在 Google Colab 上导入skbio包时出现错误。 该错误消息与scipy.stats包的SpearmanRConstantInputWarning有关。 我应该怎么做才能解决这个问题？ 我尝试卸载并安装skbio和scipy ，但没有成功。 ...

我有一个 Jensen-Shannon 距离 (JSD) 矩阵，我想用主坐标分析 (PCoA) 对其进行可视化。 我使用 Scipy 获取 JSD，并使用 Skbio 制作 PCoA。 我可以成功获得 3D PCoA 图。 下面是我的输出和命令。 我想要这样，而 DistanceMatrix ...

我尝试按照文档运行conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio来安装 scikit-bio，但是通过python -m skbio.test验证安装产生了以下错误： Error while finding module ...

您好，假设我有一个 df，例如： 我怎样才能得到一个正方形的数据？ （即，具有相同的行数和列数） 有类似的东西 并得到一个矩阵： 如果你们中的一些人熟悉它，我们怎么能做同样的事情但使用 1/2 矩阵： （这里是 biopython 的 mor）非常感谢您的帮助其他例子 我应该得到： 和 ...

我在 Windows 10 中安装了 Scikit-bio python 模块。安装后，我通过运行python -m skbio.test验证了安装我得到以下结果（消息的结尾部分） 错误 AppData/Local/Programs/Python/Python37/lib/site-packages ...

我正在运行Python 3并安装了skbio v0.5.5。 按照本教程中的示例，我正在尝试为某些skbio类运行import语句，但出现错误。 例如， 结果是 ImportError：无法从“ skbio.alignment”导入名称“ Alignment” 也， ...

我正在使用来自 skbio (0.5.4) 的 smith-waterman 的包装版本，但我有一个未知的错误： _，得分，_ = local_pairwise_align_ssw(protein_list[idx1], protein_list[idx2],substitution_matri ...

我使用以下代码从Spyder 3安装scikit-bio，但显示错误。 因此，有人可以帮忙吗？ 非常感谢 代码：import pip pip.main（['install'，'scikit-bio']） 错误：命令“ C：\\ Users \\ vanna \\ AppData ...

我的机器上安装了python 2。 我想在代码的某些部分使用skbio模块。 我尝试安装skbio（pip install scikit-bio），但它说它不支持python 2，仅在python 3中可用。我什至尝试从将来的代码中导入skbio，但没有用。 有什么办法可以为我的pytho ...

我正在尝试使用scikit-bio读取fastq格式的文本文件。 鉴于它是一个相当大的文件，执行操作非常慢。 最终，我试图将fastq文件解压缩到字典中： 这里的大部分时间都是在阅读文件时使用的： 我的理解是，不验证序列会改善运行时间，但似乎并非如此： 所以我 ...

我正在试图弄清楚如何使用各种距离指标实施Principal Coordinate Analysis 。 我偶然发现了skbio和sklearn的实现。 我不明白为什么sklearn的实现每次skbio所不同，而skbio是一样的？ Multidimensional Scaling ，特别是 ...

我正在研究skbio's PCoA方法的attributes （如下所列）。 我是这个API新手，我希望能够将eigenvectors和原始点投影到新轴上，类似于.fit_transform中的sklearn.decomposition.PCA这样我就可以创建一些PC_1 vs PC_2样式的 ...

scikit-bio是否有可能从基因组fasta文件中提取存储在gff3格式文件中的基因组特征？ 例： genome.fasta annotation.gff3 mRNA特征（转录物1）的所需序列将是两个子CDS特征的连接。 所以在这种情况下，这将是'ATGG ...

是否可以读取压缩文件（例如FASTA bz2）？ 我通常使用skbio.sequence.Sequence.read，但在那里看不到此选项。 谢谢！ ...

我正在尝试使用scikit-bio读取FASTA文件条目，然后如果满足某些要求，则将某些条目写回另一个文件。 我遇到的问题是.write方法似乎打开和关闭文件，因此每个条目都会覆盖前一个。 我希望在这种情况下，两个条目将写入foo.txt但只有最后一个条目存在。 如何编写符合我的标准 ...

我想读取PHYLIP比对（FASTA格式），更新序列标签并将结果写回到文件中。 如何编辑下面几行使用TabularMSA在scikit-生物0.4.1.dev0（而不是其早前支持对齐）： from skbio import Alignment ... msa_fa = Alignment. ...

我已经使用gensim创建了LDA模型。 现在，我想使用pyLDAvis库对其进行可视化，但得到： 谁能帮助我解决这个问题或提出其他选择。 提前致谢。 ...

没有安装Scikit-bio软件包。 我有numpy 1.9.1。 我尝试从命令提示符安装 C：\\ Python34 \\ Scripts> pip安装 C：/Users/mgi14-9419/Downloads/scikit-bio-0.4.0.tar.gz ...

是否可以输出CDS功能的基因位置，或者我需要自己解析“位置”或“互补”字段？ 例如， 将输出： 位置= <1..206 位置= 687..3158 此示例GenBank文件。 此功能在BioPython中是可能的（请参见此线程 ），在这里我可以输出已解 ...

我已经在Mac上安装了scikit-bio，当我运行python -m skbio.test ，出现以下错误： 可以基于我的PATH吗？ -macqiime在目录Users中。 ...