我对 R 比较陌生，需要一些数据分析方面的帮助。 在附表中，Master Protein Accession 列由一系列蛋白质组成，这些蛋白质在对照（C）、脱水（D）和再水合（R）三种条件下在皮层（C）中增加或减少。 每个条件有5个样本； CC（1,2,3,4 和 5），CD（1,2,3,4 和 ...
我正在尝试运行 gcloud beta lifesciences，因为不推荐使用基因组学 API。 发生了很多变化，基因组学 API 与生命科学 API。 我使用 beta 生命科学在谷歌云中运行了我的分析步骤之一。 这是我发现的。 （1）通配符在命令行选项中不起作用（2）在命令行选项中设置目标目 ...
我尝试使用此代码打印基因名称的标题，然后根据其位置提取子字符串，但它不起作用 输入文件 法斯塔 这是我错误的输出文件 输出应如下所示： ...
我正在尝试使用 Nextflow 在 GCP 上运行工作流。 问题是，每当创建一个实例来运行一个进程时，它都会连接两个磁盘。 第一个启动盘（默认 10GB）和一个额外的 'google-pipelines-worker' 磁盘（默认 500GB）。 当我并行运行多个进程时，会创建多个 VM，每个 V ...
我有一个 hg19 对齐的 BAM，我希望为其生成 DeepVariant VCF。 我使用 samtools 来提取标题并确保 hg19 参考 FASTA 索引包含相同的重叠群和位置。 我最初的目标是在这个 WGS BAM 上只运行一个外显子组模型，使用以下模型和区域： 模型=gs://deep ...
我尝试在v2alpha1 JSON映射中使用preemptible标志使用基因组管道运行数千台机器。 即使这些机器是可抢占的 - 许多工作人员在使用永久磁盘空间的同时甚至还没有启动。 gcloud alpha基因组操作描述了$ operation_id 我看到描述：工人被释放了 ...
我正在尝试在Google Cloud中运行GATK最佳做法管道，并出现以下错误 这是gcloud命令： 错误：（gcloud.alpha.genomics.pipelines.run）无法读取文件[wdl_pipeline.yaml]：[Errno 2]没有这样的文件或目录：' ...
如何将 TCGA RNA normalized_count 转换为为 GTEx 计算的 TPM 值。 现在 GTEx 上的 TPM 值远小于 TCGA 的值。 我在 BigQuery 上查看的表是： 和 谢谢，艾拉兰 ...
我正在Google Cloud上使用Cromwell引擎 ，该引擎提交管道运行请求： https : //cloud.google.com/genomics/reference/rest/v1alpha2/pipelines/run 。 管道完成后，我便可以通过标签找到与每个管道关联的Go ...
我正在尝试在我的 BAM 文件上运行 DeepVariant 以生成 VCF。 我有以下问题： 1 - 对齐在 GRCh38 中，我应该使用哪个模型。 我可以使用标准的全外显子组序列模型吗？ ('gs://deepvariant/models/DeepVariant/0.7.0/DeepVar ...
我对HPC和Google Cloud完全陌生（我刚刚签署了试用帐户）。 我的想法是执行RNAseq分析（成对的9个样本，18个fastQ文件），主要是我想执行FastQC和尝试不同匹配的映射。 下载Bam文件，然后从家里继续使用我的计算机。 首先，我生成了一个具有8个vCPU的实例 ...
我正在尝试从存储在公共云存储桶中的大文件中随机读取一行。 我的理解是，我无法使用 gsutil 执行此操作，并且已经研究了 FUSE，但不确定它是否会满足我的用例： https : //cloud.google.com/storage/docs/gcs-fuse 有很多文件，每个文件大约 50G ...
Google Genomics Variant Transform管道使用的Variant Schema将基因型表示为BigQuery中的嵌套记录-例如： （摘自： https : //bigquery.cloud.google.com/table/genomics-public-d ...
是否有JBrowse的替代软件 （在Centos6上）。 我需要将其集成到我的网页中，但是jbrowse在安装PerlIO :: gzip时给出了zlib的错误。 尽管安装了所有相关模块（libpng，libpng-devel，gd-devel，zlib-devel，perl-ExtUt ...
我一直在尝试将Google Cloud上的fastq文件转换为uBAM文件，但到目前为止没有成功。 这是我使用的代码： 我可以看到该图像已被拉出并成功运行，但是随后出现错误消息，提示命令不正确，请检查PicardcommandLine -h 有没有人有使用Google Cloud ...
我已将一个变量集加载到Cloud Genomics中，并尝试将其导出到BigQuery。 我尝试的第一种方法是使用管道，如下所示： https://cloud.google.com/genomics/docs/how-tos/load-variants 但是，进入过程20分钟后，它 ...
我想阅读基因组特定区域中的所有调用。 不论基因型如何（等于参考基因组或交替，编码或非编码区）。 假设所有基因组均已测序。 我应该查看以下哪些表格？ 我正在使用Google BigQuery基因组数据，并且需要解释以下文件扩展名之间的差异：* .genome_calls * .vari ...
我试图遵循googlegenomics / pipelines-api-examples中给出的fastqc示例。 但是，当我尝试使用projectID和bucketID重新生成示例时，出现错误： 我要去哪里错了？ ...
以下是与基因组数据有关的问题： 我对大型查询中的pgp数据使用以下查询： http : //googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/discover_public_data/pgp_public_data.html （为简单起见，使用了 ...
我正在使用Dockerflow通过Google Cloud Platform上的Google Pipelines API运行并行任务。 我开始了一个并行运行1389个VM的单步任务，发现233个VM显然什么都不做并且无限期地挂起。 我对串行控制台输出进行了一次抽查，并反复看到虚拟机运行出 ...