[英]Linux: Split columns of file into multiple files
最好的方法(最简单的方法)是:将一个具有许多列(〜600000)的大文件分割成6个文件,并在6个文件中均匀分布各列? 另外,我希望每个文件都具有原始文件的前6列
例:
FID IID MID PID SEX PHENO SNP1 SNP2 SNP3 SNP4
1 70323 0 0 2 2 0 0 1 0 ...
2 70323 0 0 2 2 1 0 2 1 ...
3 70323 0 0 2 2 0 0 0 1 ...
...
使用可用于ubuntu的基本linux命令行功能的解决方案会更好(或perl / python脚本)
我在PERL中的解决方案:这是我在Perl中所做的。 它非常难看,所以我希望会有一个简单而优雅的解决方案。
#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
my $line;
my $num_snps=0;
my $i=0;
my $OUT1;
my $OUT2;
my $OUT3;
my $OUT4;
my $end1;
my $end2;
my $end3;
my $end4;
while($line = <>){
chomp $line;
my @a = split(/\s/,$line);
if($i==0){
$num_snps = $#a + 1 - 6;
$end1 = 5+int($num_snps/4);
$end2 = $end1+int($num_snps/4)+1;
$end3 = $end2+int($num_snps/4)+1;
$end4 = $#a;
print("Breaks: $end1\t$end2\t$end3\t$end4\tTotal SNPs: $num_snps\n");
}else{
open($OUT1 , ">>kuehn1.raw");
print $OUT1 join(" ",@a[0..5])." ".join(" ", @a[6..$end1])."\n";
close($OUT1);
open($OUT2 , ">>kuehn2.raw");
print $OUT2 join(" ",@a[0..5])." ".join(" ", @a[($end1+1)..$end2])."\n";
close($OUT2);
open($OUT3 , ">>kuehn3.raw");
print$OUT3 join(" ",@a[0..5])." ".join(" ", @a[($end2+1)..$end3])."\n";
close($OUT3);
open($OUT4 , ">>kuehn4.raw");
print$OUT4 join(" ",@a[0..5])." ".join(" ", @a[($end3+1)..$end4])."\n";
close($OUT4);
}
$i=$i+1;
}
您可以首先使用以下命令获取文件中的列数
awk '{ print NF}' < file
然后使用这些知识来构建您的断点。 因此,如果您的文件有66列
cut -f1-6,7-16 < file > file1
cut -f1-6,17-26 < file > file2
cut -f1-6,27-36 < file > file3
cut -f1-6,37-46 < file > file4
cut -f1-6,47-56 < file > file5
cut -f1-6,57-66 < file > file6
不是最优雅,但应该可以
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