将原始数据叠加到 geom_bar 上

Question

我有一个数据框排列如下：

condition,treatment,value
A        ,  one    , 2
A        ,  one    , 1
A        ,  two    , 4
A        ,  two    , 2
...
D        ,  two    , 3

我使用 ggplot2 制作了一个如下所示的分组条形图：

条形按“条件”分组，颜色表示“治疗”。 条形高度是每个条件/治疗对的平均值。 我通过创建一个包含构成每个组的所有点的均值和标准误差（对于误差条）的新数据框来实现这一点。

我想做的是叠加原始抖动数据以生成此箱线图的条形图版本： http : //docs.ggplot2.org/0.9.3.1/geom_boxplot-6.png [我意识到箱线图可能会更好，但我的手被绑住了，因为客户病态地附着在条形图上]

我曾尝试将 geom_point 对象添加到我的绘图中，并将原始数据（而不是用于制作条形图的聚合均值）提供给它。 这种工作，但它在错误的 x 轴位置绘制原始值。 它们出现在红色和灰色条的连接点，而不是相应条的中心。 所以我的情节是这样的：

我不知道如何将点移动一个固定的量，然后抖动它们以使它们在正确的条上居中。 有人知道吗？ 是否有更好的方法来实现我正在尝试做的事情？

下面是一个显示我遇到的问题的最小示例：

#Make some fake data
ex=data.frame(cond=rep(c('a','b','c','d'),each=8),
    treat=rep(rep(c('one','two'),4),each=4),
    value=rnorm(32) + rep(c(3,1,4,2),each=4) )

#Calculate the mean and SD of each condition/treatment pair
agg=aggregate(value~cond*treat, data=ex, FUN="mean") #mean
agg$sd=aggregate(value~cond*treat, data=ex, FUN="sd")$value #add the SD 


dodge <- position_dodge(width=0.9) 
limits <- aes(ymax=value+sd, ymin=value-sd) #Set up the error bars

p <- ggplot(agg, aes(fill=treat, y=value, x=cond)) 

#Plot, attempting to overlay the raw data
print(
       p + geom_bar(position=dodge, stat="identity") +
       geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.25) + 
       geom_point(data= ex[ex$treat=='one',], colour="green", size=3) +
       geom_point(data= ex[ex$treat=='two',], colour="pink", size=3)
)

Answer 1

我发现没有必要创建单独的数据框。 可以通过向 ggplot 提供原始数据来创建绘图。

ex <- data.frame(cond=rep(c('a','b','c','d'),each=8),
              treat=rep(rep(c('one','two'),4),each=4),
              value=rnorm(32) + rep(c(3,1,4,2),each=4) )

p <- ggplot(ex, aes(cond,value,fill = treat))
p + geom_bar(position = 'dodge', stat = 'summary', fun.y = 'mean') +
  geom_errorbar(stat = 'summary', position = 'dodge', width = 0.9) +
  geom_point(aes(x = cond), shape = 21, position = position_dodge(width = 1))

Answer 2

您只需要调用geom_point() ，在其中使用数据框ex并将x值设置为cond ，将y值设置为value和color=treat （在aes() ）。 然后添加position=dodge以确保点被躲避。 使用scale_color_manual()和参数values=你可以设置你需要的颜色。

    p+geom_bar(position=dodge, stat="identity") +
      geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.25)+
      geom_point(data=ex,aes(cond,value,color=treat),position=dodge)+
      scale_color_manual(values=c("green","pink"))

更新 - 点的抖动

您不能直接同时使用位置dodge和jitter 。 但是有一些解决方法。 如果保存整个情节的对象，然后用ggplot_build()你可以看到酒吧X位置-在这种情况下，他们是0.775，1.225，1.775 ......那些位置对应于因子的组合cond和treat 。 在数据框ex中，每个组合有 4 个值，然后添加包含重复 4 次的那些 x 位置的新列。

ex$xcord<-rep(c(0.775,1.225,1.775,2.225,2.775,3.225,3.775,4.225),each=4)

现在在geom_point()使用这个新列作为x值并将位置设置为jitter 。

p+geom_bar(position=dodge, stat="identity") +
  geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.25)+
  geom_point(data=ex,aes(xcord,value,color=treat),position=position_jitter(width =.15))+
  scale_color_manual(values=c("green","pink"))

Answer 3

如上面的 holmrenser 所示，在 geom_bar 函数中引用单个数据帧并将 stat 指令更新为“摘要”比创建额外的数据帧并在代码中将 stat 指令保留为“身份”更有效。

为了根据 OP 的原始问题使用条形图抖动和躲避数据点，这也可以通过使用 position_jitterdodge 更新代码中的位置指令来实现。 这种定位方案允许独立定制抖动和闪避项的宽度，如下所示：

p <- ggplot(ex, aes(cond,value,fill = treat))
p + geom_bar(position = 'dodge', stat = 'summary', fun.y = 'mean') +
geom_errorbar(stat = 'summary', position = 'dodge', width = 0.9) +
geom_point(aes(x = cond), shape = 21, position = 
           position_jitterdodge(jitter.width = 0.5, jitter.height=0.4, 
                                dodge.width=0.9))