[英]Use 2 grouping variables in a 3D lattice plot in R
我正在尝试使用R中的点阵软件包生成3D云图。我希望颜色和符号可以按图上的两个不同因素进行分组。 我找到了使用xyplot
进行此操作的xyplot
,但是我无法将其调整为cloud
功能(请参见图9.2的代码):
特别是, panel.xyplot
中没有出现在panel.cloud
的“下标”参数,我不确定如何更改代码的这一部分。
这是我使用mtcars
数据集正在做的一个自包含示例。 我要修复的是在cloud
调用的“ panel =”部分中注释掉的代码。 我想用变量cyl
为数据点着色,并使用不同的符号表示不同的聚类(来自kmeans分析)。 任何建议,不胜感激。
# data
data(mtcars)
# kmeans
set.seed(321)
km <- kmeans(x = mtcars[, c(1, 3:7)], centers = 3, nstart = 1000)
mtcars$cluster <- factor(km$cluster)
mtcars$cyl <- factor(mtcars$cyl)
# pca
form <- formula(c("~", paste0(colnames(mtcars[, c(1, 3:7)]), collapse = "+")))
pca <- prcomp(form, data = mtcars[, c(1, 3:7)])
library(lattice)
library(RColorBrewer)
# set colors and points
colr <- brewer.pal(3, "Set1")
pchr <- 0:2
# set plot options
par.set <- list(axis.line = list(col = "transparent"),
clip = list(panel = "off"),
superpose.symbol = list(pch = pchr,
col = colr))
# cloud plot
cloud(x[, "PC3"] ~ x[, "PC1"] * x[, "PC2"],
data = pca,
zlab = "PC3", xlab = "PC1", ylab = "PC2",
cex = 1,
groups = mtcars$cluster,
type = "p",
main = "3 cluster solution",
screen = list(z = 20, x = -70, y = 3),
par.settings = par.set,
scales = list(col = "black"),
#panel = function(x, y, z, subscripts, ...) {
# pch <- pchr[mtcars$cluster[subscripts]]
# col <- colr[mtcars$cyl[subscripts]]
# panel.cloud(x, y, z, pch = pch, col = col) },
key = list(points = list(type = "p", pch = pchr, col = "black", cex = 1.2),
text = list(paste("Cluster", levels(mtcars$cluster))),
points = list(type = "p", pch = 1, col = colr, cex = 1.2),
text = list(paste("Cyl", levels(mtcars$cyl))),
columns = 1))
您可以忽略groups参数,而用pch和col参数代替:
... , pch=mtcars$cyl, col=mtcars$cluster, ...
(只是为了澄清为什么我写了一个没有“ x”对象的原因:在R中,列表的命名元素不被视为object
。在这种情况下,由于使用了data参数,因此能够访问该元素。允许我在本地环境中访问对象“ pca”的元素。我错误地推测您将无法在公式中使用x[,"PC3"]
形式的表达式。事实证明,您能够让他们正确评估。)
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