系数和相关的成对组合p.value？

Question

我想按列计算矩阵的系数和相关p值的成对组合。

这里我使用两个函数：

allCoef<- function(Y,X) {  lm(Y~X+0)$coef }
allCorr.p<- function(Y,X) {  cor.test(Y,X)$p.value }

例如，我有一个A矩阵：

A= matrix(sample(1:100,16),4,4)
apply(Y=A,2,allCoef,X=A)

工作正常。

apply(Y=A,2,allCorr.p,X=A)

但是，在cor.test.default(Y, X) : 'x' and 'y' must have the same length显示Error cor.test.default(Y, X) : 'x' and 'y' must have the same length 。 有人可以告诉我这里做错了什么吗？ 我使用相同的矩阵，因此列的长度应该相同。

Answer 1

您可以使用combn函数生成列比较的所有组合，然后使用cor.test在A的列组合中应用此矩阵（假设A在您的全局环境中可用）：

# All combinations of pairwise comparisons
cols <- t( combn(1:4,2) )
apply( cols , 1 , function(x) cor.test( A[,x[1] ] , A[ , x[2] ] )$p.value )
#[1] 0.9893876 0.9844555 0.5461623 0.7987615 0.7414658 0.1061751

由combn函数生成的列的成对组合是：

     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]    1    3
[3,]    1    4
[4,]    2    3
[5,]    2    4
[6,]    3    4

你的apply(Y=A,2,allCorr.p,X=A)没有按预期工作，因为（无论你不需要使用Y=A ）你将整个矩阵作为第二个参数传递给你的函数，所以X实际上具有矩阵中所有列的长度。