使用 sourceCpp() 在 Rcpp 和 RcppArmadillo 中出错

Question

我对 C++ 还很陌生，但在 R 上花了很多时间。我正在尝试使用 RcppArmadillo，其中 .cpp 文件是使用 sourceCpp 函数获取的。 我的示例代码来自

http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rcpp-devel/2013-June/006150.html

并显示如下：

#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp ;
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
arma::colvec rowSumsRcppArmadillo(NumericMatrix x){
  arma::mat X = arma::mat(x.begin(), x.nrow(), x.ncol(), false);
  return arma::sum(X, 1);
}

我已经安装了 Rcpp 和 RcppArmadillo 包，并且已经成功地使用 Rcpp（没有 RcppArmadillo）来集成 C++ 函数。 但是，对于 RcppArmadillo，我收到以下错误：

> sourceCpp("rowSums.cpp")
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-    darwin8/4.2.3/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_76327.so] Error 1

...

Error in sourceCpp("rowSums.cpp") : 
Error 1 occurred building shared library.

有任何想法吗？ 谢谢。

Answer 1

查看错误： ld: library not found for -lgfortran

您需要安装 Fortran 库，因为 RcppArmadillo 在src/Makevars有这个：

PKG_LIBS=`$(R_HOME)/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"` \
          $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

您可以通过 R 获得 Lapack 和 Blas，但需要 Fortran 库。 有关从何处获取此信息，请参阅 R 的 OS X 文档； 我相信这个地方是西蒙在 AT&T 的页面，但我自己不是 OS X 用户。 如果有疑问，请在 r-sig-mac 上询问，那里还有许多关于升级到 OS X 10.9 时发生的各种损坏的讨论主题。

Answer 2

我和你遇到了同样的问题。 我只是去 http://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/ 并 在我的电脑上 安装 gfortran-4.2.3.pkg 然后使用 sourceCpp，它就可以工作了。 你可以试试这个，这是我现在找到的最简单的方法。

要查阅的最新页面位于https://mac.r-project.org/tools/

Answer 3

如果在您为 Mac 安装了推荐的 Fortran 库之一后，还有像我这样的其他人在使用 Armadillo 项目进行“构建”和“检查”时遇到类似问题，您需要遵循 [此处的说明] 1 ： https:/ /thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos/

我试图在 shell 中更改 LDFLAGS 环境变量，但它没有通过。 但是，在 ~/.R/Makevars 中正确设置它似乎有效。