在matlab中从邻接矩阵创建图形

Question

我在matlab中有一个邻接矩阵。 我如何绘制图表？ 由于我有> 500个节点，我不能使用随机（或网格状）坐标的gplot。

Answer 1

因此，假设您拥有生物信息学工具箱 ，则biograph功能非常适合您想要做的事情。

这是我过去做过的事情：

假设from和to是包含有关系统中的起始节点的信息的两个向量。 然后你可以这样创建你的邻接矩阵：

Sys = sparse(from,to,1,s,s);  
Adj_mat = tril(Sys + Sys'); 

我假设您已经有了邻接矩阵adj_mat ，在这种情况下，您只需要执行以下操作：

bg = biograph(Adj_mat,[],'ShowArrows','off','ShowWeights','off');
h = view(bg);  

我添加了一些参数来说明一些可能性。 我想要箭头，跳过那一部分。

默认情况下，节点将根据“最小能量”标准放置，这意味着“分支交叉”的数量被最小化。 布局可以更改，例如添加'LayoutType','Radial' 。

查看文档以获取更多信息。

这是我之前使用传记创建的一个例子。 使边缘笔直，或为树枝分配不同的颜色和重量很简单。 此外，您可以为节点创建不同的名称，或删除名称，而只是在那里有一个“点”。

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作为评论中文森特问题的答案：

我使用set(edges,'LineWidth',1.5)来设置边缘权重。 在此处查看一些其他文档和示例。

%% Color affected lines:
set(h.nodes(nn),'Color',[0.2 0.8 0.2]);
fowEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(nn),'ID'));
revEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(fliplr(nn)),'ID'));
edges = [fowEdges;revEdges];
set(edges,'LineColor',[0.2 0.8 0.2])
set(edges,'LineWidth',1.5)

%% Color faulted line:
set(h.nodes(newFaultNodes),'Color',[1 0.4 0.4]);
fowEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(newFaultNodes),'ID'));
revEdges = getedgesbynodeid(h,get(h.Nodes(fliplr(newFaultNodes)),'ID'));
edges = [fowEdges;revEdges];
set(edges,'LineColor',[1 0 0])
set(edges,'LineWidth',2)

Answer 2

看看这个功能： gplot

例：

% Plot half of a "Bucky ball" carbon molecule, placing asterisks at each node:
k = 1:30;
[B,XY] = bucky;
gplot(B(k,k),XY(k,:),'-*')
axis square