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[英]R: In ggplot, how to add multiple text labels on the y-axis for each of multiple dates on the x-axis
[英]How to manipulate y-axis text labels in R varImpPlot?
以下示例类似于我的数据集:
require(randomForest)
alpha = c(1,2,3,4,5,6)
bravo = c(2,3,4,5,6,7)
charlie = c(2,6,5,3,5,6)
mydata = data.frame(alpha,bravo,charlie)
myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)
varImpPlot(myrf, type = 2)
我似乎无法控制varImpPlot
y轴标签的varImpPlot
。 我试过改变绘图参数(例如mar,oma),没有成功。 我需要将y轴标签向左移动,以生成具有适当标签放置的PDF。
如何将y轴标签向左移动?
我试图使用adj
参数,但它产生了一个bug。 作为varImpPlot,使用dotchart
后面,这里有一个使用dotplot
的版本。 然后你可以使用scales
参数自定义你的斧头。
imp <- importance(myref, class = NULL, scale = TRUE, type = 2)
dotplot(imp, scales=list(y =list(cex=2,
at = c(1,2),
col='red',
rot =20,
axs='i') ,
x =list(cex=2,col='blue')) )
您可以从myref中提取构建绘图所需的数据,并使用ggplot构建绘图。 通过这样做,你可以更自由地调整情节。 这里有些例子
library(ggplot2)
str(myrf)
str(myrf$importance)
data <- as.data.frame(cbind(rownames(myrf$importance),round(myrf$importance[,"IncNodePurity"],1)))
colnames(data) <- c("Parameters","IncNodePurity")
data$IncNodePurity <- as.numeric(as.character(data$IncNodePurity))
标准图:
(p <- ggplot(data) + geom_point(aes(IncNodePurity,Parameters)))
旋转y轴标签:
(p1 <- p+ theme(axis.text.y = element_text(angle = 90, hjust = 1)))
一些更多的调整(这里显示的第一个图):
(p2 <- p1 + scale_x_continuous(limits=c(3,7),breaks=3:7) + theme(axis.title.y = element_blank()))
看起来像varImpPlot的绘图(此处显示的第二个图):
(p3 <- p2+ theme(panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_line(colour = 'gray', linetype = 'dashed'),
panel.background = element_rect(fill='white', colour='black')))
使用ggplot可以轻松保存为pdf:
ggsave("randomforestplot.pdf",p2)
要么
ggsave("randomforestplot.png",p2)
p2
p3
我是否理解正确,你想让文本charlie
和bravo
更多地留在情节的边界? 如果是这样的话,根据绘图中使用的rownames
的修改,这里有一个hack来存档:
myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)
#add white spaces at the end of the rownames
rownames(myrf$importance)<-paste(rownames(myrf$importance), " ")
varImpPlot(myrf, type = 2)
dotchart
的adj参数固定为0(右对齐),因此在不修改dotchart
代码的情况下无法更改:
mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, **adj = 0**, col = color,
las = 2, cex = cex, ...)
(来自dotchart
)
编辑 :你也可以制作另一种类型的黑客。 取的代码dotchart
,更改上面的行到
mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, adj = adjust_ylab, col = color,
las = 2, cex = cex, ...)
然后将参数adjust_ylab
添加到参数列表中,并重命名该函数,例如dotchartHack
。 现在复制varImpPlot
的代码,找到调用dotchart
的行,将函数名改为dotchartHack
,并将参数adjust_ylab=adjust_ylab
添加到函数调用,将函数重命名为varImpPlotHack
,并将adjust_ylab
添加到此函数参数列表中。 现在,您可以通过更改参数adjust_ylab
来更改charlie
和bravo
的对齐方式:
myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)
varImpPlotHack(myrf, type = 2,adjust_ylab=0.5)
来自?par
:
adj的值确定文本字符串在text,mtext和title中的对齐方式。 值为0会生成左对齐文本,0.5(默认)居中文本和右对齐文本。 (允许[0,1]中的任何值,并且在大多数设备上,该间隔之外的值也将起作用。)
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