rcpp第一次编译麻烦

Question

我最近从亚马逊下载了2013 Rcpp书籍，以学习如何更好地将C ++与我的R代码一起使用，并且我正在尝试第一个带有第一个fibonacci递归函数和包装器的编译示例，以查看是否可以这样做。 我正在使用最新R的Ubuntu。

首先我的C ++：

    /* Cpp based recurive function */
int fibonacci(const int x){
  if(x == 0) return(0);
  if(x == 1) return(1);
  return(fibonacci(x - 1) + fibonacci(x - 2));
}


/* Wrapper */
extern "C" SEXP fibWrapper(SEXP xs) {
  int x = Rcpp::as<int>(xs);
  int fib = fibonacci(x);
  return(Rcpp::wrap(fib));
}

然后我开始sh并输入：

PKG_CXXFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'`
PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'`
R CMD SHLIB Fibonacci.cpp

但是我得到：

g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c Fibonacci.cpp -o Fibonacci.o
Fibbonacci.cpp:10:12: error: 'SEXP' does not name a type
make: *** [Fibonacci.o] Error 1

我想也许我的C ++代码中需要include指令，所以我再做一次，但是这次是在C ++文件顶部使用#include<Rcpp.h> ，并再次在sh中执行相同的命令，但仍然没有喜悦：

g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c Fibonacci.cpp -o Fibonacci.o
Fibonacci.cpp:1:18: fatal error: Rcpp.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [Fibbonacci.o] Error 1

我做错了什么？ 如果查询在sh中设置的值：

$PKG_CXXFLAGS
sh: 9: -I/local/yrq12edu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include: not found
$PKG_LIBS
sh: 10: -L/local/yrq12edu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/lib: not found

但是我认为未找到的消息只是由于-L标志，因为如果我将CD cd到目录，则文件在那里。

谢谢，本

Answer 1

您似乎忽略了一个重要的细节。 当你做

PKG_CXXFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'`
PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'`
R CMD SHLIB Fibonacci.cpp

前两个的结果应分配并导出到外壳。 您在这里所做的“分配和忘记”。

您从清单2.1中错过了这一点（显示了这本书（或者可能是电子书删除了它-我没有电子书））是非常重要的结尾反斜杠，它使所有内容都变成一行：

PKG_CXXFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'`  \
R CMD SHLIB Fibonacci.cpp

现在，赋值与对R（壳脚本本身）的调用在同一执行中发生，它具有值，并将其传递给g ++。

您可以通过接下来的两行告诉我，其中我完全引用了包含所有必需的-I和-L部分的结果命令。 因此，两者（编译和链接步骤）都要经过多行。

因此，这本书是正确的，并且按照所示方式进行所有操作。 内联（在本章后面讨论）和属性（也在本章的后面讨论）基本上都为您分配了PKG_CXXFLAGS和PKG_LIBS 。

编辑：另外，您的测试是错误的。 你的意思可能是这个

$ PKG_CXXFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'`
$ echo $PKG_CXXFLAGS
-I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include
$ 

您不能只是“调用” shell变量，因此会得到“未找到”的答案。

编辑2：无论如何，您尝试过的示例实际上只是为了激发2.4节中的其余讨论，其中详细介绍了如何费力，容易出错，这是-导致关于内联的2.5和2.6节和属性。 两者都更好。 用那些。

Answer 2

您是如何安装R的？ 看来您缺少R标头。 也许您需要安装r-base-dev软件包 。

关于代码，您不需要包装器。 您可以将其放在.cpp文件中：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp ;

// [[Rcpp::export]]
int fibonacci(const int x){
  if(x == 0) return(0);
  if(x == 1) return(1);
  return(fibonacci(x - 1) + fibonacci(x - 2));
}

只是sourceCpp这个文件：

> sourceCpp( "fib.cpp" )
> fibonacci(6)
[1] 8