igraph-错误的尺寸数警告：纸叠不平衡

Question

我不知道为什么我不能再使用R脚本进行igraph了。 如果您能帮助我，我将不胜感激。 我在这里使用的脚本是：

图书馆（igraph）

matrix1 <-as.matrix（数据）

矩阵1

     var1 var2 var3 var4 var5 var6 var7 var8
[1,] 1.00 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44
[2,] 0.04 1.00 0.34 0.36 0.63 0.25 0.66 0.18
[3,] 0.21 0.34 1.00 0.44 0.41 0.57 0.72 0.62
[4,] 0.39 0.36 0.44 1.00 0.28 0.14 0.51 0.10
[5,] 0.06 0.63 0.41 0.28 1.00 0.50 0.73 0.39
[6,] 0.37 0.25 0.57 0.14 0.50 1.00 0.50 0.65
[7,] 0.03 0.66 0.72 0.51 0.73 0.50 1.00 0.52
[8,] 0.44 0.18 0.62 0.10 0.39 0.65 0.50 1.00

graph.adjacency（matrix1，mode ='undirected'，weighted = TRUE）

“然后我在下面收到错误消息”

d [i，]中的错误：维数错误警告：'。Call'中的堆栈不平衡，先51后再50

以下是更多信息：

> str(matrix1)
 num [1:8, 1:8] 1 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44 0.04 1 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:8] "var1" "var2" "var3" "var4" ...

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252  LC_CTYPE=English_Australia.1252   
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C                      
[5] LC_TIME=English_Australia.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] igraph_0.6.5-2

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-4   dichromat_2.0-0    digest_0.6.3       ggplot2_0.9.3.1   
 [5] grid_3.0.2         gtable_0.1.2       labeling_0.2       lattice_0.20-23   
 [9] MASS_7.3-29        Matrix_1.0-14      mgcv_1.7-26        munsell_0.4.2     
[13] nlme_3.1-111       plyr_1.8           proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5
[17] reshape2_1.2.2     scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.2    

> traceback()
4: c(list(), list(logical(0)))
3: .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, as.numeric(mode), 
       weighted, diag, PACKAGE = "igraph")
2: graph.adjacency.dense(adjmatrix, mode = mode, weighted = weighted, 
       diag = diag)
1: graph.adjacency(matrix1, mode = "undirected", weighted = TRUE)

谢谢！

Answer 1

以下代码对igraph 0.6.5-2，R 3.0.1，OSX Lion而言对我来说很好用，因此，请包含一些可重现您问题的自包含代码，以及igraph和R版本和平台。 谢谢。

matrix1 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, textConnection("
 var1 var2 var3 var4 var5 var6 var7 var8
 1.00 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44
 0.04 1.00 0.34 0.36 0.63 0.25 0.66 0.18
 0.21 0.34 1.00 0.44 0.41 0.57 0.72 0.62
 0.39 0.36 0.44 1.00 0.28 0.14 0.51 0.10
 0.06 0.63 0.41 0.28 1.00 0.50 0.73 0.39
 0.37 0.25 0.57 0.14 0.50 1.00 0.50 0.65
 0.03 0.66 0.72 0.51 0.73 0.50 1.00 0.52
 0.44 0.18 0.62 0.10 0.39 0.65 0.50 1.00
")))

graph.adjacency(matrix1, mode='undirected', weighted=TRUE)
# IGRAPH UNW- 8 36 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n)

Answer 2

我需要删除所有对象。

输入rm(list=ls()) 。

然后，我上面使用的R脚本应该可以工作。