像包装猿的plot.phylo一样更改plot.dendrogram中的叶子颜色

Question

我正在尝试以与使用包“猿”绘制树时相同的“样式”来绘制聚集聚类的结果（UPGMA与Agnes）。 我在下图中包含一个简单的示例

关键问题是我希望能够根据叶子标签中的图案为树状图的叶子着色。 我尝试了两种方法：要么我使用了hc2Newick要么我使用了Joris Meys的代码，该代码是对Change Dendrogram leaves的回答中提出的。 两者均未提供令人满意的输出。 我可能也不完全了解树状图的构造方式。 您可以在https://www.dropbox.com/s/gke9qnvwptltkky/abundance.agnes.ave上找到abundance.agnes.ave对象（通过运行agnes存储）的ASCII保存。

当我使用第一个选项（与hc2Newick的ctc软件包中的hc2Newick一起使用）时，使用此代码时，我得到下图：

write(hc2Newick(as.hclust(abundance.agnes.ave)),file="all_samples_euclidean.tre")
eucltree<-read.tree(file="all_samples_euclidean.tre")
eucltree.laz<-ladderize(eucltree,FALSE)
tiplabs<-eucltree$tip.label
numbertiplabs<-length(tiplabs)
colourtips<-rep("green",numbertiplabs)
colourtips[grep("II",tiplabs)]<-"red"
plot(eucltree.laz,tip.color=colourtips,adj=1,cex=0.6,use.edge.length=F)
add.scale.bar()

这显然是不理想的，情节的“对齐”不是我想要的。 我认为这与分支长度的计算有关，但是我不知道如何解决此问题。 当然，与colLab函数的结果相比，它看起来更像我要报告的树状图样式。 另外，在上面的代码中使用use.edge.length=T确实会产生未正确“对齐”的聚类：

使用Joris Meys的colLab函数和以下代码的第二种方法给出下图

clusDendro<-as.dendrogram(as.hclust(abundance.agnes.ave))
labelColors<-c("red","green")
clusMember<-rep(1,length(rownames(abundance.x)))
clusMember[grep("II",rownames(abundance.x))]<-2
names(clusMember)<-rownames(abundance.x)

colLab <- function(n)
{
  if(is.leaf(n)) {
    a <- attributes(n)
    # clusMember - a vector designating leaf grouping
    # labelColors - a vector of colors for the above grouping
    labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]
    attr(n, "nodePar") <- c(a$nodePar, lab.col = labCol)
  }
  n
}

clusDendro<-dendrapply(clusDendro, colLab)
plot(clusDendro,horiz=T,axes=F)

该图越来越接近我想要的图，但是我不知道为什么空心圆出现在叶子上以及如何将其删除。

任何帮助深表感谢。

亲切的问候，

调频

Answer 1

现在，此功能可在名为“ dendextend ”的新软件包中使用，该软件包正是针对此类情况而构建的。

在以下URL的“用法”部分中，您可以在该包的演示文稿和小插图中看到许多示例： https : //github.com/talgalili/dendextend

下列SO问题仅回答了一个几乎准确的问题：

https://stackoverflow.com/a/18832457/256662

Answer 2

我在很早以前就编写了该代码，但似乎该机制有些变化。

我使用的plot.dendrogram函数具有一个参数nodePar 。 自从我上次使用该函数以来，行为已经发生了变化，尽管该函数通常用于内部节点，但显然对外部节点也有影响。 根据帮助文件， pch的默认值现在为1:2 。

因此，您需要在添加到colLab函数的外部节点的属性中专门指定pch=NA 。 尝试像这样调整它：

colLab <- function(n)
{
  if(is.leaf(n)) {
    a <- attributes(n)
    # clusMember - a vector designating leaf grouping
    # labelColors - a vector of colors for the above grouping
    labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]

    attr(n, "nodePar") <- 
        if(is.list(a$nodePar)) c(a$nodePar, lab.col = labCol,pch=NA) else
                               list(lab.col = labCol,pch=NA)
  }
  n
}

在我的机器上，可以解决问题。

另外，您可以查看ape包中函数plot.phylo的参数use.edge.length 。 您将其设置为FALSE ，但是根据您的解释，我相信您希望将其设置为默认值TRUE 。

编辑：为了使该函数更通用，最好将labelColors和clusMember添加labelColors函数的参数。 我的快速处理方法不是干净代码的最佳示例。

也忘了我所说的使用边长的话。 ape程序包将其解释为真实的树状图，并将use.edge.length为TRUE会将边长转换为进化时间。 因此，树状图的“怪异”概述。

还要注意，如果树形叶没有nodePar属性，则使用c()函数添加额外的参数会导致不希望的效果：如果添加例如lab.cex=0.6 ，则c()函数将创建一个矢量列表，然后在参数列表中存在字符值时，将lab.cex的值转换为字符。 在这种情况下，它将成为颜色的名称，并解释了您在注释中谈论的错误。