biojava包导入错误

Question

我已经下载了biojava jar文件并保存在我的类路径中。 我正在尝试测试来自： http ： //www.biojava.org/wiki/BioJava : CookBook : Core : FastaReadWrite

但是，它给了我错误：

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

我有24个站点中显示的示例文件的错误。 我在类路径中保存了jar文件。 那为什么这给了我错误？ 我错过了任何一步吗？

Answer 1

请检查您的类路径设置和biojava版本。

我从网页上结合了biojava 3.0.7版本的例子。 这就是我所做的

• 下载biojava.jar

   wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar 

• 创建一个包含从链接获取的代码的Java文件FastaOpen.java

• 编

   javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java 

• 执行

   java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0 at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20) 

例外是可以的，因为我没有指定文件名。 所以，对我来说，这个例子正在起作用。 如果我在编译时没有指定类路径，我会得到与你相同的错误，例如：

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

以上描述适用于Linux。 在MS Windows上，您应该尝试类似于以下命令（在Powershell中发布）

• 汇编

   PS > & 'C:\\Program Files\\Java\\jdk1.7.0_45\\bin\\javac.exe' -cp "C:\\Users\\stefan\\Downloads\\biojava3-core-3.0.7.jar" .\\FastaOpen.java 

• 执行

   PS > & 'C:\\Program Files\\Java\\jdk1.7.0_45\\bin\\java.exe' -cp "C:\\Users\\stefan\\Downloads\\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\\Users\\stefan\\Downloads" FastaOpen 

  （两个文件，java源/类和jar都位于Downloads目录中。