这就是我正在做的 ####### 读取元数据 绘制集群 我得到的图像是我的样本名称被标记的地方。 而不是那些样本名称，我想根据与样本名称顺序匹配的 FAB 列来标记它们。 我的数据文件垫和我的元数据 更新的答案 ...
我正在尝试运行 pvclust 作为测试我在文件的一小部分中运行它。 问题是它有效，但不是列表，我将使用下游将其打印到打印的单个文件中。 我的代码 要将其打印到单个文件，这就是我正在做的 但是我的 hm_list 变空了，输出正在打印，这是我不想要的。 我想将输出存储为想要将其打印到文件的 ...
我正在尝试为 pvclust 聚类方法创建汉明距离度量。 （没有为这个 function 定义一个。）我基于为余弦度量给出的示例： 我尝试这样做： 不幸的是它不能正常工作。 任何人都有任何帖子，错误在哪里以及如何解决？ ...
我想改进我使用pvclust package 制作的树状图。 正如您在图像中看到的那样，我无法看到大多数 AU / BP 标签。 你能帮我解决这个问题吗？ 我想查看树状图的所有 AU / BP 标签。 下面是一个可执行代码。 谢谢！ 考虑 325 个地点 ...
让我们以它为例 我们看到 pvclust 结合了变量。 是否可以在集群中结合观察 IE。 我想要输出（带集群变量） 如何将集群分配给观察 ...
我正在运行一些聚类分析，并且正在使用pvclust，如下所示： 我想编辑图形并删除红色，绿色和灰色数字。 我也想根据一个特定的列mtcars$cyl在x轴上标记标签 ...
我在R中使用pvclust软件包执行引导式分层群集。 然后将输出绘制为具有一些额外功能（不同的默认标题，节点的p值）的群集对象。 我在这里的一个地块上附加了一个链接。 除了我需要叶子标签水平显示而不是垂直显示之外，此图正是我想要的。 据我所知，plot.hclust中没有旋转叶子标签 ...
我试图让一个群集验证具有以下pvclust 这个例子： 这似乎工作正常。 但是，如果我用以下方法可视化结果： 我看不到AU / BP标签，因为它们被显示为树状图标签的列标题覆盖了。 树状图的图像 我尝试使用dendextend包来关闭标签，但是我无法使其与pvclu ...
我正在尝试使用pvclust包进行聚类分析时遇到一些麻烦。 具体来说，我有一个由物种（行）和采样站（列）组成的数据矩阵。 我想执行一个CA，以便根据我的物种丰度（我之前记录的log（x + 1））对我的采样站进行分组。 一旦充分准备好我的矩阵，我就尝试根据pvclust包运行CA， ...
我对R上的pvclust软件包进行了聚类分析。我使用命令“ pvpick”提取了所得的聚类组件，从而得到了包含8个聚类的列表。 对于我的下一个分析，我需要从此列表中创建一个“命名矢量”，就像使用群集程序包的“ cuttree”功能时所得到的那样，并以每个物种名称（例如“ sco.plu” ...
在R中的pvclust包中，有pvclust()函数。 在函数帮助文件中提供的示例中，有以下函数： 这应该打印出具有高p值的聚类。 该函数的输出是： 我很难理解输出的含义，特别是因为我对聚类分析的技术背景非常有限。 特别是，我不理解每个集群下名称向量的含义。 有人可以帮我 ...
我举了一个可重复的例子，说明我在使用pvclust时遇到了麻烦。 我的目标是在层次聚类树状图中选择理想的聚类。 我听说过“ pvclust”，但不知道如何使用它。 另外，如果除了此以外还有其他建议来确定理想的群集，这将非常有帮助。 提供了我的代码。 出现错误，指出： ...
我正在使用序列分析方法，以测量不同的“空间使用序列”之间的相似性，以字符串表示。 这是一个理论示例，其中包含两个序列的三个类别（A：城市，B：农业，C：山地）： 我们用来测量序列之间相似度的距离度量是汉明距离（即测量序列中的一个字符需要被替换的频率以使序列相等），在上面的示例中， ...
我想使用交互式生命之树基于Web的工具 （iTOL）创建一个树（集群）。 作为输入文件（或字符串），此工具使用Newick格式 ，这是一种使用括号和逗号表示边长的图理论树的方法。 除此之外，可能还支持其他信息，例如群集节点的引导值 。 例如，在这里我使用clusterGeneratio ...
pvclust非常适合R中的群集分析。但是，将其作为批处理操作的一部分运行时，对于相同的数据获得不同的结果很烦人。 显然，同一数据有许多“正确”的聚类，而且pvclust似乎使用某种随机性来确定特定运行的聚类。 但是有什么方法可以得到确定性的结果吗？ 我希望能够提出一个最小的，可重复的 ...
感谢您抽出宝贵时间阅读此问题。 我有一些一维数据要聚集在R中。基本的hclust命令可以正常工作。 但是， pvclust命令不会获取一维数据，并且一直在说： 我找到了一种解决方法，在数据中添加了一些全零行。 因此数据变为： 然后我运行了pvclust ，它成功了！ ...
我正在使用R来执行分层聚类。 作为第一种方法，我使用了hclust并执行了以下步骤： 我导入了距离矩阵 我使用as.dist函数在dist对象中转换它 我在dist对象上运行了hclust 这是R代码： 此时我想用函数pvclust做类似的pvclus ...
我有一个捐赠和捐赠者姓名的数据框。 我正在尝试使用pvclust包进行一些聚类。 不幸的是，包似乎没有采用非数字数据。 我有两个问题。 1）是否有其他包装或方法可以做得更好？ 2）有没有办法“规范化”捐赠者名单？ 即获得唯一捐赠者名称的列表，为每个捐赠者名称分配一 ...
我想对某些列（变量）进行聚类分析，比如 var 5-var10。 为此，我在pvclust中使用了 pvclust。 现在，我想将这一列集群添加到实际的 dataframe 中。 谁能帮我解决这个问题。 我使用的代码如下： ...