像莱迪思的情节热图

Question

我无法弄清楚晶格levelplot工作原理。 我已经玩了一段时间，但是找不到合理的解决方案。

样本数据：

Data <- data.frame(x=seq(0,20,1),y=runif(21,0,1))
Data.mat <- data.matrix(Data)

用水平图绘制：

rgb.palette <- colorRampPalette(c("darkgreen","yellow", "red"), space = "rgb")

levelplot(Data.mat, main="", xlab="Time", ylab="", col.regions=rgb.palette(100),   
          cuts=100, at=seq(0,1,0.1), ylim=c(0,2), scales=list(y=list(at=NULL)))

结果如下：

由于我不了解该级别图的实际工作原理，因此无法使其正常工作。 我想要的是用彩色条填充相应x （时间）的整个窗口。

其他方法的替代解决方案。

基本上，我试图在此处绘制随时间增加的风险，其中红色是最高风险=1。我想可视化随时间推移可能增加或聚类的风险的顺序。

Answer 1

不幸的是，我对lattice不是很了解，但是我注意到了您的“其他方法的替代解决方案”，所以我建议另一种可能性：

library(plotrix)
color2D.matplot(t(Data[ , 2]), show.legend = TRUE, extremes = c("yellow", "red"))

使它变得更漂亮需要做大量的事情。 尽管如此，还是一个开始。 当然，考虑时间变量的中断很重要。 在这种非常简单的尝试中，隐式假定了常规时间间隔，在您的示例中正是这种情况。

按照?color2D.matplot “详细信息”部分中的建议进行更新 ：“用户将必须调整绘图设备的尺寸以获得规则的正方形或六边形，尤其是在矩阵不是正方形的情况下”。 好吧，很好，很丑陋的解决方案。

par(mar = c(5.1, 4.1, 0, 2.1))
windows(width = 10, height = 2.5)
color2D.matplot(t(Data[ , 2]),
                show.legend = TRUE,
                axes = TRUE,
                xlab = "",
                ylab = "",
                extremes = c("yellow", "red"))

Answer 2

从?levelplot我们得知，如果第一个参数是矩阵，则“'x'提供上述'z'向量，而其行和列分别被解释为'x'和'y'向量。”，所以

> m = Data.mat[, 2, drop=FALSE]
> dim(m)
[1] 21  1
> levelplot(m)

绘制具有21列和1行的水平图，其中水平由m中的值确定。 公式界面可能看起来像

> df <- data.frame(x=1, y=1:21, z=runif(21))
> levelplot(z ~ y + x, df)

（这些方法不能完全产生相同的图像）。