我已经使用RUVr()来更正我的数据中的批次，现在我想使用更正后的表来计算 TPM。 我可以使用normCounts()为 TPM 提取批量校正数据吗？ ...
我在 DESeq2 上有以下 model，我正在阻止复制。 这是元数据： 我想提取对比“CPEB4 - IgG” 我可以像这样使用results function 来做到这一点： 我得到以下 DEG： 但是，我也可以手动计算系数（我通常在有更复杂的对比时这样做），如下所示： 但是，通过这段代码，我得 ...
我从 Cytoscape 开始，并尝试在 Linux Debian 的 Cytoscape 版本 3.9.1 中使用示例数据集 (E-GEOD-30573) 重现教程“RNA-Seq data.network analysis”。但是，节点所在的步骤按倍数变化着色，对我不起作用； 按下“应用首选布局 ...
我正在使用 R package Seurat对单核 RNA 测序数据（基因 x 细胞）矩阵进行缩放和聚类。 我的数据很大，包含 11,500 个基因和约 150 万个细胞。 由于数据的大小，扩展矩阵的最快方法是在多个节点（每个节点包含 40 个核心）上并行化。 我在 Niagara 集群上进行计算 ...
我最近做了一个 RNAseq 实验，我在 3 个不同的时间段进行了控制和实验。 我的样本分布如下，总共 10 个样本： T1_control1, T2_control1, T2_control2, T3_control1, T1_exp1, T1_exp2, T2_exp1, T2_exp2, ...
具有四种条件（组“1”、“2”、“3”、“4”）的细菌上清液的 RNA 序列。 所有条件一式四份（条件 2 除外，一式三份）。 此管道中的 edgeR 库在estimateCommonDisp处出现错误。 结果是： 优化错误 (commonCondLogLikDerDelta, interval ...
我正在尝试使用 ClustalW 执行多序列 Alignment。 该代码有效，我可以在 R 中看到我的终端上的对齐方式。 下面是我写的代码。 但是，当我运行 write.fasta function 时，我收到一条错误消息： 序列错误[(nbchar * q + 1):l]: 'S4' 类型的 ...
我最近使用一个简单的注释文件 (SAF) 在 fasta 文件上运行了一个 FeatureCounts 脚本，结果生成了一个表，每个特征都有一行，列显示它的位置、长度和所有样本的读取次数。 我想计算样本中每个人的所有特征的 FPKM 值。 有可用的脚本或程序吗？ ...
我有一个snakemake 规则，它试图从这个名为merged 的目录中提取。 这包含两个单独的 scRNA 数据集。 我想将snakemake 与cellranger 结合使用来运行任意数量的样本。 我的 cellranger_count 规则出现以下错误，我不理解，谷歌也没有帮助。 有人可以把这 ...
我试图从 5'UTR 的结合分析中得到基因名称。 因此我有这个小代码。 直到vmatchPattern一切正常。 至少我希望如此。 然而，之后我想获得基因名称以创建一个列表，并在 Python 中使用它来进一步分析 RNAseq 实验。 有一个问题，我想到目前为止我发现了三种不同的方法来潜在地做到这 ...
我一直在尝试使用enrichplot::treeplot() 创建一个图形，但我无法弄清楚如何对treeplot() 创建的图形进行额外修改。 我在下面粘贴了复制示例图的示例代码/数据集。 当我将其应用于我的数据时（在示例中也很明显），路径名称（很长）的字体足够大，以至于它挤满了图形。 此外，当显 ...
我正在尝试使用 2 通 STAR 映射策略（此处也解释了https://informatics.fas.harvard.edu/rsem-example-on-odyssey.html ），但出现错误。 我已阅读此页面 [https://github.com/alexdobin/STAR/issu ...
嗨堆栈溢出社区， 我对 Python 的经验很少，但想运行我在 Github 上找到的以下脚本： httpsClock.com/Meyer-DH/A 它是 RNA-Seq 数据的老化预测器，我想将其应用于我自己的数据集。 为了测试脚本，我首先想使用 github 上给出的示例。 但是，即使有这些数据 ...
我有来自 Rhapsody 平台的计数矩阵，我使用 function SingleCellExperiment 将其转换为单细胞对象。 我有多个样本运行超过 2 个批次，我正在使用 scMerge function 进行合并（未经校正）。 当合并来自同一数据集的样本时，它只合并单个（非合并）数据集中 ...
我有一个包含大量 RNA seq 计数的数据框（样本名作为列名，基因作为行名），以及一个元数据文件，即性别、组织类型、疾病状态等（样本名作为行名和性别等列名）我想要只包含 2 种组织类型的 RNAseq 计数数据的子集，以便我可以查看 DGE。 有人可以建议最好的方法吗？ 我对处理 RNA seq ...
我有一个问题，我不知道如何开始。 我们做了一个 scRNA 测序实验，我现在有一个 AnnData 数据集。 我主要通过使用 scanpy 库已经对该数据集了解很多，我想通过提取在 3'UTR 中具有特定 RNA 序列的基因来“完成”分析。 不幸的是，我不知道如何解决这个问题，因为我不是生物信息学 ...
我在snakemake中编写了这个管道来处理我的fastq文件并获取原始计数，但由于某些我在最后一条规则（功能计数）中不理解的原因，我收到了这个错误： /mnt/c/Users/manso/Desktop/hel/pe.py 的第 175 行中的 WildcardError：无法从 output ...
我正在使用 gseapy 富集器对基因列表进行富集分析。 我正在使用以下代码： 结果如下所示： 我的问题是，我如何获得用于各个途径的全套基因（图片中最右边的一列）？ 如果我尝试下面的代码，它只会给我已经显示的基因。 我添加了一些更正以获得一个列表，然后我可以进一步用于分析。 我认为 ...
我是生物信息学的新手，我正在尝试解压缩 fastq.gz 文件以将其转换为 .bam（稍后我将尝试使用 DESeq2 分析此转录组数据）。 我正处于使用 Jupyter 笔记本解压缩文件的最开始阶段，但无法成功——这是我正在使用的命令行和错误： 知道我做错了什么吗？ （老实说，它可以是一切）。 ...
我正在尝试使用 Snakemake 处理对 rnaQUAST 工具的调用，其中多个输入由两组不同但成对的关键字描述。 我不想要这些关键字的所有组合，只想要特定的组合。 我的理解是，我需要在我的规则中的 expand() 调用中指定 zip 的使用，如下所示。 然而，在解释变量时，snakemake ...