我用hcluster产生了一个簇。 原始树状图 。 为了格式化，我使用as.dendogram 。 当我这样做时，我的标签被剪掉了。 垂直树状图 水平方向甚至更多。 我需要的那个。 水平树状图 因为我使用par(oma = c(0, 0, 0, 8)而不具有标签效果p ...

我用Python计算了一个jaccard相似度矩阵。 我想将最高相似性聚类到最低，但是，无论我使用什么连接函数，它都会生成相同的树形图！ 我觉得该函数假设我的矩阵是原始数据，但我已经计算了第一个相似性矩阵。 有没有办法将这个相似性矩阵传递给树形图，以便正确绘制？ 或者我将不得不输出矩阵并 ...

我试图运行以下代码，但出现AttributeError：'module'对象没有属性'hcluster'，在最后一行中引发。 我在Mountain Lion中运行，我使用pip和homebrew，而hcluster在PYTHONPATH = / usr / local / lib / py ...

我从http://pypi.python.org/pypi/hcluster下载hcluster，然后解压缩到一个文件夹，然后键入"python setup.py install" 。 它似乎可以显示： 但是我尝试“导入hcluster”，它显示： 我是构建，编译，安装Pyth ...

我有一个通过运行创建的向量列表： 其中document_list是我正在分析的Web文档的集合。 然后我执行分层聚类： 这会生成一个ndarray，例如： 是否可以将此ndarray转换为可以传递给ete2 Tree（）构造函数的newick字符串，以便我可以使用ete ...

我正在使用模块hcluster从距离矩阵计算树形图。 我的距离矩阵是一个像这样生成的数组： 然后我使用命令distVec = hcluster.squareform(distMatrix)将矩阵转换为压缩矢量，并使用vecLink = hcluster.linkage(distVec) ...

我正在尝试在python中使用hcluster库。 我没有足够的python知识在hcluster中使用稀疏矩阵。 请帮助我任何人。 所以，我正在做的事情： data.dmp包含矩阵看起来像： 并且仅包含矩阵的右上部分。 我不知道怎么用英语正确拼写它:)所以，所有数字都高 ...

我正在使用hcluster随附的setup.py文件，并添加了以下几行： 然后按如下所示使用setup.py： “ c：\\ program files \\ python26 \\ python.exe”“ c：\\ Program Files \\ Python26 \\ ...

我正在通过相关距离度量（即1 - Pearson相关）对二维矩阵进行分层聚类。 我的代码如下（数据在一个名为“data”的变量中）： 我得到的错误是： 是什么导致这个错误？ 我使用的矩阵“数据”很简单： 我没有看到pdist在采用1 - pearson相关时如何产生负 ...