R水平图调整轴

Question

我想使用“ lattice”软件包的levelplot函数将概率分布函数（PDF）绘制为R中的热图。 我将PDF实现为函数，然后使用两个用于值范围和外部函数的向量为水平图生成矩阵。 我希望轴显示“我的问题”是我无法在显示两个实际值范围而不是分别显示列数或行数的两个轴上添加适当间隔的刻度线。

# PDF to plot heatmap
P_RCAconst <- function(x,tt,D)
  {
    1/sqrt(2*pi*D*tt)*1/x*exp(-(log(x) - 0.5*D*tt)^2/(2*D*tt))
  }

# value ranges & computation of matrix to plot
tt_log <- seq(-3,3,0.05)
tt <- exp(tt_log)
tt <- c(0,tt)
x <- seq(0,8,0.05)
z <- outer(x,tt,P_RCAconst, D=1.0)
z[,1] <- 0
z[which(x == 1),1] <- 1.5
z[1,] <- 0.1

# plot heatmap using levelplot
require("lattice")
colnames(z) <- round(tt, 2)
rownames(z) <- x
levelplot(z, cex.axis=1.5, cex.lab=1.5, col.regions=colorRampPalette(c("blue", "yellow","red", "black")), at=seq(0,1.9,length=200), xlab="x", ylab="time t", main="PDF P(x,t)")

在不给列和行分配名称的情况下，我收到以下图，其中的刻度线是自然隔开的（与其他R函数一起使用），但值是行号和列号：

通过为列和行分配名称，我收到以下图，其中的刻度线完全不可读，但至少对应于实际值：

我已经在这个看似微不足道的问题上花费了太多时间，因此，非常感谢您的帮助！

Answer 1

也许这个基本的例子会有所帮助，

d = data.frame(x=rep(seq(0, 10, length=nrow(volcano)), ncol(volcano)), 
               y=rep(seq(0, 100, length=ncol(volcano)), each=nrow(volcano)), 
               z=c(volcano))

library(lattice)

# let lattice pick pretty tick positions
levelplot(z~x*y, data=d)

# specific tick positions and labels
levelplot(z~x*y, data=d, scales=list(x=list(at=c(2, 5, 7, 9), 
                                            labels=letters[1:4])))

# log scale
levelplot(z~x*y, data=d, scales=list(y=list(log=TRUE)))

所有这些都在?xyplot了描述，尽管可以承认，这是一长篇文档。

Answer 2

这是我最终如何使用levelplot和data.frame对象（根据baptiste提供的解决方案）实现函数P（x，t）的热图图的方式：

# PDF to plot heatmap
P_RCAconst <- function(xx,tt,D)
  {
    1/sqrt(2*pi*D*tt)*1/xx*exp(-(log(xx) - 0.5*D*tt)^2/(2*D*tt))
  }

# value ranges & computation of matrix to plot
tt_end <- 20                              # set end time
xx_end <- 8                              # set spatial boundary
tt <- seq(0,tt_end,0.01)                 # variable for time
xx <- seq(0,xx_end,0.01)                 # spatial variable
zz <- outer(xx,tt,P_RCAconst, D=1.0)     # meshgrid for P(x,t)
zz[,1] <- 0                              # set initial condition
zz[which(xx == 1),1] <- 4.0              # set another initial condition
zz[1,] <- 0.1                            # set boundary condition

# plot heatmap using levelplot
setwd("/Users/...")                      # set working dirctory
png(filename="heatmapfile.png", width=500, height=500) #or: x11()
par(oma=c(0,1.0,0,0))                    # set outer margins
require("lattice")                       # load package "lattice"
d = data.frame(x=rep(seq(0, xx_end, length=nrow(zz)), ncol(zz)),
               y=rep(seq(0, tt_end, length=ncol(zz)), each=nrow(zz)), 
               z=c(zz))
levelplot(z~x*y, data=d, cex.axis=1.5, cex.lab=1.5, cex.main=1.5, col.regions=colorRampPalette(c("blue", "yellow","red", "black")), at=c(seq(0,0.5,0.01),seq(0.55,1.4,0.05),seq(1.5,4.0,0.1)), xlab="x", ylab="time t", main="PDF P(x,t) for RC A, constant population")
dev.off()

这就是我的函数P（x，t）的最终热图图的样子：