Vioplot R：如何设置轴标签

Question

我有一个数据mdata看起来像：

>head(mdata)

          ID  variable    value
 SJ5444_MAXGT   coding   4.241920
 SJ5426_MAXGT   coding   4.254331
 HR1383_MAXGT   coding   4.244994
 HR5522_MAXGT   missense 4.250347
CH30041_MAXGT   missense 4.303174
 SJ5438_MAXGT   utr.3    4.242218

我正在尝试绘制这样的小提琴图：

x1<- mdata$value[mdata$variable=='coding']
x2<- mdata$value[mdata$variable=='missense']
x3<- mdata$value[mdata$variable=='utr.3']

vioplot(x1, x2, x3, names=as.character(unique(mdata$variable)), col="red")
title("Violin Plot: Log10 values")

但是我还有另一个数据ndata ，看起来像：

>head(ndata)

           ID variable   value
 SJ5444_MAXGT   coding   17455
 SJ5426_MAXGT   coding   17961
 HR1383_MAXGT   coding   17579
 HR5522_MAXGT   missense 17797
CH30041_MAXGT   missense 20099
 SJ5438_MAXGT   utr.3    17467

基本上，mdata $ value是：

mdata$value = log10(ndata$value)

这样我就可以使小提琴情节正常。 但是我需要更改Y轴标签以匹配ndata $ value而不是mdata $ value。 我正在绘制mdata $ value，但希望从ndata $ value中获取Y轴标签。 仅供参考，这是实际数据的子集，实际数据中的最小值和最大值分别为12和36937，我知道如何使用以下方法在箱图上进行绘制：

axis(side=2,labels=round(10^(seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))),at=seq(log10(min(ndata$value)),log10(max(ndata$value)),len=5))

但是我无法绘制Y轴标签来匹配小提琴图中的ndata $ value。 有什么建议么？

PS我找不到标签vioplot或violinplot所以无法对其进行标签。

Answer 1

vioplot不是非常灵活-它不允许您关闭轴标签或对其进行修改-但您可以先创建自己的空图，然后使用vioplot(...,add=TRUE)小提琴图vioplot(...,add=TRUE) ，然后手动添加标签，如下所示：

## make up data
set.seed(101)
x1 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=1)
x2 <- rlnorm(1000,meanlog=3,sdlog=2)
x3 <- rlnorm(1000,meanlog=2,sdlog=2)

现在创建图：

library(vioplot)
par(las=1,bty="l")  ## my preferred setting
## set up empty plot
plot(0:1,0:1,type="n",xlim=c(0.5,3.5),ylim=range(log10(c(x1,x2,x3))),
     axes=FALSE,ann=FALSE)
vioplot(log10(x1),log10(x2),log10(x3),add=TRUE)
axis(side=1,at=1:3,labels=c("first","second","third"))
axis(side=2,at=-2:4,labels=10^(-2:4))

或者，您可以将ggplot2::geom_violin()与scale_y_log10()一起使用（我认为）。

Answer 2

基于Ben Bolker的建议，我使用了ggplot2 :: geom_violin（）并实现了我想要的功能，绘制了log10（value），但在Y轴上这样标记“ value”，方法是：

ggplot(mdata, aes(variable, log10(value))) + geom_violin(colour="black",fill="red")
+ scale_y_continuous(
breaks = seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5), 
labels = round(10^(seq(log10(min(mdata$value)),log10(max(mdata$value)),len=5)))
)