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使用 VCM 提高我的 R function 性能 - Improving my R function performance with VCM

我正在使用变系数模型运行模拟,但有一些调整。 没有 R package 可以满足我的需求。 我的代码运行速度不够快。 我期待让vcm function 运行得更快 到目前为止我所做的是剖析代码并查看缓慢的部分使用sapply和lapply而不是for循环,但没有显着差异如何使用代码? 这是一个使用代 ...

rcpp function [实际上不是] package 内部比外部慢很多 - Rcpp function [actually not] much slower inside of package than outside

我最近在 Rcpp 中写了一个计算密集型 function。 现在,我想将这段代码移植到 R package。但是,我注意到当在 R package 中运行时,代码要慢很多(~100 倍)。 我已经在这里读到,这可能与 function 的调用方式有关。 但是,这不是一次性成本。 相反,它与 Rcp ...

为什么我的用户定义的 function 的 RcppParallel 实现会意外崩溃? - Why does my RcppParallel implementation of a user-defined function crash unexpectedly?

我开发了一个双链马尔可夫蒙特卡罗 model,旨在预测优秀的 package Rcpp 中的贷款组合,但在尝试使用 RcppParallel 实现这些函数的并行版本时遇到了问题。 到目前为止,我的尝试都是基于这个小插图( https://gallery.rcpp.org/articles/para ...

如何使用 RcppArmadillo 在另一个向量中找到向量中元素的索引? - How do I find the indices of elements in a vector which are also in another vector using RcppArmadillo?

我被困在尝试使用 Rcpp Armadillo 查找向量x中元素的索引,其元素也在另一个向量vals中。 x和vals都是arma::uvec类型。 在 R 中,这很简单: 我已经扫描了犰狳文档,而find()显然是我的第一次尝试; 但它没有用,因为vals是一个向量。 我也尝试过inter ...

在 Rcpp 中使用 sample() - Using sample() from within Rcpp

我有一个包含概率的矩阵,四列中的每一列对应一个分数(从 0 到 4 的整数)。 我想使用该行中包含的概率作为采样权重为每一行采样一个分数。 在某些列不包含概率(取而代之的是 NA)的行中,抽样框架仅限于包含概率的列(及其相应的分数)(例如,对于具有 0.45、0.55、NA、NA 的行,0 或 1 ...

如何抑制 Rcpp/RcppArmadillo 函数中的警告消息 - How to suppress warnings messages in Rcpp/RcppArmadillo functions

我在 R 包中使用 RcppArmadillo。 当对称矩阵未能通过eig_sym()中的对称性测试时,我想抑制由于数值精度而在 C++ 函数中出现的警告消息。 我相信这是一个精度问题,因为我保存了一些遇到此警告的矩阵并使用isSymmetric()在 R 中对其进行了测试,并且它们通过了。 我尝 ...

在makevars中检测Rcpp/arrayfire中的R版本 - Detecting R Version in Rcpp/arrayfire in makevars

我是构建 R 包的新手,所以我需要一些帮助 :) 我正在使用 Rcpp/arrayfire 并希望在我的 makevars 文件中有一行来检测用户的 R 版本。 目前我将它设置为 4.0,但我预计用户会有不同的 R 版本。 如果这个问题已经得到解答,我很抱歉没有找到一个! 这是我在 makeva ...

如何从 RcppArmadillo 函数返回不同类型的对象 - How to return objects of different types from RcppArmadillo function

l 想从函数RcppArmadillo返回不同类型的对象。 例如,下面是我尝试使用std::tuple返回向量和函数的代码。 但是,我收到以下错误: 我也尝试按照此处的建议使用List::create失败: 如何将多个对象从 Rcpp 返回到 R? 如何正确返回不同类型的对象并修复 ...

直接调用 `Rcpp::List` 中的元素进一步使用 - Invoke the element in `Rcpp::List` for futher use directly

在一个应用程序中,我使用List来包含一些变量( double , arma::mat等类型),然后将这个列表中的arma::mat组件直接取出来进一步使用,例如矩阵加法。 但是,会抛出一些错误。 下面是一个玩具示例,它会抛出与我遇到的相同的错误:// [[Rcpp::depends(RcppArm ...

sourceCpp 错误:不是 mach-o 或 static 库文件 '/usr/local/lib/libgfortran.dylib' - sourceCpp error: not mach-o or a static library file '/usr/local/lib/libgfortran.dylib'

我一直是 RcppArmadillo 的用户,但自从将我的操作系统升级到 Monterey 版本 12.3 后,我一直无法通过 sourceCpp 编译任何程序。 出现以下错误: 从这里的帖子来看,这似乎与 static 和动态链接有关,但我真的不知道。 ...

在调用 fastLmPure 后,我怎样才能得到 R 来修改这个矩阵? - How can I get R to modify this matrix in place after a call to fastLmPure?

我正在尝试循环运行fastLmPure ,避免复制大型矩阵。 我已经将矩阵预先分配到我需要的大小,它只是我需要更改值的最后一列。即它不会增长。 我把它归结为下面的最小案例,它们说明了我遇到的问题。 我希望矩阵的修改就地完成,但我得到了一个副本,因为引用计数器已经通过调用 Rcpp 增加了。 Rc ...

回归模型的更快方差分析 - Faster anova of regression models

我有以下玩具数据 - 根据这些数据,我正在创建两个模型,如下所示 - 最后,我正在使用anova比较这些模型 由于我在大约 100 万个单独的数据集上运行这些测试,因此我想提高性能并且不想使用lm和anova函数。 为了加快计算速度,我使用RcppArmadillo::fastLM代替lm但没有可用 ...

如何将公式转换为变量以在 R 中与 fastLm function 一起使用 - How to turn formula to variables for use with fastLm function in R

出于性能原因,我正在尝试使用 function RcppArmadillo::fastLM而不是lm 。 这是我对lm的 function 调用 由于 lm 大部分时间都用于解释公式,因此我不想使用公式。 相反,我想把它变成一些东西—— 但我不确定如何添加+ 0 ,如公式所示。 我试过以下 但这给出 ...


 
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