您好，我有一棵树，例如： 我正在寻找一种方法来查看离特定叶子最近的叶子。 例如，这里与C最密切相关的叶子是D和E.与D最密切相关的叶子是E与B最密切相关的叶子是C, D和E. ...
我正在使用 Python 包ete3 。 我有树，例如： 我想看到与树中特定节点最密切相关的叶子（这里的树是Species1_order1 ）。 在示例中，最密切相关的叶子是Species2_order2 / Species3_order2和Species4_order3 / Species5_ ...
我有一个对象列表： 而且我还有一个系统发育树（一种树状的数据结构），它是这样存储的 这棵树很大，我想要的是减少这棵树。 我想在这棵树中维护我的列表数据中的所有叶子并删除其余的叶子。 我不熟悉与 ete3 一起工作，有人能帮我找到正确的方向吗？ ...
我运行了一个名为 codeml 的程序，该程序在 python package ete3 中实现。 这是codeml生成的model的打印： 但由于它只是一个打印件，我需要将这些信息放入一个表格中，例如： 因为我需要解析这些信息。 您知道如何处理打印 output 吗？ 谢谢你的帮助。 ...
如果在未安装PyQT4的情况下发现了一些对stackoverflow的影响，人们在使用ete3工具时会遇到问题，这（过去）也适用于我。 但是，我现在尝试重新安装一个软件，并且一直抱怨'Module'没有attritube'Treestyle'。 为了测试是否安装了PyQT，我运行了以下p ...
我阅读了有关生成轮廓人脸热图的整个文档，但找不到任何方法可以向 ete3 生成的热图添加标签。 例如，在以下代码中，热图的 7 列名称为“Marker1”到“Marker7”。 有没有办法将这些名称添加到 ete3 生成的热图中，例如“BarChartFace”可用的“标签”选项？ 或者唯一的方法是 ...
我试图弄清楚如何从networkx向图构建ete3.Tree对象？ 我以我认为会产生预期结果的方式添加了每个child ，但是我遇到了麻烦。 我也尝试了以下方法，但是没有用： ...
我有一种读取 Newick 文件并在 Django 框架中返回字符串的方法，如下所示： 这适用于普通的 Newick 文件，但我也有一些文件在文件开头有一个字符串。 我正在尝试另一种方法来检查文件之前是否有以下字符串（在某些文件中就是这种情况）：“newick;” 如果找到则删除字符串。 它在本 ...
我是Linux用户，到目前为止，我已经在python2中成功使用了ete3。 我为python3安装了ete3，但是python3找不到某些模块。 我相信我已经按照说明安装了所有依赖项。 我可以从ete3导入ete3和Tree，但到目前为止不能使用其他任何东西。 有关如何解决 ...
我想使用它来转换一堆标识符，但是我需要确切地知道将哪个分类等级分配给每个分类代码。 下面显示的是一个有意义的转换示例，但我不知道该如何标记某些分类调用。 基本的生物分类等级是：（域，王国，门，等级，顺序，家族，属和种） https://en.wikipedia.org/wiki/Taxono ...
我正在尝试从ete3网站运行代码，但始终收到以下错误： 由于QT4不再被支持（如说在这里 ），我BREW安装QT5。 但是，当我再次运行ete3代码时，系统仍显示相同的ImportError。 有人知道这个问题的解决方案吗？ ...
我已经开发了一个二叉搜索树结构，我想添加一些可以可视化该树的功能。 以下代码属于二进制搜索树： 您可以测试代码以查看其如何递归遍历树： 对于可视化，我使用了ete库。 在ete3库中，如果使用以下代码： 您将获得如下输出： 如您在上面的代码中看到的，如果我能够 ...
我在列表上使用.get_topology制作了系统树，但无法添加科学名称并对节点进行排名。 具体来说： 我尝试使用： 但是它返回空字典。 我希望节点在相应属性下具有其等级，科学名称和税号。 我究竟做错了什么？ 谢谢，阿拉什 ...
如何在 ETE3 python 模块中为引导线添加不同的颜色（使用TreeStyle 类中的 guideline_lines_color 将叶节点与文本连接）。 谢谢 ...
我刚开始使用ete3 ，它很棒。 如何使用颜色字典为ete3树对象的叶子着色？ 我做了"c":None因为我不希望c出现。 我想更好地控制树的渲染，但是我不知道该怎么做。 我看到有NodeStyle对象，但我认为这是针对实际节点的。 看起来这个TextFace对象是我所需要 ...
我正在使用python中的ete3软件包从我用随机模型生成的数据中构建系统树。 我以前将这些树写成newick格式，然后使用另一个脚本（带有Dendropy包）来读取这些树并对它们进行一些分析。 这两个脚本都能正常工作。 我现在正在尝试进行大量此类数据处理，并且想编写一个脚本，从而跳过 ...