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[英]R Session on Linux - submit multiple batch jobs pointing to same session
[英]Error with batch submit in R
我正在尝试在Linux上批量提交R,但是通常在提交后30-40分钟,该过程停止,我得到以下消息。 该消息显示在.Rout文件中,而不是Linux shell中。 要提交,我使用R CMD BATCH myprogram.R&
terminate called after throwing an instance of 'CxException'
what():
从R本身提交时,程序可以正常工作,但是由于某些原因,在批量提交时,它会在执行过程中停止。 创建45000 x 10000矩阵时,该过程停止
这是该程序的概述。 首先从CSV读取三个文件。 接下来,它创建一个45000 x 10000矩阵,占用大约3.7GB的RAM。 矩阵是文档术语矩阵,其中术语在doc中时分配为1,否则为0。 然后,它又经历了几个步骤,其中使用该矩阵来产生结果。 那时,RAM增加到约4.5GB,并保持在该水平。 我监视Linux中的工作,似乎有足够的可用资源(CPU和RAM)供其余进程运行。
任何想法/建议可能是什么原因?
补充说明:
1)R版本是Revolution R v.6.2; 2)没有使用其他软件包;
使用Rscript.exe
而不是R CMD BATCH
可能会更好。
您要使用的语法是:
"%PATH TO EXE%\\Rscript.exe" "%PATH TO SCRIPT%\\script.R" "INPUT ARGUMENTS (if any)"
Rev-R应该修复它。 但是,您可以在R会话中使用源函数执行代码。 语法为:
R -e 'source("Your_Script.R")'
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