R中因子水平的分位数

Question

我有一个数据框，我正在尝试在数据框中创建一个新变量，该变量具有连续变量var1的分位数，用于因子strata每个级别。

# some data
set.seed(472)
dat <- data.frame(var1 = rnorm(50, 10, 3)^2,
                  strata = factor(sample(LETTERS[1:5], size = 50, replace = TRUE))
                  )

# function to get quantiles
qfun <- function(x, q = 5) {
    quantile <- cut(x, breaks = quantile(x, probs = 0:q/q), 
        include.lowest = TRUE, labels = 1:q)
    quantile
}

我尝试使用两种方法，这两种方法都不会产生可用的结果。 首先，我尝试使用aggregate将qfun应用于每个级别的strata ：

qdat <- with(dat, aggregate(var1, list(strata), FUN = qfun))

这通过因子级别返回分位数，但输出很难强制回到数据帧中（例如，使用unlist不会将新变量值与数据帧中的正确行unlist ）。

第二种方法是分步执行：

tmp1 <- with(dat, split(var1, strata))
tmp2 <- lapply(tmp1, qfun)
tmp3 <- unlist(tmp2)
dat$quintiles <- tmp3

同样，这会为每个因子级别正确计算分位数，但很明显，与aggregate一样，它们在数据帧中的顺序不正确。 我们可以通过将分位数“bins”放入数据框来检查这一点。

# get quantile bins
qfun2 <- function(x, q = 5) {
    quantile <- cut(x, breaks = quantile(x, probs = 0:q/q), 
        include.lowest = TRUE)
    quantile
}

tmp11 <- with(dat, split(var1, strata))
tmp22 <- lapply(tmp11, qfun2)
tmp33 <- unlist(tmp22)
dat$quintiles2 <- tmp33

var1许多值都在quantile2的bin之外。 我觉得我错过了一些简单的事情。 任何建议将不胜感激。

Answer 1

我认为你的问题是你真的不想聚合，而是使用ave ，（或data.table或plyr ）

qdat <- transform(dat, qq = ave(var1, strata, FUN = qfun))

#using plyr
library(plyr)

qdat <- ddply(dat, .(strata), mutate, qq = qfun(var1))

#using data.table (my preference)


dat[, qq := qfun(var1), by = strata]

聚合通常意味着返回一个小于原始对象的对象。 （在这种情况下，你得到一个data.frame，其中x是每个层的1个元素的list 。

Answer 2

在dat数据框上使用ave 。 您的模拟数据和qfun函数的完整示例：

# some data
set.seed(472)
dat <- data.frame(var1 = rnorm(50, 10, 3)^2,
              strata = factor(sample(LETTERS[1:5], size = 50, replace = TRUE))
              )

# function to get quantiles
qfun <- function(x, q = 5) {
    quantile <- cut(x, breaks = quantile(x, probs = 0:q/q), 
        include.lowest = TRUE, labels = 1:q)
    quantile
}

而我的补充......

dat$q <- ave(dat$var1,dat$strata,FUN=qfun)