网页上的大图形可视化：networkx，vivagraph

Question

我有一个大约5000个节点和5000个链接的图表，我可以在Chrome中可视化，这要归功于vivagraph javascript库 （webgl比svg更快 - 例如在d3中）。

我的工作流程是：

• 使用networkx python库构建并将结果输出为json文件。
• 加载json并使用vivagraph javascript库构建图形。
• 节点位置由js库计算

问题是渲染具有良好定位节点的布局需要时间。

我的方法是预先计算networkx中的节点位置。 这种方法的真正好处在于它最大限度地减少了客户端在浏览器上的工作。 但我无法在网页上取得好成绩。 我需要这一步的帮助。

节点位置计算的相关python代码是：

    ## positionning
    try:
        # Position nodes using Fruchterman-Reingold force-directed algorithm.
        pos=nx.spring_layout(G)
        for k,v in pos.iteritems():
            # scaling tentative
            # from small float like 0.5555 to higher values
            # casting to int because precision is not important
            pos[k] = [ int(i*1000) for i in v.tolist() ]
    except Exception, e:
        print "positionning failed"
        raise

    ## setting positions
    try:
        # set position of nodes as a node attribute
        # that will be used with the js library
        nx.set_node_attributes(G,'pos', pos)
    except Exception, e:
        print "getting positions failed"
        raise e

    # output all the stuff
    d = json_graph.node_link_data(G)
    with open(args.output,'w') as f:
        json.dump(d,f)

然后在我的页面中，在javascript中：

/*global Viva*/
function graph(file){
  var file = file;

  $.getJSON(file, function(data) {
      var graphGenerator = Viva.Graph.generator();
      graph = Viva.Graph.graph();

      # building the graph with the json data :

      data.nodes.forEach(function(n,i) {
         var node = graph.addNode(n.id,{d: n.d});

         # node position is defined in the json element attribute 'pos'
         node.position = {
             x : n.pos[0],
             y : n.pos[1]
         };
      })

      # adding links between nodes

      data.links.forEach(function(l,i) {
          graph.addLink(data.nodes[l.source].id, data.nodes[l.target].id);
      })


        var max_link = 55
        var min_link = 1

        var colors = d3.scale.linear().domain([min_link,max_link]).range(['#F0F0F0','#252525']);

      var layout = Viva.Graph.Layout.forceDirected(graph, {
         springLength : 80,
         springCoeff : 0.0008,
         dragCoeff : 0.001,
         gravity : -5.0,
         theta : 0.8
      });

      var graphics = Viva.Graph.View.webglGraphics();
      graphics
      .node(function(node){

        # color and size of nodes

        color = colors(node.links.length)
        if(node.id == "root"){
          // pin node on canvas, so no position update
          node.isPinned = true;
          size = 60;
        } else {
          size = 20+(7-node.id.length)*(7-node.id.length);
        }
        return Viva.Graph.View.webglSquare(size,color);
      })
      .link(function(link) {

        # color on links 

        fromId = link.fromId;
        toId = link.toId;
        if(toId == "root" || fromId == "root"){
          return Viva.Graph.View.webglLine("#252525");
        } else {
          if( fromId[0] == toId[0]){
            linkcolor = linkcolors(fromId[0])
            return Viva.Graph.View.webglLine(linkcolor);
          } else {
            linkcolor = averageRGB(linkcolors(fromId[0]),linkcolors(toId[0]))
            return Viva.Graph.View.webglLine('#'+linkcolor);
          }
        }
      }); 

      renderer = Viva.Graph.View.renderer(graph,
          {
              layout     : layout,
              graphics   : graphics,
              enableBlending: false,
              renderLinks : true,
              prerender  : true
          });

      renderer.run();
  });
}

我现在正在尝试使用Gephi ，但我不想使用gephi工具包，因为我不熟悉 java。

如果有人对此有一些提示，请避免我一百次试验，也许是失败;）

Answer 1

弹簧布局假设边缘权重维持度量属性，即权重（A，B）+权重（A，C）>权重（B，C）。 如果不是这种情况，那么networkx会尝试尽可能地将它们放置。

您可以尝试通过调整

    pos=nx.spring_layout(G,k=\alpha, iterations=\beta)
    # where 0.0<\alpha<1.0 and \beta>0 
    # k is the minimum distance between the nodes
    # iterations specify the simulated annealing runs
    # This code works only on Networkx 1.8 and not earlier versions