我最近在ete3 （在 Python3 上）首次亮相，出于调试目的，我会发现将两棵树并排显示很方便，例如在matplotlib.pyplot.subfig中。 但是，我在文档和本网站上都没有找到相关信息（这很令人惊讶），并且使用tree.show()总是会停止程序的执行。 所以是的，如果有人知道如 ...
我跟着指示安装etetoolkit为Mac。 运行conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain时出现错误 错误： UnsatisfiableError：发现以下规范与您环境中的现有python安装不兼容： et ...
我是Linux用户，到目前为止，我已经在python2中成功使用了ete3。 我为python3安装了ete3，但是python3找不到某些模块。 我相信我已经按照说明安装了所有依赖项。 我可以从ete3导入ete3和Tree，但到目前为止不能使用其他任何东西。 有关如何解决 ...
这个问题涉及到： 如何从出租车获得王国，门，类，秩序，家庭，属和物种的分类学特定ID？ 给出的解决方案有效，但我希望为定义的排名提供每个分类标准的名称。 我在ete3上发现了这个可以完成这项工作： 但不是python程序员，我没有将它合并到上面链接中给出的代码中。 这是我尝试过 ...
如何在 ETE3 python 模块中为引导线添加不同的颜色（使用TreeStyle 类中的 guideline_lines_color 将叶节点与文本连接）。 谢谢 ...
我刚开始使用ete3 ，它很棒。 如何使用颜色字典为ete3树对象的叶子着色？ 我做了"c":None因为我不希望c出现。 我想更好地控制树的渲染，但是我不知道该怎么做。 我看到有NodeStyle对象，但我认为这是针对实际节点的。 看起来这个TextFace对象是我所需要 ...
我使用ete2命令Tree（）,. add_child（）,. add_sister（）等在python中绘制了一棵树。 有什么办法可以将这棵树转换成相应的Newick格式吗？ ...
我查看了有关模块安装和Python文档的其他一些问题，但是我无法在Python 2.7上成功安装ete2。 我已经从网站上下载了它，但不知道下一步应该是什么。 ...
我有一个如下所示的出租车列表： 我希望从上面的出租车中获取一个带有分类标准的文件： 我正在使用“ ete3 ”包。 我使用工具ete-ncbiquery来告诉你上面的id的谱系。 （我使用下面的命令从我的linux笔记本电脑上运行它） 结果如下： 我不知道哪些 ...
我想更改ETE Toolkit生成的输出图像上的字体方向： http ： //etetoolkit.org 由于某些原因，旋转和方向更改不会影响标签，如下图所示： 在Jupiter笔记本上生成此示例的代码如下： 我还想知道是否可以将输出拆分为多行而不是一行？ 较长的序 ...
我正在尝试使用python软件包ete2从我的细胞自动机模型输出的合成数据中制作出系统树。 数据由列为（父，子）的对组成，其中对的每个成员都是代表突变事件的唯一整数。 我已经将字符串对中的每个成员重铸为字符串，并在它们之前加上“ r”，所以现在： （“ r1”，“ r2”）将代表一个称 ...
我想在ete2中为树状图创建自己的布局。 我有非常具体的需求来逐个节点自定义树节点（即每个节点都有不同的样式等。） 是否可以将节点的形状设置为矩形（我找到了圆形，正方形和球形作为选项）？ 我想为每个节点手动设置长度和高度。 另外，您是否对ete2有任何经验。 定制是否有任何限制 ...
我有一棵树，它的某些节点具有属性“ a”，我想测试给定节点是否具有此属性，我所做的是 但我遇到一个错误treenode n没有属性a 有什么测试方法吗？ ...
我有一棵大树，我想在其中获取每个叶节点的路径（所有节点）直到根。 我正在尝试使用ete2进行此操作，但是树太大了，似乎太慢了。 谁能建议一个更快的方法呢？ 那就是我在做什么： ...
我写了一个程序来计算两棵树之间的距离。 树木已经扎根。 我想确保树木植根于同一根或外群。 据我所知，在ete2中，一个树只能设置根，而不能找到该树的根，而另一棵树也可以在同一棵树上建立根。 我想在一棵树中找到根，并在另一棵树中设置相同的根。 因此树木以相同的方式扎根。 ...
我需要存储然后操作（添加新节点，搜索等）一棵树，其中每个节点都是一对x，y坐标。 我发现ete2模块可与树配合使用，但无法捕捉如何将节点另存为元组或坐标列表。 ete2是否可能？ 编辑： 我在这里遵循了该教程， 网址为http://pythonhosted.org/ete2/tu ...
我正在尝试从给定的树文件中删除一组节点。 这是我的代码： arthropods.nw是一个newick树文件，它是一个摘录： taxidMap.txt： 问题是，当我打印“已删除”列表时，它给我的列表都不是，我意识到树中的节点数仍然大于输入文件中名称的数吗？ 提 ...
我一直在尝试使用Python中的ete2软件向系统发生树中的节点添加不同的图像，但没有成功。 这些是我收到的错误消息： 任何帮助深表感谢！ ...
我试图为下面的HTML表配置一个解析树，但是无法形成它。我想看看树结构是什么样的！有人可以帮助我吗？ 编辑 ...
我有一个通过运行创建的向量列表： 其中document_list是我正在分析的Web文档的集合。 然后我执行分层聚类： 这会生成一个ndarray，例如： 是否可以将此ndarray转换为可以传递给ete2 Tree（）构造函数的newick字符串，以便我可以使用ete ...