如何在R中打印层次聚类的顺序？

Question

使用以下6个意大利城市之间的距离矩阵：

0   662 877 255 412 996
662 0   295 468 268 400
877 295 0   754 564 138
255 468 754 0   219 869
412 268 564 219 0   669
996 400 138 869 669 0

R将输出它聚类的顺序：例如，单链接会告诉您：

City 3 and City 6, followed by
City 4 and City 5, followed by
City 1 to City 4 and City 5, finally City 2 to City 3 and City 6.

重要的是我得到一个数字输出而不是从树形图中读取它。

Answer 1

我不知道你的问题的完整解决方案，但也许你可以使用hclust返回的merge值。

来自?hclust ：

合并：一个n-1乘2矩阵。 'merge'的第i行描述了在聚类的步骤i中聚类的合并。 如果行中的元素j为负，则在此阶段合并观察-j。 如果j为正，则合并与在算法的（较早的）阶段j处形成的聚类一起。 因此，“合并”中的否定条目表示单体的聚集，而正条目表示非单体的聚集。

你的例子：

d <- as.dist(read.table(textConnection("
0   662 877 255 412 996
662 0   295 468 268 400
877 295 0   754 564 138
255 468 754 0   219 869
412 268 564 219 0   669
996 400 138 869 669 0")))

hc <- hclust(d, method="single")

plot(hc)

hc$merge

#     [,1] [,2]  # from bottom up
#[1,]   -3   -6  # City 3 and 6
#[2,]   -4   -5  # City 4 and 5
#[3,]   -1    2  # join City 1 and City 4/5
#[4,]   -2    3  # join City 2 and City 1/4/5
#[5,]    1    4  # join City 3/6 and City 1/2/4/5